Особое значение для духовного становления отца Философа и достижения успешных результатов в его многогранной пастырской деятельности имело духовное водительство и архипастырское покровительство, которые оказывал ему митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский). Будучи одним из самых образованных и духовно авторитетных архиереев Русской Православной Церкви, митрополит Антоний почти за четверть века своего служения в Санкт-Петербургской епархии, сначала в качестве ректора духовной академии, а с 1898 г. – правящего митрополита, сумел создать в столичной церковной жизни атмосферу подлинных братских отношений между правящим архиереем и вверенным его архипастырскому попечению епархиальным духовенством. Благодаря этой атмосфере Санкт-Петербургская епархия превратилась в одну из самых динамически развивавшихся в аспекте пастырско-приходского творчества епархий Русской Православной Церкви. При этом одной из ключевых фигур среди многочисленного и высокообразованного санкт-петербургского духовенства, поддерживавшего и осуществлявшего важнейшие церковно-административные и пастырско-просветительские начинания митрополита Антония, на протяжении всех лет его митрополичьего служения оставался протоиерей Философ Орнатский.
Глубоко закономерно, что на ставшей возможной во многом благодаря твердой позиции митрополита Антония канонизации одного из величайший святых русской Православной Церкви преподобного Серафима Саровского в 1903 г. именно отцу Философу митрополит Антоний благословил произнести семь слов и поучений в различных храмах Саровского монастыря. Эти проповеди, вскоре изданные под названием «Саровские поучения протоиерея Философа Орнатского», принесли ему заслуженную славу выдающегося проповедника уже не епархиального, а всероссийского масштаба.
В 1905 г. в Русской Православной Церкви как среди духовенства, так и среди образованных мирян стало развиваться широкое движение в поддержку созыва не собиравшегося более двух веков Поместного Собора, на котором, по мнению многих сторонников этой идеи, следовало принять целый перечень решений, призванных глубоко преобразовать русскую церковную жизнь и активизировать роль Церкви в жизни современного общества. Ставший во главе этого движения митрополит санкт-петербургский Антоний, преодолевая значительное сопротивление со стороны оберпрокурора К. П. Победоносцева, стремился опереться в своей деятельности, направленной на скорейшую подготовку столь необходимого для Русской Православной Церкви Поместного Собора, не только на поддержку русского епископата, но и на традиционно игнорировавшееся в синодальный период приходского духовенства. В марте 1905 г. по благословению митрополита Антония отец Философ с группой священников Санкт-Петербургской епархии принял участие в составлении записки «О необходимости перемен в русском церковном управлении», в которой наряду с обоснованием необходимости созыва Поместного Собора предлагался перечень серьезных преобразований различных сторон церковной жизни, призванных активизировать роль Православной Церкви в жизни современного российского общества. Получивший впоследствии в церковно-исторической литературе название «3аписка 32-х», этот документ был опубликован в журнале Санкт-Петербургской духовной академии «Церковный вестник» и стал важным вкладом санкт-петербургского духовенства в церковнообщественную деятельность, которая была направлена на поддержку соборных начинаний возглавлявшихся митрополитом Антонием русских епископов и которая подготовила созыв в 1906 г. Предсоборного Присутствия.
Став за годы своего 28-летнего священнического служения одним из наиболее авторитетных пастырей Санкт-Петербургской епархии, отец Философ был назначен в октябре 1913 г. настоятелем одного из крупнейших в столице, известного во всей России храма – Казанского собора. Общероссийская слава этого собора была связана не только с тем, что он являлся храмом-памятником Отечественной войны 1812 г., находившимся под особым покровительством императорской фамилии, но и с тем, что в этом соборе хранился самый почитаемый в Санкт-Петербурге чудотворный образ Казанской иконы Божьей Матери. Поэтому назначение на должность настоятеля Казанского собора справедливо считалось свидетельством признания неоспоримых заслуг священнослужителя со стороны как его правящего митрополита, так и почти двухмиллионной православной паствы Санкт-Петербурга.