До лета 1929 г. она являлась одной из самых авторитетных фигур в руководстве советским образованием, находясь на посту заместителя народного комиссара просвещения. Но в Наркомпросе РСФСР, в коллегии которого она состояла еще при жизни Ленина, круг ее обязанностей все более и более сужался. Сначала ее отстранили от пропаганды, потом от борьбы с неграмотностью, потом от управления школами и составления школьных программ. В конце концов, после XVII съезда в ее ведении оказались только библиотеки, как писала сама Н.К. Крупская, «я переключилась на другую работу, на библиотечное дело; организационно к вопросу школы я никакого отношения не имею». Внешне ей оказывались знаки уважения, но внутри аппарата ее систематически компрометировали, унижали, а в рядах комсомола о ней распространялись самые нелепые и грубые сплетни.
Но она продолжала писать воспоминания, сборники высказываний Ленина, при этом старалась представить своего супруга, каким он был в жизни, нормальным, талантливым человеком, совершавшим порой и ошибки, с присущими ему достоинствами и недостатками. В это время образ Ленина в литературе канонизировался, он обожествлялся, а рядом с ним постоянно присутствовал его ближайший ученик и соратник Сталин - гений того же масштаба.
Известен конфликт Крупской с «Союзом безбожников» в 1929 г. Руководители этой организации предлагали превратить школу в один из центров антирелигиозной борьбы. Но руководство Наркомпроса, в частности Крупская и Луначарский, считали вполне нормальной сложившуюся ситуацию, когда школа оставалась фактически нейтральной. Они были против радикальных методов борьбы с религией, против того, чтобы с верующих детей срывали кресты и насмехались над ними. Но идеи «Союза безбожников» перекликались с «генеральной линией» Сталина, поэтому и Крупская, и Луначарский оказались в меньшинстве.
Во второй половине 1929 г. под сильным давлением Сталина вся коллегия Наркомпроса во главе с А.В. Луначарским, была вынуждена подать в отставку. Новый нарком А.С. Бубнов встретил Крупскую холодно. «Летом 1930 года перед XVI съездом партии в Москве проходили районные партийные конференции, – пишет в своей книге «Они окружали Сталина» историк Рой Медведев. – На Бауманской конференции выступила вдова В. И. Ленина Н.К.Крупская и подвергла критике методы сталинской коллективизации, заявив, что эта коллективизация не имеет ничего общего с ленинским кооперативным планом. Крупская обвиняла ЦК партии в незнании настроений крестьянства и в отказе советоваться с народом. “Незачем валить на местные органы, – заявила Надежда Константиновна, – те ошибки, которые были допущены самим ЦК”. Когда Крупская еще произносила свою речь, руководители райкома дали знать об этом Кагановичу, и он немедленно выехал на конференцию. Поднявшись на трибуну после Крупской, Каганович подверг ее речь грубому разносу. Отвергая ее критику по существу, он заявил также, что она как член ЦК не имела права выносить свои критические замечания на трибуну районной партийной конференции. “Пусть не думает Н. К. Крупская, – заявил Каганович, – что если она была женой Ленина, то она обладает монополией на ленинизм”».
Подкорректированная Крупская приветствовала коллективизацию: «Эта перестройка на социалистических началах сельского хозяйства — это настоящая подлинная аграрная революция». Она клеймила выброшенного за пределы страны Троцкого, который «никогда не понимал крестьянского вопроса», она предлагала в деле коллективизации мощнее использовать все механизмы партийного аппарата: «борьба с кулаком заключается в том, чтобы на идеологическом фронте не оставалось никакого следа кулацкого влияния». И вновь Крупская в первых рядах, в 1931 г. она была избрана почетным членом Академии наук СССР. В своей речи на XVII съезде партии в январе 1934 г. Крупская произносила имя Сталина в унисон со всеми другими ораторами: «Вот на XVI съезде товарищ Сталин заострил вопрос о всеобщем обучении. Конечно, это вопрос громадной важности, это сознавала партия с самого начала…». В 1935 г. она – делегатка VII-го конгресса Коминтерна, награждена орденом Ленина, в 1936 г. стала первым в СССР доктором педагогических наук, в 1937 г. – депутатом и членом президиума Верховного совета 1-го созыва, в 1938 г.– членом его президиума.
В конце 1930-х Крупская пыталась заступиться за Бухарина, Троцкого, Зиновьева, Каменева, протестовала против гонений на детей «врагов народа». Все это вызывало неудовольствие Сталина, он даже угрожал ей «представить в будущих учебниках женою Ленина не ее, а старую большевичку Е.Д.Стасову. Да-да, – добавил Сталин, – партия все может». (В этой ремарке иногда менялись имена: вместо Стасовой подставляли то Инессу Арманд, то Фотиеву). Сталин постоянно включал Крупскую и Анну Ильиничну в партийные комиссии, решавшие судьбы бывших вождей партии. Женщины в лучшем случае не являлись на заседания этих комиссий или голосовали, как все, то есть за предложение тов. Сталина. Крупская голосовала за предание суду Н.И. Бухарина, за исключение из партии Л.Д. Троцкого, Г.Е. Зиновьева, Л.Б.Каменева и своих ближайших друзей и соратников по партии.
Последние годы ее жизни она находилась в определенной изоляции, - ее переселили в санаторий старых большевиков «Архангельское». 19 октября 1935 г. умерла в Москве ее ближайшая подруга, старшая сестра Ленина, Анна Ильинична, которая была уже давно серьезно больна: сказались тяжелые переживания, аресты, ссылки. В доме № 9 по Манежной улице, в декабре 1982 года открылся новый ленинский музей. На фасаде дома мемориальная доска с надписью: «Видный деятель Коммунистической партии, сестра В. И. Ленина Анна Ильинична Ульянова-Елизарова жила в этом доме с 1919 по 1935 годы». После смерти Ленина Анна Ильинична была до 1932 г. научным сотрудником института Маркса – Энгельса – Ленина, являлась секретарем и членом редколлегии журнала «Пролетарская революция». По поручению ЦК партии она собирала документы по истории семьи Ульяновых. Полученные в конце лета 1924 г. копии документов из архивов Медико-хирургической академии свидетельствовали о еврейских корнях деда по линии матери и его переходе в православную веру. По формулярным (послужным) спискам удалось проследить служебный путь А. Д. Бланка. Получение дворянского звания подтвердили и копии документов Дворянского депутатского собрания Казанской губернии, где поселилась семья Бланков после выхода Александра Дмитриевича в отставку. Из Казани же были получены документы об И.Н.Ульянове. Во время поездки в Ленинград осенью 1924 г. Анна Ильинична ознакомилась с подлинниками обнаруженных документов, из которых следовало, что ее дед, Александр Бланк, принял святое крещение в 1820 г. в Санкт-Петербурге; до 1818 г. он был записан за мещанским еврейским обществом города Староконстантинова Волынской губернии под именем Израиль. Она надеялась получить у Сталина согласие на публикацию этой информации. «Для вас, вероятно, не секрет, что исследование о происхождении деда показало, что он происходит из бедной еврейской семьи, был, как говорится в документе о его крещении, сыном житомирского мещанина Мошки Бланка. Но в последние годы я, слыша, что антисемитизм у нас проявляется опять сильнее, прихожу к убеждению, что вряд ли правильно скрывать от масс этот факт, который, вследствие уважения, которым пользуется среди них Владимир Ильичи, может сослужить большую службу в борьбе с антисемитизмом, а повредить, по-моему, ничего не может… Мне думается, что так взглянул бы и Владимир Ильич. У нас ведь не может быть никакой причины скрывать этот факт, а он является лишним подтверждением данных об исключительных способностях семитического племени, что разделялось всегда Ильичем, и о выгоде для потомства смешения племен. Ильич высоко ставил всегда евреев. Очень жалею, что факт нашего происхождения, предполагавшийся мною и раньше, не был известен при его жизни. (Оригинал письма от 1932 г. находится в экспозиции Московского Исторического музея – А.З.) Сталин запретил открывать тайну о происхождении великого учителя, а Анну Ильиничну уволили по его указанию из института.