В межвоенный период сепаратистские устремления косовских албанцев поддерживались фашистскими силами в Европе, прежде всего в Италии и Германии. Так, в Риме в 1939 г. было основано Бюро по организации албанского движения в Югославии, а уже в январе 1940 г. лидер Албанской фашистской партии в Скадаре Коль Биба заявил, что в скором времени будут аннексированы некоторые части Югославии и Греции.
С нападения на Югославию стран Оси 6 апреля 1941 г. началось расчленение Югославского государства. В августе 1941 г. в соответствии с королевским декретом, подписанным итальянским регентом в Тиране Франческо Джакомони, албанские территории в итальянской оккупационной зоне в Черногории, Македонии и наибольшей части Космета были переданы оккупированной Албании. В результате было создано формально то, о чем мечтали албанские националисты — Великая Албания (ВА). Однако власть в этом новообразовании не принадлежала албанцам — как независимое государство Албания перестала существовать 7 апреля 1939 г., когда правительство, созданное в Тиране, предложило корону Албании итальянскому королю Витторио Эммануилу III.
Другая часть КиМ, включая Митровицу и Подуево, осталась под немецкой оккупацией, в то время как небольшая его часть была отдана Болгарии. После выхода Болгарии из состава гитлеровской коалиции в сентябре 1944 г. границы ВА были расширены до Скопье и оттуда вдоль линии Куманово-Прешево-Буяновац. Именно тогда впервые был официально употреблен термин «Великая Албания». При этом, как пишет уже цитируемый выше П. Милё, «многие албанцы считали объединение при фашистском режиме меньшим злом по сравнению с владычеством сербов».
Возможно, это было связано с тем, что во время Второй мировой войны на территории Косова, Метохии и Македонии работала албанская администрация, была возрождена албанская символика, все делопроизводство и обучение велось только на албанском, населению активно раздавались земли, оставленные сербами.
Фашистский режим способствовал созданию этнически чистого — албанского — Косова. Албанцы принимали самое активное участие в жестоких акциях физического уничтожения и изгнания сербов из края. В конце 1942 г. была создана националистическая антикоммунистическая организация «Бали Комбетар» («Народный фронт»), ставившая задачу борьбы за Великую Албанию, объединяющую территории Греции, Македонии, Сербии и Черногории, населенные албанцами. Мустафа Кроя, премьер-министр албанского марионеточного правительства, в июне 1942 г. открыто заявил, что «необходимо приложить усилия к тому, чтобы всех сербов-старожилов из Косова выгнать…, сослать в концентрационные лагеря в Албанию. А сербов-переселенцев надо убить». По данным американских спецслужб, на которые ссылается в своих работах С. Терзич, с апреля 1941 г. по август 1942 г. албанцы убили около 10 тыс. сербов. К этому следует добавить, что во время Второй мировой войны итальянцы активно переселяли в Космет преимущественно молодых албанцев из Албании. Все они и их многочисленные потомки остались здесь после войны. Таким образом, в изменении этнического состава населения этих сербских территорий были заинтересованы не только сами албанцы, но и их союзники — Италия и Германия.
Когда 8 сентября 1943 г. было объявлено о капитуляции Италии, «Бали Комбетар» (БК) остался союзником Германии в борьбе против антифашистской коалиции с единственной целью — сохранить Великую Албанию. Не случайно именно в сентябре 1943 г. в присутствии представителей албанцев из Космета, Черногории, западной части Македонии и Новопазарского санджака под патронатом фашистской Германии была возрождена Вторая Призренская лига. В своем воззвании Лига ставила задачу объединения всех балканских территорий с большинством албанского населения. Устав Лиги предполагал формирование комитетов во всех округах, вооруженных отрядов (косовский полк), а также молодежного Комитета обороны Косова. Надо сказать, что работа «Бали Комбетар» была четко организована. Центральный комитет БК находился в Тиране, в округах, крупных городах, селах работали комитеты и подкомитеты в зависимости от численности населения. Была также налажена подготовка военизированных молодежных групп.