О причинах обращения «иноверцов», как тогда называли всех нехристиан, проживающих на территории Российской империи, и их надеждах, возлагаемых на избранных вельмож, можно судить, анализируя письма депутатов к будущим опекунам. Так, в письме к князю С. Вяземскому от 23 апреля 1768 г. эта точка зрения высказана прямо. «Обстоятельства наши, — писали три татарских депутата, — по данным нам от собратий наказам требуют недремлющаго попечения, изъяснения недостатков и представительства по оным», почему они и просят принять их в «милостивою опеку и покровительство». В обращении же к Потемкину 21 депутата из разных губерний от татар и «иноверцов», написанному ранее, 28 ноября 1767 г., еще нет столь конкретных объяснений, а приведены лишь слова «положения» с просьбой:
«Милостивой государь, Григорий Александрович!
В положении, изданном при Манифесте Ея императорского величества 14 декабря 1766 года, между протчим дозволено депутатам подданных Ея императорскому величеству нородов, кои довольно российского языка не знают, по приезде в столицу выбрать с позволения комиссии кого хотят опекуном, какого б тот человек чина и звания не был, лишь бы не имел уже полномочия другова места. А как нам известно, что Ваше высокородие ниоткуда полномочия не имеете, то и просим покорнейше зделать милость, принять нас в свое опекунство и по делам нашим вместо нас быть ходатаем в Комиссии о сочинении проекта новаго Уложения на основании помянутого положения…»
Работа опекунов, и в данном случае Потемкина, была тесно связана с его деятельностью в Синоде. Там на заседаниях постоянно поднимались вопросы о взаимоотношениях церкви и «иноверцов» в составе одного государства. В течение XVIII в. положение мусульман (их в данном случае и именуют иноверцами) в России постепенно менялось. Государство от политики наступательной христианизации перешло к смягчению межконфессиональной атмосферы. В апреле 1764 г. Екатерина прекратила деятельность Новокрещенской конторы, и для Потемкина участие в рассмотрении наказов «иноверцов» послужило прекрасной базой для формирования своего взгляда на национальную политику, успешно реализовать который он смог в Крыму. 3 декабря 1767 г. состоялось 70-е заседание Комиссии, где было объявлено о выборе депутатами-«иноверцами» разных губерний своим опекуном двора Его императорского величества камер-юнкера Потемкина, и собрание дало свое согласие. Будучи опекуном депутатов от «иноверцов», Потемкин, в качестве так называемых помощников, участвовал в заседаниях Большой и Дирекционной комиссий и, по предложению маршала Уложенной комиссии, был включен в состав частной Духовно-гражданской комиссии, причем вакансия, которую он занимал, не предусматривала жалованья.
Частная Духовно-гражданская комиссия работала с 27 мая 1768 г. по 18 октября 1771 г., проведя за это время 299 заседаний. Согласно «Начертанию о приведении к окончанию Комиссии проекта нового Уложения» (СПб., 1768), задача комиссии состояла в том, чтобы систематизировать «все то, в чем гражданские законы в сохранении доброго порядка имеют сношение и сопряжение с духовными, или в чем сии последние от светских занимают помощь», а также разработать общее новое положение «духовенства вообще, установив, в том числе, и начало свободы вероисповедания для благоденствия общества». В «Большом наставлении» Дирекционной комиссией обращалось внимание на то, чтобы при установлении прав других вероисповеданий никоим образом не умалялась бы «непорочность и целость» православной веры, а также на необходимость пересмотреть правовые характеристики уголовных посягательств и проступков в отношении вероучения, церковных порядков и, частично, благочиния. По сути, ей предстояло разработать целостный свод законов о положении церкви, о правах духовенства во всем объеме мыслимых общественных связей, а также определить новые рамки отношения государства и церкви.
Сохранившиеся «Дневные записки» частной Духовно-гражданской комиссии дают нам прекрасную возможность проследить, причем по каждому заседанию, работу Потемкина непосредственно в этой комиссии. За время участия в ней Григория Алексеевича состоялось 64 заседания, из которых он присутствовал на 15. Обращая внимание на столь редкое его посещение заседаний, надо не забывать, что одновременно с работой в комиссии он исполнял полковую должность и все еще состоял в Синоде. Так, например, в дни, когда проходили 5-е, 10-е, 15-е, 18-е, 20-е, 21-е заседания (июнь — июль 1768 г.) отмечено, что Потемкин отсутствовал «за отправлением полковой должности»; 6, 7 и 9 октября (38—40-е заседания) он не был «за отправлением должности при дворе Ея императорского величества»; при этом 17 заседаний Потемкин пропустил «за болезнью».