В 60-е годы XIX века французская Римско-католическая церковь вновь обрела духовную и политическую власть в стране (кстати, император Луи-Наполеон взошел на трон во многом благодаря Церкви) и вновь была готова восстать против ереси, а потому все нападки на Священное Писание могли неизбежно привести к политическим и религиозным бурям. Как отмечал современный Пастеру блестящий английский физиолог Ричард Оуэн, эксперименты Пастера «имели преимущество в том, что служили интересам „партии порядка“ и потребностям теологии». Хорошо это понимая, Пуше при всяком удобном случае старался отрицать атеистический смысл спонтанного размножения. Естественно, его усилия ни к чему не приводили. К 1858 году ассоциации между спонтанным размножением, эволюционизмом и атеизмом оказались настолько сильны, что разрушить их было совершенно невозможно. Для правящих кругов спонтанное размножение и атеизм были синонимами и звучали как призыв к мятежу. В таком контексте ни у Пуше, ни у Бастиана не было никаких шансов на беспристрастное отношение к себе и своим теориям.
В середине XIX века для разрешения продолжительных научных споров Академия наук часто создавала официальную комиссию. Можно было не сомневаться, что собравшаяся в 1863 году такая комиссия сознательно выступит против несчастного руанского натуралиста. В 60–70-е годы клика консерваторов изо всех сил поддерживала Пастера. Как мы видим, это делалось тогда, когда позиция его противника выглядела убедительней всего, причем чем крепче она становилась, тем более предвзято вела себя комиссия. Получив, как ему казалось, дополнительные доказательства в пользу существования спонтанного размножения во время своих пиренейских экспериментов, в 1864 году Пуше добивается созыва второй академической комиссии. К сожалению к этому времени выводы комиссии почти полностью зависели от друзей Пастера. Более того, Луи Наполеон недавно назначил одного из главных сторонников Пастера в его споре с Пуше сенатором и министром сельского хозяйства. Оценив все происходящее и поняв, что объективного слушания не получится, Пуше отозвал свой вызов и покинул поле боя.
По случайному совпадению в это самое время комиссия делала все возможное, чтобы опровергнуть потенциально атеистические эволюционные идеи, появившиеся по ту сторону Ла-Манша, в книге Чарльза Дарвина «О происхождении видов». Связь между теориями спонтанного размножения и эволюции оказалась настолько сильной, что Пуше очутился в полном идейном одиночестве. К 1869 году обсуждение спонтанного размножения было запрещено даже в знаменитом Музее естественной истории в Париже. Когда сын Феликса Пуше, Жорж, работавший в этом музее, решил протестовать против такого решения, он тут же лишился своего места. Из-за верности отцовским идеям его карьера закончилась, не успев по-настоящему начаться.
Как правило, творцы исторических мифов не могут избежать соблазна — они заявляют, что их герои головы положили, бесстрашно сражаясь с невежеством и предрассудками, прежде чем их идеи обрели популярность. Биографы Пастера не являются исключением. Вот довольно типичная цитата, взятая из книги Фрэнка Ашалла «Замечательные открытия» (1995):
Встречая постоянное противодействие своим идеям, [Пастер] в конце концов убедил Французскую академию наук создать комитет, который бы смог повторить его эксперименты с целью проверки результатов. Он ни минуты не сомневался в полученных им данных, тогда как его противники самоустранились, очевидно, потому что недостаточно доверяли своим результатам. Спонтанное размножение было побеждено раз и навсегда.