После убийства Могера и Домингеса в Кольяо индейцы начали убивать и других испанцев подобным же образом, поджидая, пока какой-нибудь энкомендеро не выедет один из города. В области Кунтисуйю, лежащей к юго-западу от Куско, туземцы убили конкистадора Хуана Бесерриля. Последний не принимал участия в резне и грабежах в Кахамарке, однако он был сказочно богат, получив свою долю золота и серебра в Куско. Вскоре после этого местный курака сообщил испанцу Симону Суаресу, что на его энкомьенде туземцы собрали для него подати и что Суаресу следует поехать туда и забрать их. Суарес так и сделал — он угодил в засаду и был убит.
В разных регионах в центральной и южной частях Перу отряды мятежных индейцев продолжили осуществление своей тактики поджидания или выманивания ничего не подозревающих испанцев из безопасных для них городов. В течение нескольких месяцев с момента первого тайного собрания, организованного Манко, туземные повстанцы убили более 30 испанцев — это количество превышало число погибших за весь трехлетний период завоевания.
В январе 1536 г., когда два самых младших брата Писарро отправились тушить очаги народного восстания, уже достаточно многочисленные, тридцатичетырехлетний Эрнан Писарро прибыл в Куско после своего двухлетнего отсутствия. Второй по старшинству из братьев Писарро, Эрнандо, сопровождал первую партию предназначавшихся для короля сокровищ — из Кахамарки в Испанию. Исключительно жадный, одержимый жаждой власти, Эрнан забрал себе значительную часть от семейной доли, полученной в ходе дележа сокровищ Атауальпы. Он пустил деньги в широкий оборот, купив облигации королевского казначейства, приняв участие в ряде предприятий, связанных с рентой, и приобретя значительное количество недвижимости — по большей части в родном городе Писарро, Трухильо, и в его окрестностях.
Посетив королевский двор в Вальядолиде, Эрнан имел беседу с королем, в ходе которой проявил изрядное дипломатическое искусство. В результате король Карл предоставил братьям Писарро право на беспошлинную отправку двухсот черных рабов на перуанские рудники, а также право на ввоз в Перу четырех белых рабынь, право на персональное освобождение от налогообложения импортируемых в Перу товаров и право для Франсиско Писарро назначать на пожизненный срок по три члена в каждый городской совет в Перу, — это позволяло братьям Писарро осуществлять постоянный политический контроль за ходом дел в стране. Эрнан, не проявляя чрезмерной скромности, подал также прошение о даровании ему титула рыцаря. Прошение было удовлетворено, и он получил титул рыцаря ордена Сантьяго. Кроме того, Эрнан попытался отговорить короля от предоставления губернаторства экс-партнеру его брата — Диего де Альмагро. Но тут Эрнану не повезло. Беседа между ним и королем представляла собой чистый образец взаимовыгодной сделки. Король хотел гарантировать себе процент от доходов, которые, как его уверяли, должны были продолжать поступать из Перу широким потоком. Писарро же желали для себя продвижения наверх по социальной лестнице и гарантии того, что они будут продолжать контролировать эксплуатацию обширной империи, только что ими завоеванной. Король Карл был только рад факту создания законной структуры, которая приносила бы выгоду как Писарро, так и короне.
Вернувшись в Перу, Эрнан направился с побережья прямо в Куско. Он никогда не видел инкской столицы, поскольку за два года до этого он отправился в Испанию прямо из Кахамарки, соответственно он не принимал участия в последующем занятии Куско. Эрнан изрядно улучшил свое положение и положение своего старшего брата в плане политической устойчивости и усиления своего влияния. Но Эрнану не удалось принять участия в чрезвычайно доходном дележе золота и серебра в Куско. Он также отсутствовал, когда осуществлялось распределение энкомьенд, хотя, являясь братом губернатора, он мог быть уверен, что получит ее. При всем этом Эрнан был настроен наверстать упущенное, что, в общем, означало собрать столько золота и серебра, сколько он только сможет.
Соответственно, прибыв в Куско, Эрнан первым делом навестил Манко Инку, правителя, которого его братья заточили и заковали в цепи. Он немедленно распорядился освободить Манко, после чего принес императору извинения за то, что с ним дурно обращались. Вскоре после этого Эрнан начал регулярно приглашать молодого императора вместе отобедать. Писарро делал все возможное, чтобы снискать расположение правителя, который, как он был уверен, должен был знать, где еще находятся инкские сокровища.