Продвижение русских в Маньчжурии и на Сахалине, захват англичанами территорий в Гонконге и Китае, французская колонизаторская политика в Кохинхине (Южном Вьетнаме) вызвали огромное беспокойство политических кругов Японии. Многие европейцы стали жертвами террористов. Влиятельные юго-западные княжества: Тёсю, Сацума, Тоса и Хидзэн (их общее наименование — Садзётохи или Сатётохи) приняли сторону императора, который противостоял иностранцам-«варварам» и сёгунату, благоприятствовавшему их пребыванию на священной земле Японии. В 1862 году сёгунат не смог удержать под своим контролем даймё «внешних» кланов, и они поспешили покинуть столицу Бакуфу и перебраться в Киото, резиденцию императора, ставшую вскоре политическим центром Японии. Освободившись от давления Эдо, даймё по призыву императора объединились в противостоянии Бакуфу. Сам император, чувствуя поддержку даймё и осознавая усиление своей власти, решил с помощью кланов объявить войну иностранцам. Военные действия начались 25 июня 1863 года: Тёсю открыли огонь в проливе Симоносеки по американскому судну «Пемброк». Голландская «Медуза» и французская «Хань-Шан» также подверглись обстрелу с берега. Вскоре последовал ответ: американцы потопили пароход, принадлежавший Тёсю, а французы уничтожили батареи на берегу Симоносеки. Великобритания атаковала город и порт Кагосима, вынудив клан Сацума подписать соглашение, которым англичане воспользовались, чтобы продать Японии военные корабли и снаряжение.
Император Комэй стал осознавать, что европейские государства значительно превосходят Японию по военной мощи, и решимость некоторых кланов идти до конца в противостоянии с Западом начала мешать ему. Требовалось во что бы то ни стало сохранить целостность территории, и это заставило императора пересмотреть свои взгляды на ведение внешней политики. Его ближайшими советниками стали даймё Сацума и Тоса, довольно благосклонно относящиеся к открытию Японии для иностранцев. Клан Тёсю остался не у дел и попытался вернуть политический вес, атаковав Ююто в августе 1864 года. Он был разбит объединенным французским, голландским, английским и американским флотом, нанятым императором (хотя об этом факте мало кто знал). Затем флот занял Хиросиму (принадлежащую Тёсю) и освободил проливы. Остальные кланы объединились с Сацумой и с войсками Великобритании против Бакуфу Эдо.
Ситуация была крайне сложной. Император противостоял клану Тёсю и, не доверяя сёгунату, подтвердил прежние договоры между сёгунатом и иностранцами. Под предлогом защиты императора войска сёгунов продвинулись до Осаки и Хиросимы, но были отброшены хорошо вооруженными войсками Тёсю, так что император решил прекратить военные действия против клана. Тем временем сёгун Иэмоти скончался в Осаке. Его сменил назначенный императором Кэйки Ёсинобу. Став вассалом императора, Кэйки сразу же распустил войско сёгунов и Тёсю.
Император Комэй скончался 3 февраля 1867 года, и на престол взошел его пятнадцатилетний сын Муцухито. Практически все кланы присягнули ему и принесли клятву верности, возможно, надеясь повлиять на юного правителя. Последние сторонники сёгуна Токугавы были разбиты войсками Сацумы и Тёсю, вставшими наконец под знамя императора. Кэйки Ёсинобу был вынужден бежать на американском корабле «Ирокез» и затем пересесть на свой корабль «Каё-мару». В мае 1868 года армия императора настигла последних сторонников в Эдо и на севере страны, где те пытались скрыться.
Кэйки Ёсинобу сложил с себя полномочия в пользу императора, и 3 января 1868 года сёгунат официально прекратил свое существование. Император сосредоточил в своих руках всю власть и на все ответственные должности назначил представителей Садзётохи. Это событие явилось началом «установления эпохи Мэйдзи» — 1 января 1868 года по восточному календарю. Император перенес резиденцию из Киото в Осаку и затем в Эдо, переименовав город в Токио — «столицу Востока». Гражданская война завершилась 27 июня 1869 года капитуляцией Эномото — адмирала, до конца преданного исчерпавшей себя системе сёгуната.
Появилась необходимость внести изменения не только в государственную систему, но и в менталитет народа, а это невозможно сделать одним лишь постановлением свыше. Чтобы Запад признал новую Японию, требовалось прежде всего избавиться от феодального строя. Во время инаугурации 6 апреля 1868 года император произнес речь, в которой говорил о пяти принципах, определивших судьбу Японии вплоть до сегодняшнего дня и положивших начало целой серии значимых изменений в истории страны. Эти принципы были разработаны самим императором при участии трех государственных деятелей родом из благородных феодальных родов: Ивакуры Томоми (1825–1883), принадлежащего к одной из ветвей императорской семьи, Кидо Койна (Такаёси или Такамаса, 1834–1877), главы клана Тёсю, и Фукуоки Котэй (Такасика, 1835–1919) — влиятельного представителя клана Тоса. Все они по разным причинам (чаще личным) так или иначе участвовали в устранении системы сёгуната.