Подобные слухи, при всей своей ничтожности, тревожили в Москве начальнейших людей. Решено было освободиться от опасного царевича насильственною мерою. Не известно, всех ли приверженцев Бориса Годунова должно упрекать в этом ужасном замысле наравне с ним, только убийство очевидно было задумано в Москве. Выполнить его поручено было дьяку Михаилу Битяговскому, по словам летописи, человеку лютому и зверообразному. Михайло Битяговский, определенный к должности дворецкого при Угличском царевиче, нашел средства согласить на кровавое свое дело брата своего Данила, племянника Качалова, мамку царевича боярыню Волохову и её брата Осипа. Они условились сложить беду на падучую болезнь царевича, о которой распространились в Угличе слухи, да и в самой столице, и выжидали только удобной минуты для свершения ужасного своего предприятия. Однажды, в майское утро, мамка вывела царевича на крыльцо. Тут один из убийц, взяв его за руку, спросил: «У тебя, государь, новое ожерелье?» — «Нет, старое», отвечал царевич, приподняв голову. В эту минуту сверкнул в руке убийцы нож; но удар по горлу был неверен. Крик показавшейся в дверях кормилицы испугал злодея; он бросил нож и убежал. Но двое других убийц вырвали несчастного царевича из рук кормилицы, зарезали и быстро скрылись. Мать прибежала на шум, но уже поздно: бездыханное тело сына, как-будто оживленное её воплем, затрепетало последним трепетом. Вслед затем явились дяди царевича, Нагие, и велели бить в набат. Гонцы поскакали по всем улицам, от ворот к воротам: «Чего стоите? царя у вас нет!» говорили они жителям, выскакивавшим на громкий стук их. Страшная весть облетела Углич в одну минуту; каждый спешит на царевичев двор. Там отчаянная мать с братом своим, Михайлом Нагим, терзают предательницу мамку, приговаривая: «Твой брат зарезал его с Битяговским!» По обвинению царицы, народ отыскивает убийц, влечет на место преступления и вместе с виновными убивает многих невинных. Раздраженная толпа излила свою ярость даже на слуг, изъявлявших жалость к господам своим. Холоп Волохова пал на него и хотел защитить своим телом, — оба лишены жизни вместе. Другой, видя свою госпожу, мамку царевича, с распущенными седыми волосами (великий срам по тогдашним понятиям), прикрыл ее своею шапкою, — в ту же минуту его убили. Но страсти наконец успокоились, и Нагие вместе с Угличанами ужаснулись последствия стольких убийств без суда законного. Написали донесение к царю, отправили в Москву гонца, а между тем постарались дать убитым Битяговским с товарищами вид вооруженных разбойников. Одним вложили в руку обагренные куриною кровью ножи, на других бросили железные палицы, сабли, самопалы и оставили в ожидании суда из Москвы; а тело царевича Дмитрия положили во гроб и поставили в соборной церкви.
В Москве давно ожидали этого известия. Гонца к царю не допустили, переписали грамоту по-своему, объяснили смерть Дмитрия падучею болезнью, и Борис Годунов взял на себя уведомить Фёдора о горестном событии. Благочестивый царь долго плакал, не говоря ни слова, и изъявил согласие на предложение Бориса — для погребения царевича и исследования дела отправить в Углич митрополита Геласия, князя Василия Ивановича Шуйского и окольничего Клешнина. Не удивительно, что Годунов выбрал в эту опасную для него комиссию митрополита Геласия: Геласий был обязан ему своим возвышением. Не удивителен и выбор Клешнина: он был один из деятельнейших злоумышленников против Дмитрия. Но выбору Шуйского многие дивились: с этим именем каждый привык соединять ненависть к Годунову. Никто не подозревал, что этого-то и хотелось дальновидному крамольнику. Он предвидел, что смерть царевича припишется ему, и, в доказательство совершенной своей неповинности, избрал в следственные судьи своего старинного врага. Народу не известны были узы, связывавшие аристократическую партию в союз против Дмитрия; не легко также было понять ему и стесненное положение Шуйского между двумя товарищами, усердными клевретами Годунова: когда Шуйский, сам Шуйский, вместе с другими привез из Углича подтверждение истории о падучей болезни царевича, это зажало рты многим обвинителям Годунова. Но что мог Шуйский сделать, если б и желал, когда в Угличе толпа людей — одни из страха, другие из угодливости сильным — засвидетельствовала, что царевич сам накололся ножом? И мог ли он повредить Борису Годунову, когда против его внушений Фёдору не устоял и сам Дионисий, глава духовенства?