Тесное сплетение всех этих проблем относительно теории и практики в военном руководстве проявилось во время второй турецкой войны в деле Мордвинова. Потемкин в мае 1787 года назначил полковника Николая Семеновича Мордвинова контр-адмиралом и командующим Черноморским флотом. Мордвинов имел репутацию хорошего флотоводца. Тем не менее репутация оказалась ложной. Мордвинов осенью 1787 года спасовал перед врагом и оказался в 1788 году неспособным провести реорганизацию флота. Потемкин лишил его всех командных постов. Мордвинов ушел в отставку, и только Екатерина II снова назначила его в 1792 году после смерти Потемкина в Адмиралтейство. Персональные ошибки в политике совершаются повсюду и в любое время. В данном случае речь шла о соотношении «метода» и «практики» в военной науке, о столкновении традиции и реформ в России.
В трудных условиях, существовавших в Новороссии, строительство Черноморского флота могло стать успешным только с помощью искусства организации и импровизации. Потемкин объяснял Мордвинову в октябре 1788 года свой взгляд на вещи: «Есть два образа производить дела: один, где все возможное обращается в пользу и придумываются разные способы к поправлению недостатков — тут по пословице — и шило бреет; другой, где метода наблюдается больше пользы — она везде бременит и усердно ставит препоны». Князь принципиально не был против более долгосрочной программы реформ. Ему просто казалось более полезным то, что приносило практическую пользу. Мордвинов же ценил больше «метод» ради метода: «При всех усилиях я возлагаю надежду на честь, которая руководит законами и поступками». Потемкин так комментировал эту точку зрения: «Я вам откровенно скажу, что во всех действиях правления больше формы, нежели дела».
Мордвинов вел дела так, как будто бы он мог создавать флот в хорошо развитой стране с надежной инфраструктурой и достаточным количеством вооружения. Потемкин оставался убежденным в необходимости импровизации в не подготовленном еще даже наполовину регионе. Оба, адмирал и генерал-губернатор, обладали по своей должности правом отдавать приказания. В результате их двоевластия флотские и воинские склады лопались от бесполезного хлама, в то время как чрезвычайно необходимое вооружение и снаряжение отсутствовало. Процветали бюрократия и коррупция. Великие цели князя Потемкина разбивались о действительность в образе подстерегающего повсюду Мордвинова.
Потемкин поистине боролся как лев. 12 октября 1788 года, сердясь и угрожая, он писал Мордвинову: «Вы сообщаете мне относительно подготовки строительства порученных Вам кораблей, что весной они выйдут в целых три раза дороже. Я желаю, чтобы Вы назвали мне необходимые виды товаров, а я уж отыщу средства раздобыть их. В какой инструкции найдены троекратно завышенные цены, я не знаю. Я замечал, что во все сезоны года цены одинаковы; я также замечал, что после многих попыток отыскания средств управление адмиралтейства почти всегда обращалось, наконец, ко мне — я должен был быть извозчиком и поставщиком… Я могу дать денег, если у меня их хоть сколько-нибудь имеется… Беритесь (за дела) с таким же энтузиазмом осенью и весной; усердие дает средства и открывает возможности. Я не так хвастлив, чтобы ставить себя в пример, но если бы я был командующим, который ищет возможности в печатных правилах, то мне многого бы недоставало, так как в регламенте и в предписаниях не говорится, чтобы 36-фунтовые пушки ставить на лодки и стрелять из них 24-фунтовыми ядрами…»
Потемкин дал только в одном этом тексте отличный автопортрет и очень удачно охарактеризовал общую ситуацию относительно своей обязанности импровизировать. Не было никакой другой возможности лишить Мордвинова власти руководителя отдельного ведомства управления Адмиралтейства и вынудить его, наконец, уйти в отставку. Для Потемкина решение оставалось обоюдоострым, так как он сам брал на себя непосредственную ответственность за путаницу в бюрократическом лабиринте. Когда он к тому же сопровождал отставку Мордвинова саркастическими словами: «Присмотритесь повнимательнее и тогда Вы увидите, что я, как говорит пословица, делаю хлебы из камней», то он все же видел ловушку и для себя самого. Мордвинов воплощал собой принцип многоголовой гидры, головы которой Потемкин должен был рубить теперь сам.
Также и преемник Мордвинова, командир Севастопольской эскадры Марк Иванович Войнович, оказался как будто вырезанным из того же куска дерева, что и его предшественник. Не прошло еще долгого времени, как Потемкин стал считать его ненадежным. Теперь он должен был выдать Войновичу продиктованное обстановкой распоряжение: