Ими была выявлена связь Николаева, совершившего это убийство, с оппозиционерами-троцкистами Н.Н. Шатским, И.И. Котолыновым и другими. Шатский и Котолынов были арестованы и допрошены. Через них вышли на связь с «зиновьевской» оппозицией, которая в это время открыто блокировалась с «троцкистами». В своих показаниях арестованные Шатский, Котолынов, В.В. Румянцев, В.И. Звездов, Н.С. Антонов, Г.В. Соколов, И.Г. Юскин, Л.О. Ханник, и др. не скрывали общеизвестные факты о своих связях по Ленинградскому губкому и Северо-Западному бюро ЦК ВКП(б), которые возглавлял Г.Е. Зиновьев.
Сам Люшков 12 декабря 1934 г. допрашивал Котолынова, который признался ему в существовании зиновьевской организации, и то, что все декларации Зиновьева об отказе от своих антипартийных взглядов и от борьбы с партией рассматривались как маневренная тактика. С его слов, руководили организацией Зиновьев, Каменев и связанные с ними Евдокимов, Бакаев, Харитонов и Гертик. Связи с Москвой поддерживал Румянцев. Политическую и моральную ответственность за убийство Кирова Николаевым, по словам Котолынова должна была нести эта организация, под влиянием которой воспитывался Николаев, а воспитывался он якобы в атмосфере озлобленного отношения к руководителям ВКП(б)[4].
В ходе следствия появилось новое определение причины убийства Кирова, которое было обнародовано немного позже, после ареста 16 декабря Зиновьева и Каменева. В газете «Правда» это преподносилось так, что «подлые подонки бывшей зиновьевской антипартийной группы вырвали из наших рядов тов. Кирова».
Активное участие заместитель начальника секретно-политического отдела ГУГБ Люшков принимал и в расследовании т.н. «Кремлевского дела». 7 февраля 1935 г. он допрашивал И.П. Лукьянова, коменданта Большого кремлевского дворца, который на допросе признался, что ему было известно о распространении контрреволюционной клеветы, направленной против Сталина. Знал о завещании Ленина, а также то, что Аллилуева – жена Сталина умерла неестественной смертью. В конце допроса Лукьянов признал, что контрреволюционные клеветнические беседы с его участием разжигали озлобленные настроения к руководству партии и к Сталину[5].
По этому же делу 10 февраля 1935 г. Люшковым была допрошена Е.К. Муханова, работавшая в правительственной библиотеке, которая показала, что официальная версия о смерти Аллилуевой в результате болезни не соответствует действительности, что на самом деле она покончила жизнь самоубийством. Это было вызвано ее несогласием с политическим курсом, проводимым в стране, в результате которого деревня была доведена до обнищания. В городе населению не хватало продуктов питания и др.
Муханова показала, что ее знакомая Розенфельд говорила, что старые и ближайшие ученики Ленина – Зиновьев и Каменев отстранены от политической жизни, что в стране и в партии отсутствуют элементы демократии[6]. На следующий день, 11 марта, Люшковым по этому делу был допрошен Б.Н. Розенфельд[7], а 17 марта – Д.С. Азбель[8].
20 марта 1935 г. Люшков еще раз проявил себя. Он допросил Каменева Льва Борисовича, который показал, что он с Зиновьевым критиковал деятельность партии, Центрального комитета и допускал выпады по адресу Сталина. «В разное время, с большей или меньшей остротой, мы беседовали с Зиновьевым о нашем положении, при этом высказывалось убеждение, что к активной политической жизни нас не допустят. В отдельных случаях мы на безнадежность нашего положения реагировали злобными нападками на Сталина»[9].
В активе Люшкова было также расследование дела троцкистско-зиновьевского центра в августе 1936 года.
В 1937 г. Люшков назначается начальником УНКВД и председателем «тройки» Азово-Черноморского края, куда входил город Сочи. За короткий срок он сумел ликвидировать три контрреволюционных правотроцкистских центра, активно выявлял «врагов народа» и среди руководства Азовско-Черноморского НКВД.
По его приказу был арестован один из убийц царской семьи, начальник ростовской конторы «Заготскот» Александр Белобородов. 26 мая 1937 г. за № 57531 Н.И. Ежов направил И.В. Сталину заявление А.Г. Белобородова от 23 мая того же года, которое ему направил Люшков. В своем заявлении Белобородов дополнил свои показания о троцкистско-зиновьевском блоке. После прочтения этого заявления Сталин написал резолюцию: «Ежову. Можно подумать, что тюрьма для Белобородова – трибуна для произнесения речей – заявлений, касающихся всякого рода лиц, но ни его самого. Не пора ли нажать на этого господина и заставить его рассказать о своих грязных делах? Где он сидит – в тюрьме или гостинице? И. Ст.»[10]. Следствие было продолжено. Белобородов рассказал о своих «грязных делах» и впоследствии был расстрелян.