После ряда атак и отвлекающих маневров Хуан неожиданно дал отбой и направился со своим отрядом в сторону Калки. Там испанцы приступили к усиленному поиску Манко Инки. Напуганные женщины и дети стояли на улице у дверей своих домов, а испанцы обшаривали помещения. Но Манко к этому времени уже удалось скрыться. Поскольку император очень торопился, ему пришлось оставить в городе свои запасы золота и серебра, значительное число своих прислужниц и изрядное количество армейского провианта.
В течение трех следующих дней испанцы оставались в Калке, занимаясь выработкой своих дальнейших планов; инкские отряды также оставались на своих позициях на склонах холмов; повстанцы осыпали испанцев насмешливыми оскорблениями. Ночью инки вступали в короткие перестрелки с испанскими караульными. Число туземных воинов было очень велико, и испанцы были удивлены, что туземцы не предпринимают атаку. Казалось, инкских командиров вполне устраивает такое положение дел, что испанцы без всяких для себя неудобств продолжают находиться в Калке. Но через четыре дня после своего прибытия испанцы поняли, почему индейцы их не атакуют. Прибыл испанский всадник из Куско и привез донесение от Эрнана: отряду Хуана надлежало вернуться в Куско как можно скорее. Огромное количество туземных войск неожиданно появилось на склонах холмов, окружающих столицу. Если Хуан и его отряд не вернутся тотчас же, у Эрнана не хватит сил удержать город.
Хуан, не теряя времени, собрал всех своих людей и галопом помчался из города. Некоторые испанцы захватили с собой украденные золотые и серебряные предметы; но большинству пришлось оставить свою добычу. Выехав из долины на плато, испанцы заметили, что численность туземных войск все прибывает. Пращеметатели доставили испанцам изрядное беспокойство — им пришлось с боем пробиваться к городу. После того как испанцы миновали крепость Саксауаман, их взгляду предстала чашеобразная долина Куско. На холмах вкруг города появилось бессчетное количество туземных войск. Не было почти ни одной дороги, ведущей к городу, которая не была бы запружена ими.
Отряд конкистадоров стремительно ворвался в город. У испанских жителей упал камень с души — в их распоряжении оставалось всего десять лошадей. Ввиду того что без лошадей испанцы очень сильно теряли в своей боевой мощи, в случае атаки инкских войск Эрнан и 126 испанцев, остававшихся с ним, вполне вероятно, были бы сокрушены. И даже сейчас, когда общее число кавалеристов составило 86 человек, преимущество инков перед испанцами продолжало оставаться огромным. Педро Писарро, вернувшийся вместе с Хуаном из Калки, вспоминал:
«Когда мы вернулись, то обнаружили, что отряды туземных бойцов все продолжают прибывать и они становятся лагерем на самых крутых склонах вокруг Куско, поджидая прибытия остальных отрядов. Войска, подошедшие позднее, начали располагаться лагерем также и на равнинной местности. Столь многочисленны были прибывшие [повстанческие] войска, что все эти полчища практически закрыли собой землю. К полудню поля вокруг города Куско приняли такой вид, словно там расстелили огромное черное полотно. Ночью зажглось такое количество костров, что окружающее пространство стало похоже на безоблачное небо, полное звезд».
В последующие дни испанцы со все более растущим беспокойством наблюдали за тем, как увеличивается число скапливающихся туземных войск. Испанцы, конечно, не ожидали, что восстание примет такой размах.
В Куско запертыми в ловушку оказались 196 испанцев. По словам Педро Писарро, из 110 испанских пехотинцев «большинство отличались исключительной худобой». На испанской стороне было также небольшое число африканцев, рабынь-мориск, несколько индейских наложниц, около 500 представителей племен чачапойя и канярис, союзничавших с испанцами, а также некоторое число янаконов, которые зачастую выполняли роль испанских шпионов, однако, в их преданности нельзя было быть до конца уверенным. Как ни странно, несмотря на то рискованное положение, в котором оказались испанцы, некоторые из представителей семейства Манко решили присоединиться к конкистадорам: тут в первую очередь надо назвать кузена Манко, Паскака, который в глазах Манко стал теперь предателем.
На холмах вокруг города расположилось великое множество инкских войск. И испанцы даже не имели представления, сколько их находится за пределами видимости. Оказавшиеся в западне, совершенно изолированные от внешнего мира, 200 испанцев, из которых почти половину можно было считать богатейшими людьми Нового Света, теперь могли рассчитывать только на свои силы.