Николай II возглавлял Императорское Историческое общество, ратовал за реставрацию храмов. В то же время отказался восстановить патриаршество. В 1901 г. учредил комитет попечительства русской иконописи под председательством С. Д. Шереметева, способствовал развитию церковно-приходских школ, росту народного образования, покровительствовал духовным академиям, присвоив им в 1913 г. статус императорских, даровал свободу вероисповедания старообрядцам. Николай отличался благочестием, любил церковные службы, в его царствование состоялось прославление многих святых Русской земли: Феодосия Углицкого, Серафима Саровского, Анны Кашинской и др.
Николай II приблизил к себе «старца» Г. Распутина, деятельность которого вызывала недовольство как при дворе, так и в широких кругах общества.
Николай II стремился поддерживать дружественные отношения с европейскими державами. Он выступил инициатором созыва Гаагской конференции мира для обсуждения проблем сокращения вооружений (1899 г.). Император проводил активную политику на Дальнем Востоке и заботился об упрочении экономических и политических позиций России.
В 1903 г. Николай II принял решение готовиться к войне с Японией, которая настаивала на уходе России из Маньчжурии. Неудачи русско-японской войны 1904–1905 гг. стали для царя труднообъяснимой неожиданностью. Военные поражения на фронте усугублялись начавшейся в 1905 г. революцией. В мае 1905 г. царь неохотно согласился на мирные переговоры в Портсмуте, предписав русской делегации отказаться от уплаты контрибуции и не уступать «ни пяди русской земли». Крайней уступкой царя стал отказ от южной половины о. Сахалин. Но и после заключения Портсмутского мира России удалось сохранить важную роль в регионе. Согласно русско-японским соглашениям 1907, 1910, 1912 и 1916 гг. Россия закрепила свое влияние в Северной Маньчжурии и Внешней Монголии. В 1914 г. в состав России вошел Урянхайский край (Тува).
События «Кровавого воскресенья» в Петербурге (9 января 1905 г.) царь воспринял как трагедию своего царствования. Он считал ее виновниками организаторов «беспорядков», которые в условиях войны требовали ликвидировать государственное устройство России.
Вскоре после «Кровавого воскресенья» император приступил к подготовке крупных государственных реформ. Он решил созвать выборных народных представителей (Манифест от 06.08.1905 г.). Император даровал будущей Государственной думе законодательные права (Манифест от 17 октября 1905 г.), предоставил избирательные права рабочим (закон 11.12.1905 г. о выборах в Государственную думу), а 23 апреля 1906 г. утвердил первую российскую конституцию – Основные государственные законы Российской империи. Законодательная власть была разделена между императором, Государственной думой и Государственным советом. Но враждебные действия либеральных и революционных партий, имевших большинство в I и II Думах (1906–1907 гг.), вынудили монарха дважды прибегнуть к досрочному роспуску законодательных палат. III Дума (1907–1912 гг.) просуществовала весь установленный законом срок и сумела наладить совместную работу с правительством. В 1912 г. была созвана IV Дума. В 1906–1911 гг. Николай II поддержал реформаторский курс правительства П. А. Столыпина, в частности его аграрные преобразования.
Бурный промышленный подъем 1909–1914 гг. и небывалые урожаи повысили уровень жизни населения. В 1914 г. Николай II планировал провести реформу кредитных учреждений, чтобы большинство населения могло заниматься предпринимательством, благодаря «правильно поставленному и доступному кредиту». Но этому замыслу помешала новая война.
После русско-японской войны Николай II взял курс на сближение с Англией и Францией. Русско-английское соглашение 1907 г. о разделе сфер влияния в Азии привело к оформлению военно-политического союза Англии, Франции и России – Тройственного союза (Антанты).
Император был противником открытого разрыва с Германией. Но германское правительство вместе с Австро-Венгрией готовило военное вторжение на Балканы, в Сербию. Германский кайзер Вильгельм II не скрывал от русского царя, что считает войну неизбежной и готов ее начать. Николай II готовился к большой европейской войне и провел ряд крупных реформ в армии.
В начале 1-й мировой войны царь призвал соотечественников отразить, «как один человек, дерзкий натиск врага». Слова Николая II вызвали в народе патриотический подъем. Из-за военных неудач весной и летом 1915 г. царь возложил на себя обязанности Верховного главнокомандующего (23 августа 1915 г.). Николай II почти не покидал ставку в Могилеве.
К осени 1916 г. Россия была истощена войной. Резко выросли цены на продовольствие. Нарастала антиправительственная пропаганда. Частая смена высших сановников и слухи о всевластии Распутина подрывали авторитет царской власти. В числе ее противников оказались многие великие князья – члены императорской фамилии. Английские и французские дипломаты убеждали Николая II передать власть правительству либералов, которое пользовалось бы «общественным доверием».