Прп. Никодим искал выход из ситуации. Замкнутость была для него мучительна и, без сомнения, ни к чему не привела бы. Поэтому он решает преодолеть свое стеснение и, несмотря на расстроенное многолетней болезнью здоровье, снова обратиться к Дорофею (27 августа 1802 г.), в первый раз после публикации «Пидалиона». Причина, по которой молчание было нарушено, как уже упоминалось, состояла в желании опровергнуть утверждение святогорцев, что «„Каноникон“ не был рассмотрен Церковью».
За это время (с ноября 1801 г. по август 1802 г.) прп. Никодим имел возможность закрасить в книгах, доставленных на Святую Гору, вставки Феодорита. Он пишет: «Извещаю, что во всех книгах, которые прибыли на Гору, я закрасил вставки, сделанные Феодоритом; и поскольку он не имел права их делать, то я с полным правом их убрал». Однако этим Никодим мало чего достиг, поскольку через его руки не могли пройти все экземпляры книги, как нераспроданные, так и, тем более, распроданные.
Поэтому Никодим подумал, что больше пользы принесло бы издание патриаршего или синодального послания, которое извещало бы читателей «Пидалиона» об искажениях Феодорита. 2 сентября 1802 г. прп. Никодим попросил Дорофея ходатайствовать перед патриархом Каллиником (1801–1806) об издании такого послания: «Особо обращаюсь к его святейшеству вселенскому патриарху господину Каллинику, тяжко скорбя и плача из-за искажений, которые сделал Феодорит в моем „Канониконе“, и рабски молю его божественность взять на себя попечение о том, чтобы синодальным и патриаршим посланием воспретить тем, кто купил книгу, читать эти искаженные места, потому что это не только может нанести читателям душевный вред, но и представляет опасность для их жизни и благосостояния. И посему молю усердно любимейшего моего дидаскала господина Дорофея возглаголать об этом в слух святейшего владыки и святого Синода, ведь я уверен, что в великой Христовой Церкви его мудрое слово имеет огромную силу, пользуется общим признанием и что́ он хочет, то непременно совершает».
Через Дорофея прп. Никодим сообщил патриарху, на каких страницах находятся искажения. Номера он перечисляет в своем письме: «Прочтению искажений легко воспрепятствовать, если будет издано послание церковного Синода с распоряжением о том, чтобы христиане закрасили искажающие книгу вставки, как это сделали и отцы на Святой Горе. Искажения находятся на страницах 96, 104, 141, 167, 183, 184, 203, 204, 212, 300, 383, 399, 449, 502, 504, 533, 548, 549».
В постскриптуме этого же письма прп. Никодим упоминает, что он написал особое письмо патриарху Каллинику и, вероятно, членам Синода: «Молю усердно святого моего дидаскала вручить как можно скорее его святейшеству мое письмо, а прочие отослать тем, кому они адресованы, и прошу прощения за беспокойство».
Дорофей в ответном письме (от 17 октября 1802 г.) сообщил прп. Никодиму о своем согласии. Однако он предложил ему самому, как более осведомленному в данном вопросе, составить проект синодального послания, с тем, чтобы потом оно в исправленном виде (вероятно, с поправками Дорофея) было окончательно представлено читателям как патриаршее и синодальное. «Послание, которое мне повелено составить от лица святой Христовой Церкви, – пишет прп. Никодим, – я не смог полностью завершить, с одной стороны, из-за того, что нужно было спешно отдать его почтальону, а с другой, из-за того, что я решил довести его до совершенства после того, как вставки будут беспристрастно рассмотрены вашим рассудительнейшим и беспристрастным взором». Проект послания был получен Дорофеем вместе с письмом прп. Никодима от 19 ноября 1802 г., в котором тот писал: «Насколько я мог, я изложил по порядку главнейшие мысли, которые, по моему мнению, должно содержать послание, а вы сами дополните недостающее».
Отвечая прп. Никодиму 15 мая 1803 г., Дорофей подтвердил свое обещание содействовать в издании синодального послания, после того как получит экземпляры «Пидалиона» с отмеченными вставками и опущениями и отдаст эти экземпляры патриарху. «Признаю́, возлюбленный, – говорит он в письме, – что я пообещал тебе исполнить твою просьбу касательно вставок и опущений брата Феодорита в вашей канонической книге, когда я получу ее в свои руки и когда твоя ученость вставки удалит, а опущения восстановит, оговорив все это в составленном синодальном послании. И действительно, в ранее присланных мне письмах ты представил на мой беспристрастный суд проект синодального послания с изложением главных вопросов... остается еще прислать собственно канонические книги, чтобы я сразу отослал их вместе с письмами, в которых ты указал искажения».