Царь Петр, конечно же, не мог не думать о том, чтобы и в России появился университет не хуже иноземных. В 1697 году, оказавшись в ходе своего европейского турне в Кёнигсберге, он, как вспоминал великий немецкий ученый Готфрид Лейбниц, «осмотрел в городе все любопытства и не оставил в городе никаких ремесленников без посещения и без осмотра работ их, он познакомился с профессорами и требовал у них наставления, как бы удобней завести науки в народе непросвещенном и предрассудками зараженном». В Англии помимо арсеналов, доков, музеев и кабинетов редкостей государь посетил Гринвичскую обсерваторию, Королевское общество (аналог Академии наук), где, как говорят, встречался с Исааком Ньютоном, и Оксфордский университет.
Вскоре по возвращении в беседе с патриархом Адрианом он выразил недовольство московской академией: там мало кто учится и нет надлежащего надзора. Петр хотел иметь школу, из которой бы «во всякие потребы люди происходили, в церковную службу и в гражданскую, воинствовати, знати строение и докторское врачевское искусство» и которая избавила бы отцов, желающих обучить своих детей «свободным наукам», от необходимости обращаться для этого к иноземцам. Но осуществить свой амбициозный план царь не успел.
В январе 1735 года, когда Петр уже десять лет покоился в могиле, барон Иоганн Альбрехт фон Корф (1697–1766), только что назначенный «главным командиром» Петербургской академии наук, внес в Сенат предложение организовать при академии «семинарию» для русских дворян, которые обучались бы естественным наукам у академических профессоров, но получил отказ. Корф не отступил и в мае представил новый проект: на обучение в академию предлагалось прислать наиболее способных учеников, набранных по монастырям. Так в Петербург попал Михайло Ломоносов, учившийся тогда в Славяно-латинской академии.
Два года спустя в Саксонии открылся Гёттингенский университет, который впоследствии оказал значительное влияние на развитие Московского университета. Хотя формально в России университет существовал — при Академии наук, — Ломоносов упорно доказывал, что это заведение нельзя считать таковым. Академический университет делился на математический, физический и гуманитарный классы; Ломоносов же твердил: «…в университете неотменно до́лжно быть трем факультетам: юридическому, медицинскому и философскому (богословский оставляю синодальным училищам), в которых бы производились в магистры, лиценцияты и докторы» (письмо от 12 октября 1748 года по поводу проекта университетского регламента, составленного ректором академического университета Г. Ф. Миллером). В переписке с графом И. И. Шуваловым великий русский ученый предлагал план учреждения российского университета по образцу Лейденского, но вольности голландского образовательного учреждения оказались «несовместными» с русским самодержавием.
Двадцать пятого января 1755 года, в День святой мученицы Татианы (на именины матери Шувалова), императрица Елизавета Петровна подписала указ об учреждении Московского университета с тремя факультетами и двух гимназий при нем — для дворян и разночинцев, «с приложением высочайше утвержденного проекта по сему предмету». В университете было десять профессоров: на юридическом — «всей юриспруденции», «юриспруденции российской» и «политики» (истории международных отношений и права), на медицинском — «химии физической и особливо аптекарской», «натуральной истории» и «анатомии», на философском — философии (логика, метафизика, нравоучение), «физики экспериментальной и теоретической», красноречия и «истории универсальной и российской, также древности и геральдики».
Увы, детище Шувалова и Ломоносова довольно быстро зачахло. К 25-летнему юбилею Московского университета число студентов не доходило до сотни; иногда на юридическом и медицинском факультетах оставалось по одному студенту и по одному профессору, который читал лекции по всем наукам; студенты занимались в университете не более ста дней в году, родной речи почти не слышно было с кафедр; люди хорошего общества побаивались отпускать в университет своих сыновей, поскольку там их могли «научить плохому». Только благодаря усилиям горстки энтузиастов, в первую очередь М. М. Хераскова, в 1763–1770 годах директора Московского университета, настойчиво добивавшегося введения русского языка в преподавание, ему удалось выстоять и со временем превратиться в престижное учебное заведение.