12 декабря 1855 года совершилось его посвящение в священника. Когда он впервые вошел в Кронштадтский Андреевский собор, он остановился почти в ужасе на его пороге: это был именно тот храм, который задолго до того представлялся ему в детских видениях. Вся остальная жизнь отца Иоанна и его пастырская деятельность протекала в Кронштадте, почему многие забывали даже его фамилию «Сергиев» и называли его «Кронштадтский», да и сам он нередко так подписывался.
Брак требуется обычаями Церкви для иерея, проходящего свое служение в миру. Но брак отца Иоанна и Елизаветы Несвитской был не плотским, они жили как брат с сестрой. «Счастливых семей, Лиза, и без нас много. А мы с тобою давай посвятим себя на служение Богу», – так сказал он своей жене в первый же день своей брачной жизни.
С первого же дня после рукоположения батюшка Иоанн всецело отдал себя на служение Господу и людям и стал ежедневно служить Божественную литургию. Он молился, учил и помогал многим. Его усердие было поразительно. На литургии отец Иоанн молился горячо, требовательно, дерзновенно.
При первом же знакомстве с паствой отец Иоанн увидел, что здесь ему предстоит не меньшее поле для самоотверженной и плодотворной пастырской деятельности, нежели в далеких языческих странах. Безверие, иноверие и сектантство, не говоря уже о полном религиозном равнодушии, процветали тут. Кронштадт был местом административной высылки из столицы разных порочных людей. Кроме того, там много было чернорабочих, работавших главным образом в порту. Все они ютились по большей части в жалких лачугах и землянках, попрошайничали и пьянствовали. Городские жители немало терпели от этих морально опустившихся людей. Ночью не всегда безопасно было пройти по улицам, ибо был риск подвергнуться нападению грабителей.
«Нужно любить всякого человека и в грехе его, и в позоре его, – говорил отец Иоанн. – Не нужно смешивать человека – этот образ Божий – со злом, которое в нем»... С таким сознанием он пошел к людям и шел всю жизнь, всех побеждая и возрождая силой своей истинно пастырской состраждущей любви.
На, казалось бы, нравственно погибших людей, презираемых всеми, обратил свое внимание исполненный духа подлинной Христовой любви великий пастырь. Ежедневно стал он бывать в их убогих жилищах, беседовал, утешал, ухаживал за больными и помогал им материально, раздавая все, что имел, нередко возвращаясь домой раздетым и даже без сапог. Эти кронштадтские «босяки», «подонки общества», которых отец Иоанн силою своей сострадательной пастырской любви опять делал людьми, возвращая им утраченный ими человеческий образ, первыми открыли святость отца Иоанна.
Такой необычный пастырский подвиг молодого пастыря стал вызывать нарекания и даже нападки на него со всех сторон. Многие долго не признавали искренности его настроения, глумились над ним, клеветали на него устно и печатно, называли его юродивым. Но все эти испытания и глумления отец Иоанн мужественно переносил, ни в чем не изменяя принятого им образа жизни. И, с Божией помощью, он победил.
Свое служение милосердия отец Иоанн не оставлял никогда. Он не понаслышке знал, что такое нужда и нищета. Огромные суммы, которые ему жертвовали уже как всенародно известному праведнику и пастырю, он тратил на бедных. Ежедневно кормил тысячу нищих. Устроил в Кронштадте замечательное учреждение – Дом Трудолюбия, со школой, церковью, мастерскими и приютом. При этом Доме имелись лечебница, курсы для обучения ремеслу, школы для детей (на 300 человек) и для взрослых, ночлежный и странноприимный дом. Не забывал праведный Иоанн и свою родину – Суру. Часто приезжал туда. Открыл там лавку, где продавались по дешевой цене необходимые в крестьянском быту товары. Построил каменную церковь в честь святителя Николая, а также школу. А в 1899 году основал в Суре женский монастырь. При нем имелась школа, где обучались ежегодно от 30 до 50 крестьянских девочек.
Хотя однажды отец Иоанн и говорил, что он не ведет аскетической жизни, но это, конечно, сказано было им лишь по глубокому смирению. В действительности, тщательно скрывая от людей свое подвижничество, отец Иоанн был величайшим аскетом. В основе его аскетического подвига лежала непрестанная молитва и пост. Строгого поста, как душевного, так и телесного, требовало от него и ежедневное совершение Божественной литургии, которое он поставил себе за правило.
Скоро открылся в отце Иоанне и дивный дар чудотворения, который прославил его на всю Россию и даже далеко за пределами ее. Неверующая интеллигенция и ее печать намеренно замалчивали эти явления силы Божией. Но все же очень много чудес записано и сохранено в памяти. Сам отец Иоанн смиренно принял новый пастырский долг. После двух первых исцелений, который совершил Бог его молитвами, отец Иоанн сказал: «Я тогда в этих двух случаях прямо уже усмотрел волю Божию, новое себе послушание от Бога – молиться за тех, кто будет этого просить».