Лишь благодаря вмешательству только что прибывшего представителя короля, Антонио Тельеса де Гусмана, удалось избежать взаимного смертоубийства. «Если бы христиане схватились друг с другом, индейцы напали бы на тех, кому бы удалось выжить», — писал позднее Гусман королю. Вот как описывал все происходившее Сьеса де Леон: «Все они были полны такой зависти и ненависти по отношению друг к другу, что удивительно, что они все не поубивали друг друга… В этот день был явлен первый разряд гнева между враждующими группировками».
Два месяца спустя, услышав о том, что обстановка в столице настолько накалилась, что недалеко до гражданской войны, Франсиско Писарро спешно направился в Куско. Послание короля, в котором детально формулировались условия разделения Инкской империи, все еще не было доставлено, однако Писарро, стремясь разрядить обстановку, решил договориться со своим бывшим партнером. Им обоим к тому времени было известно, что они завоевали лишь около двух третей территории Инкской империи. Обходя стороной вызывающий острые разногласия вопрос о том, кому принадлежал Куско, Писарро выразил Альмагро свою готовность профинансировать масштабную экспедицию по исследованию и завоеванию южной части империи. Она, естественно, территориально должна была относиться к владениям Альмагро. Писарро, таким образом, надеялся, что посредством спонсирования этого завоевания ему удастся избавиться от своего партнера, начинавшего доставлять ему все большее беспокойство, и одновременно разрядить взрывоопасную политическую ситуацию в Куско. В любом случае на юге должно было быть достаточно золота, серебра и крестьян, чтобы удовлетворить запросы и самого Альмагро, и нескольких сотен его новых воинов.
Явно желая как можно быстрее приступить к активному исследованию своего губернаторства, Альмагро согласился на это предложение. С достаточно серьезными основаниями можно было предполагать, что на юге существовали богатые инкские города и плодородные земли, но вообще испанцы знали об этом регионе немного. Что в настоящий момент надлежало сделать Альмагро — это выбрать себе заместителя, на которого он мог бы полагаться в ходе экспедиции и который был бы по-настоящему верен ему, Альмагро, а не Писарро.
Тридцатичетырехлетний Эрнан де Сото выдвинул свою кандидатуру на это место, выразив готовность заплатить Альмагро за эту привилегию огромную сумму в золоте и серебре. Сото сумел оценить выгодность данного положения, и, хотя он был очень богат, у него имелись планы когда-нибудь начать управлять своим собственным королевством. Может быть, ему посчастливилось бы обнаружить какую-нибудь туземную империю к югу или востоку от Инкского государства? В случае занятия должности заместителя командующего Сото имел бы веские основания просить короля о предоставлении ему собственного губернаторства. Но Альмагро отклонил кандидатуру Сото, выбрав вместо него воина по имени Родриго Оргоньес, который за последние пять лет делам и доказал свою верность Альмагро.
Между тем перед Манко Инкой стояли свои собственные серьезные проблемы, которые только обострялись в результате борьбы испанцев за контроль над Куско. Поскольку испанцы открыто демонстрировали, кто в действительности управляет городом, престиж Манко постепенно подрывался. Хуже того, в макиавеллистском мире инкской политики начали циркулировать слухи о том, что некоторые родственники Манко жаждут заполучить императорский трон.
Теоретически можно было ожидать, что его главным соперником может стать его родной брат Паулью; тот был примерно того же возраста, что и Манко, и ему каким-то образом удалось избежать казни во время оккупации со стороны северной армии. Но с того момента, как Писарро определил Манко правителем, Паулью присягнул на верность своему брату. Манко был настолько уверен в Паулью, что, когда отправлялся в военные походы на север, он предоставлял Паулью императорские полномочия в Куско. Как только Манко возвращался, Паулью немедленно освобождал это место. Но Манко питал подозрения по отношению к своему двоюродному брату Паскаку и своему единокровному брату Аток-Сопе. Слухи о том, что Паскак замышляет утвердить на троне вместо Манко Аток-Сопу, циркулировали в среде инкской аристократии. Даже иноземная оккупация не смогла нарушить инкскую традицию плести династические интриги.