По мнению Вулисмы, доводы прп. Никодима были не согласны с апостольскими и отеческими правилами, и поэтому он советовал одуматься: «Приди в себя, человече». Вулисма категорично потребовал, чтобы прп. Никодим согласился с ним в спорных вопросах. В противном случае он решил отказаться, при согласии архиереев Синода, от работы над рецензированием и утверждением книги. Многотрудное начинание, предпринятое составителями «Пидалиона», уже было обречено на неудачу. Таким образом, прибегнув к давлению на прп. Никодима, Вулисма передал дело в полное его распоряжение, как это видно из письма: «Итак, ты сам не приехал к нам ради объяснения и обещаний своих не исполнил, после того как была составлена рецензия и ты получил пожертвование, но нагружаешь нас все больше и больше, хотя мы не в силах понести даже своей ноши, и предъявляешь обвинения, требуя ответа за всю книгу, хотя мы едва смогли дать отпор противникам и едва смогли написать тебе все это, рассчитывая держать ответ за книгу только по вопросам, затронутым в рецензии. Поэтому пиши сам, если ты полагаешь, что о ней рассудили неправильно, и рецензируй, и исправляй, и переделывай, и печатай так, как тебе велят твои способности и разум, только сообщи мне, с кем переслать все твои материалы. Ибо после первого и второго вразумления (Тит. 3:10), знай, мы заявляем об апостольском, каноническом и соборном отречении. Ведь я никак не могу не сообщать Синоду о том, что посылаю тебе, и не могу не придерживаться всегда соборных постановлений богоносных отцов наших и не сообразовываться с ними, так чтобы защищать их и проповедовать (потому что в них наше спасение), насколько это в моих силах». Рецензент умыл руки, и прп. Никодим оказался перед мучительной дилеммой: отступиться или предпочесть соборное одобрение издания «Пидалиона», которого он так желал?
Здравый смысл подсказывал ему, что издание книги принесет пользу несравненно бо́льшую. Едва получив письмо-«ультиматум», которое с опозданием дошло до него 16 сентября 1792 г., прп. Никодим решает уступить и на следующий же день сообщает, что он намеревается смиренно согласиться со всем. К тому же как монах, верный всем правилам монашеской жизни, и в особенности как монах-святогорец, он знал мудрое отеческое начало послушания – слово «прости». К нему он и прибег, чтобы найти себе успокоение от смятения помыслов и, конечно, одновременно достичь желаемого. «Что же мне отвечать? – пишет прп. Никодим. – Мы, святогорцы, пожалуй, не научены здесь ничему лучшему, чем то, чтобы при каждой малой или великой погрешности быть готовыми сказать: „Прости, отче“, – этим мы прекращаем любую возникшую между нами ссору, а брат на эти слова отвечает нам: „Бог простит тебя“. Самое время теперь и мне произнести это, чтобы уничтожить всякое прекословие, которое, по выражению Великого Василия, „указывает на непослушный нрав“».
Прп. Никодим проявил крайнюю, безграничную уступчивость, когда передавал дело Дорофею. Он показал свое намерение полностью уступить Дорофею авторство книги, надеясь, что тогда она точно будет издана. Свое намерение он объяснил «сыновним дерзновением» к своему рецензенту. При этом он, однако, не скрывал, какие душевные страдания причинило ему давление Дорофея: «Поэтому я и впал в глубокую скорбь, жалобно зарыдал и испустил „источники слез“, когда увидел, что в конечном итоге ты даешь мне знать об отречении апостольском и соборном. Нет, ради любви распявшегося Бога! Нет, ради драгоценного спасения души не делай и не пиши мне этого впредь, но „склонись к моим стенаниям сердечным“ и понеси помимо прочих своих тягостей и эту, ведь то, что я написал, я написал из сыновнего дерзновения. И знай, что я от всей моей души, от всего моего сердца, от всей крепости (ср. Мк. 12:30) говорю, что я всецело отдаю тебе книгу, с сегодняшнего дня и впредь она не принадлежит мне. Хочу же – и всегда буду благодарен за это, – чтобы на ней было написано имя господина моего Дорофея не как рецензента, но как автора, и потому пусть думает, что труды, которые ему предстоят до той поры, когда он ее напечатает, он понесет ради самого себя – труждающегося Дорофея и ради Бога, а не ради Никодима или Агапия. Говорю об этом с полной уверенностью и решимостью, свидетельствует мне совесть (Рим. 9:1), и пусть господин Дорофей мне верит, мыслит так, как я предлагаю, и так поступает с книгой, а я отныне умер».