Таким образом, хитрому Потемкину удалось не только выполнить свое политическое задание, но и показать свое дипломатическое мастерство. Традиционная структура казачьих боевых частей была сохранена, так же как и социальная иерархия: атаман — старшина — казак. Общественное мнение находило свое выражение в выборах и сохранении казацких традиций, которые почитались высшей моральной заповедью, наряду с естественным долгом на службе матушке-царице приносить свою жизнь на алтарь Отечества. Казак должен был бережно хранить своего коня, саблю и нагайку. Чтобы казаки поменьше думали о своих привилегиях, Потемкин закрепил все это в правительственном уложении.
Тем не менее казаки не желали полностью воспользоваться автономией. Вопреки планам правительства, донцы, очевидно, не до конца осознавали значение своей автономии и крепко держались за сохранение «традиций». Вначале личность Потемкина гарантировала относительно прочную стабильность. До тех пор пока он был жив, созданная им система сохранялась. Но уже в 1792 году, когда через год после смерти Потемкина Екатерина приказала трем казачьим полкам отправиться на Кубань, сразу же снова вспыхнуло восстание. Императрица вынуждена была отозвать указ назад, изменить его и несколько отодвинуть срок его исполнения.
Потемкин, активно взявшись за дело, достиг в отношении донских казаков трех важных результатов. Он устранил мирным способом военно-политический фактор риска и создал дееспособную модель для всеобщей колонизации Южной Украины. Он обеспечил безопасность границ и усилил подвластные ему южнорусские области — всегда с выражением верноподданнических чувств по отношению к императрице. Не все проблемы можно было решить, используя верховную власть, так же легко. То, чего удалось достичь в отношении донских казаков, применяя достаточно «мягкое» давление, от их братьев-казаков из Запорожской Сечи приходилось добиваться только применением грубой силы.
В 1775 году центр «Запорожской республики» находился в устье реки Подпольной (на Днепре). Запорожские казаки наслаждались там своими правами и напоминали России о ее обязанностях. Они еще не достигли той меры социальной дифференциации, которая была уже привычна на Дону. Гетман, генеральный судья и генеральный писарь избирались народным собранием на год. Необузданная коллективная свобода считалась высшей заповедью. И на защиту этой свободы все были готовы встать как один в любое время. Такая дикая вольница не могла нравиться Екатерине. Потемкин знал уже с первой турецкой войны, когда он командовал как донскими, так и запорожскими казаками, что методы общения с запорожцами должны быть иными, чем такие методы по отношению к донским казакам.
С июля 1774 года он в течение целого года вел переговоры с запорожцами. Эти переговоры не привели ни к какому результату, который отвечал бы интересам империи. И тогда власти стали использовать другие средства. В июне 1775 года русские войска захватили Сечь. Удивительно, насколько просто казаки дали захватить себя врасплох и сдались без серьезного сопротивления.
Прежде чем Екатерина II в августе 1775 года официально издала приказ о ликвидации Сечи, Потемкин уже в июне запретил употреблять название Запорожская Сечь и провозгласил основание «Днепровской провинции». Он открыл казачьи области для всеобщего заселения, он позволил прогонять казаков с их земель. Большая часть казаков отошла на контролируемые татарами и турками территории, и никакие пограничные посты не смогли остановить их исход. Оставшихся казаков поселяли вдоль больших трактов или передавали в подчинение русских линейных полков. По существу, Потемкин организовал насильственную массовую депортацию казаков.
В течение следующих лет он по военно-политическим интересам предпринимал несколько попыток возвратить изгнанников на их земли. Возвращающимся тем не менее ставили такие жесткие условия, что лишь немногие соглашались вернуться. Они могли выбирать только между военной службой и крепостным правом! Только после объявленной амнистии 1784 года желающие вернуться находили в некоторой степени приемлемые условия для повторного поселения; заметьте, на своей исконной земле. Тогда речь шла уже о подготовке ко второй турецкой войне. Характерной для самодержавия того времени гибкостью было то, что тот же князь Потемкин, который в 1775 году причислял запорожцев к военным противникам, обращался в 1787 и 1789 годах к ставшим турецкими подданными запорожским казакам, убеждая, что они не должны забывать общую православную веру и должны снова возвратиться на родину. Запорожские казаки поддались уговорам и, подгоняемые тоской по родине, вернулись в далекие южнорусские степи. Потемкин был «благодарен»: они получили назад родные поля и пастбища и должны были привлекать людей для объединения в особое Черноморское казачье войско на войну против турок.