Этому поверили и его ближайшие сторонники Иван Максимов и Михаил Косой. Однако скоро им пришлось убедиться в своем заблуждении. Тверитинова и его последователей обвинили в том, что они «рассеивают» среди «неискушенного народа» «плевелы соблазнительные». Сперва арестовали Ивана Максимова, который-де «острыми укоризнами и невежливыми речениями укорял православные догматы». Максимова заключили в колодническую палату при патриаршем дворе, а после первых пыток перевели в Преображенский приказ, где пытали вторично. Не выдержав пыток, Максимов выдал своего учителя Тверитинова и его учеников — цирюльника Фому Иванова, фискала Михаила Андреева и «торгового человека» Никиту Мартинова.
Вначале Сенат, рассматривавший дело московских рационалистов, отнесся к еретикам снисходительно и потребовал от них лишь отказа от их религиозных взглядов, шедших вразрез с учением господствующей церкви. Но против такого отношения к еретикам возражал Стефан Яворский. Он обратился с письмом к Петру, в котором доказывал необходимость применения к еретикам пыток. «Что же речем о допросах? — писал он. — Допросы обычно бывают ради известия истины. Аще же вопрошаемый начнет запираться, то надобно или достоверных свидетельств или пытки»19. Чтобы собрать обвинения против Тверитинова и его учеников, Стефан обратился к народу с «увещеванием». Под угрозой церковного проклятия он призывал «православных» доносить на еретиков. «Увещевание» сделало свое дело, и на Тверитинова посыпались «обвинительные сказки», главным образом от духовенства. Всех обвиняемых заключили в тюрьмы: Тверитинова — в колодническую палату московского духовного приказа, а его ближайшего ученика Фому Иванова — в московский Чудов монастырь, где держали «на цепи со стулом». В цепях их приводили в церковь и предавали анафеме. Стефан обвинял Тверитинова и его учеников в том, что они пытались отторгнуть простой народ от церкви и что делали они это «по злобе на церковь». По поводу «лукавого дела» начались расспросы, пытки, церковные проклятия. По распоряжению Стефана из 39 допросов был сделан «экстракт», и вместе с «правилами святой церкви» о необходимости сурового наказания еретиков материалы были переданы церковному собору.
Тем временем пытки продолжались. Первым не выдержал Фома Иванов. Когда его вели из тюрьмы в церковь, чтобы предать церковному проклятию, он схватил косарь (топор) и на глазах духовенства и народа изрубил икону Алексия. Его немедленно подвергли церковному проклятию, перевели в духовный приказ, где по распоряжению Стефана вновь пытали. Сгущались тучи и над головой Тверитинова. Стефан обвинял его в том, что он широко распространял свои еретические взгляды, что он размножал и раздавал свои «народно - развратные пункты».
24 октября 1714 г. в патриаршей крестовой палате собрались архиереи, архимандриты и попы для соборного суда над Тверитиновым и его учениками. Собор перечислил их «богомерзкие и богохульные ереси», трижды пропел им анафему, а затем передал обвиняемых светскому суду. Заклиная «страшным судом божиим», собор требовал от светской власти «сии богоненавистные еретические плевелы конечно истребить не только духовным судом, но и судом гражданским». 30 декабря 1714 г. Фому Иванова подвергли жестокой казни. В Москве, на Красной площади, построили сруб, куда поместили Иванова, и зажгли его. Перед казнью был зачтен приговор. Иванова осудили за то, что он возложил хулу на иконы и мощи угодников, на причастие, был противником церкви, врагом и богоотступником. Сперва сожгли его руку с косарем, которым он разрубил икону, затем в срубе сожгли его самого. При совершении казни Иванов держался с величайшей твердостью и не принес, как от него требовали, покаяния. Суровость наказания Стефан Яворский оправдывал необходимостью «угасить всенародный мятеж», вызванный, по его словам, учением Тверитинова.