Затянувшийся почти на сорок лет религиозный конфликт завершился Нантским эдиктом, принятым королем Генрихом IV в 1598 году. Согласно этому эдикту, король, желая прекратить «смуту и распрю» между своими подданными, разрешал исповедовать «так называемую реформированную религию» во «всех городах и местах королевства» «без преследований, притеснений и принуждений». Нантский эдикт стал первой в Европе попыткой придать легальный статус религиозному меньшинству, заставить общественное мнение пойти на компромисс. Для своего времени подобного рода документ являлся поистине передовым, ибо, по словам автора, он впервые в европейской политике поставил на повестку дня понятие терпимости, «толерантности», хотя, разумеется, о терпимости в современном понимании этого слова говорить не приходится.
С принятием Нантского эдикта завершились восемь религиозных войн, был достигнут — пусть непрочный — консенсус в обществе, и Франция смогла, наконец, вздохнуть свободно и начать восстанавливать разрушенное постоянными войнами хозяйство. Но история конфессионального противостояния на этом не завершилась. Как следует из источников, после восшествия на престол Генриха IV пасторы обнаружили среди реформатов «отсутствие дисциплины», а также «благородного огня», пылавшего в глазах защитников веры во время гражданских войн. И пасторы принялись усиленно блюсти нравы отбившейся за время войн от рук паствы. Отовсюду неслись призывы блюсти умеренность в одежде, украшениях и прическе. Гугенотам стали запрещать вступать в браки с католиками, а те, у кого жены были католичками, обязаны были обратить их в протестантскую веру. Дабы вверенное пастырям стадо соблюдало принципы кальвинистской нравственности, усилилось вмешательство церкви в частные дела, в частные отношения, была установлена система строгого надзора за паствой, пасторы не гнушались шпионских функций и назначали наказания, что порождало недовольство среди гугенотов.
Тем не менее ко времени, когда должность первого министра оказывается в руках у знаменитого кардинала Ришелье, во Франции насчитывается около миллиона гугенотов, во главе их стоит принц крови Анри де Роган, им принадлежит крупнейший порт Ла-Рошель, и, в надежде на поддержку Англии и Нидерландов, они лелеют мечту о создании отдельной республики. До окончательного примирения двух конфессий, о котором мечтал Генрих IV, все еще далеко. Впереди хорошо известная по роману А. Дюма «Три мушкетера» осада Ла-Рошели, а следом менее известное взятие последней протестантской цитадели во Франции — города-крепости Монтобан. Длительная и кровопролитная история религиозных войн во Франции завершается только в августе 1629 года торжественным въездом кардинала Ришелье в Монтобан. Сын Генриха IV, король Людовик XIII, дарует милость гугенотам и отказывается от дальнейших их преследований. Во имя национально-политического единства Ришелье окончательно отказывается от идеи сделать Францию однородной в конфессиональном отношении и сохраняет свободу вероисповедания. Понятие «француз» становится выше понятия «католик» или «гугенот».
Однако мир устанавливается прежде всего на государственном, политическом уровне. На уровне бытового сознания у католиков по-прежнему есть претензии к гугенотам. Тем более что гугенот чаще всего — человек состоятельный, образованный и работящий. А принципы самоуправления протестантской церкви, фактически превращающие каждую протестантскую общину в независимую республику, вызывают раздражение не только у соседей-католиков, но и у политиков, стоящих у руля государства. А особенно у Короля-Солнца Людовика XIV, чье изречение «Государство — это я» возведено в ранг государственной установки. Людовик XIV объявляет протестантам законодательную войну и начинает окружать их стеной запретов. Протестантам запрещается собираться вне храмов без пасторов, вступать в брак с католиками, воспитывать детей от смешанных браков в принципах реформатской веры, эмигрировать из страны, занимать и исполнять ряд должностей. Смешанные судебные палаты были распущены. Результатом запретительных мер явился принятый в 1685 году в Фонтенбло указ об отмене Нантского эдикта. Страна вновь формально становилась моноконфессиональной. Но именно формально, ибо не все гугеноты добровольно перешли в католичество, не все сумели эмигрировать в Америку или в соседние с Францией протестантские страны. Многие по-прежнему тайно продолжали исповедовать свою веру. Но понятие толерантности на многие годы исчезло из политического обихода.