Но и после начала наступления на революцию борьба против властей не прекращалась. Продолжались забастовки. В Латвии развернулось партизанское движение так называемых «лесных братьев».
Военное положение в Латвии и Эстонии сохранялось до 1908 года. Памятуя о революционных настроениях в деревне, немецкие бароны увольняли латышских батраков и привозили на их место немецких колонистов. Царское правительство стало расселять на месте высланных латышских крестьян переселенцев из Центральной России.
В свою очередь, крестьянская беднота Прибалтики, отчаявшаяся добиться улучшения своего положения, сама покидала родные места. В Латвии тысячи крестьян уходили в города. В Эстонии начался массовый исход из деревни батраков и малоземельных крестьян. После революции 1905 года до 1914-го в другие губернии России и за границу выехало около 200 тысяч человек из эстонской деревни. Усилилась и эмиграция крестьян из Литвы.
Другим следствием революции 1905–1907 годов стала активизация требований национального самоопределения на окраинах России. Как отмечают Р. Мисиунас и Р. Таагепера, «устранение ограничений на печать, издаваемую на национальных языках, в равной степени повлияло на всех, но особенно способствовало культурному развитию Литвы. Создание Государственной думы также способствовало росту политической активности на западе страны. Хотя после событий 1905 года многие лидеры были сосланы или эмигрировали, эстонцы и латвийцы получили представительство среди депутатов имперской Думы. Благодаря новому российскому законодательству литовцы получили группу опытных политических лидеров».
В Прибалтике стали создаваться националистические партии. В 1907 году вокруг литовской газеты «Вильтис» («Надежда») формируется политическая группа во главе с А. Сметоной и А. Вальдемарасом, ставшая ядром националистической партии таутининков.
Вскоре после разгрома революционного движения в Прибалтике возобновились рабочие выступления. 16 октября 1908 года в Таллине бастовало свыше 8 тысяч рабочих. 18 апреля 1912 года в знак протеста против расстрела рабочих на Лене в Риге произошла забастовка, в которой приняло участие 65 тысяч человек.
В социал-демократическом движении Прибалтики усиливалось влияние большевиков. В 1912 году в Нарве стала выходить легальная большевистская газета «Кийр» («Луч»). К началу 1914 года под влияние большевиков перешли все рабочие клубы и культурно-просветительские общества Риги. Эстонские, латвийские и литовские большевики были организаторами многих рабочих выступлений в первой половине 1914 года. В июле 1914-го в Риге бастовало 54 тысячи рабочих. Всего в Лифляндской губернии было проведено 355 стачек со 183 тысячами участников. К середине 1917 года рабочее движение Прибалтики было одной из ведущих сил всероссийского рабочего класса, а в большевистской партии представители прибалтийских народов играли заметную роль.
Начало Первой мировой войны прервало подъем рабочего движения в Прибалтике. А вскоре Прибалтика, как и почти сто лет назад, подверглась вторжению неприятельских вооруженных сил.
С первых же дней войны, в августе 1914 года, Литва оказалась в зоне боевых действий. После разгрома 2-й армии под командованием генерала Самсонова русские войска отступили на территорию Литвы, но уже 28 сентября 1914-го выбили германские войска за ее пределы.
Однако в ходе наступления германских войск, начавшегося в феврале 1915 года, они снова вошли в Литву. 21 июля немцы взяли Шяуляй, 27 июля — Паневежис, 18 июля — Каунас, а 19 сентября вошли в Вильнюс. К концу осени Германия оккупировала почти всю территорию Литвы, а к концу 1915 года — Курляндию. Фронт остановился в 20–30 километрах от Риги.
Из Латвии и Литвы бежали сотни тысяч людей. Из Литвы была вывезена в глубь России треть промышленных предприятий. Из Латвии было эвакуировано 395 предприятий, в том числе 90 % из Риги. Число рабочих в Риге сократилось с 87 тысяч до 3,4 тысячи. Военные действия нанесли большой ущерб хозяйству Прибалтики. Почти полностью были разрушены Калвария, Шяуляй, Таураге, Кельме, Шакай и другие города и местечки.
Германские войска установили на оккупированной территории свою администрацию — «Оберост» (оккупированные области на Востоке), во главе которой стояли главнокомандующий войсками Восточного фронта П. фон Гинденбург и начальник штаба фронта Э. Людендорф.
В отличие от времен Отечественной войны 1812 года, когда французы грабили беспорядочно, грабеж немецких оккупантов осуществлялся по плану, методично и основательно. Как отмечалось в «Истории Литовской ССР», «с первых дней захвата Литвы оккупанты повсеместно и планомерно проводили реквизицию продовольствия. Реквизировали все, что только могли захватить: металлические изделия, продукты сельского хозяйства и дикорастущие фрукты, кости и когти животных. Оккупанты реквизировали урожай 1915, 1916 годов и даже остаток урожая 1914 года. 10 июля 1917-го Военное управление Литвы издало приказ, который гласил: «Урожай 1917 года забирается управлением «Обероста»… Всякая другая продажа и покупка зерна, а также употребление его не в соответствии с нормами властями запрещается».
В 1915–1917 годах из Курляндии в Германию было вывезено пшеницы, овса, льна, сена, скота, стройматериалов и цветных металлов более чем на 20 миллионов марок. На оккупированных землях были проведены реквизиции лошадей. Только в оккупированной Литве количество домашнего скота сократилось на 47 %, овец — на 30 %, свиней — на 44 %, лошадей — на 30 %. За нарушение распоряжений властей на целые волости налагались контрибуции.
На фабриках, которые работали на военные нужды, был установлен 12-часовой рабочий день. Заработная плата в условиях дороговизны не обеспечивала прожиточный минимум рабочей семье. Были введены карточки, по которым отпускали продукты для городского населения. Нормы отпуска были таковы: 250 граммов хлеба (или 160 граммов муки) и 40 граммов картофельной муки нэ одного человека в день. В городах, особенно в Вильнюсе и Каунасе, свирепствовал голод, от которого ежедневно умирали люди.
В «Истории Литовской ССР» сказано: «Оккупанты ввели в Литве принудительные работы: они хватали городских и сельских трудящихся, особенно молодежь, и отправляли в Германию или в «рабочие батальоны». Холод и голод, побои надсмотрщиков и болезни (тиф, дизентерия) сводили в могилу рабочих этих «батальонов». Всего к принудительным работам, по данным самих оккупационных властей, в Литве было привлечено 130 тысяч человек». То же самое творилось и в Курляндии.
Оккупанты запретили все политические партии и организации, за исключением вильнюсских профсоюзов. Но и их деятельность была ограничена культурно-бытовой сферой. Передвижение населения из уезда в уезд без специальных пропусков было запрещено. Оккупанты вели себя как хозяева колонии. Был разработан «план Людендорфа», который предусматривал немецкую колонизацию Литвы и Курляндии.
В ответ на гнет оккупантов в Курляндии и Литве поднималось стихийное народное сопротивление. В Вильнюсе действовала подпольная организация «Социал-демократии Королевства Польского и Литовского».
Однако часть литовских верхов, как это было и сто лет назад, стала на путь сотрудничества с оккупантами. В «Истории Литовской ССР» сказано: «Германской агентуре путем прямого подкупа и демагогических обещаний о восстановлении литовской государственности удалось использовать литовских буржуазных националистов прежде всего для проведения пропагандистских мероприятий, направленных против России. Одним из таких мероприятий явился состоявшийся под эгидой Германии в июне 1916 года в Лозанне конгресс порабощенных народов, в котором участвовали и прибывшие из оккупированной Литвы А. Сметона, Ю. Шаулис и правый социал-демократ С. Кайрис. Они огласили «жалобу» на Россию. «Жалоба» имела цель оправдать в глазах мира захватническую политику кайзеровской Германии. На этом конгрессе литовские буржуазные националисты, проживавшие за границей, а также в оккупированной Литве, выдвинули идею создания (под эгидой Германии) Литовского буржуазного государства».