Военная администрация, состоявшая из офицеров Вермахта, нередко благожелательно настроенных к перспективе религиозного возрождения, оказывала наибольшее содействие стихийно и широко проявлявшемуся среди населения стремлению восстанавливать церковную жизнь прежде всего посредством открытия приходских храмов. Так, например, уже через две недели после взятия в июле 1941 г. германскими войсками Смоленска был ликвидирован атеистический музей, располагавшийся в Смоленском Успенском соборе. А 10 августа в возвращенном Русской Православной Церкви соборе в день памяти Смоленской иконы Божией Матери был отслужен молебен перед найденным накануне немецкими солдатами и установленным в соборе чудотворным списком этой иконы, перед которым в 1812 г. молился на Бородинском поле генерал-фельдмаршал М.И. Кутузов.
Точно так же в июле 1941 г. в Пскове после ликвидации немецкими оккупационными властями религиозного музея, находившегося в Троицком соборе Псковского кремля, этот древний храм был передан Русской Православной церкви, а 22 мая 1942 г. в соборе была торжественно установлена привезенная немецкими солдатами из закрытого и оскверненного коммунистами Тихвинского монастыря чудотворная Тихвинская икона Божией Матери.
Всего на территории, занятой германскими войсками, за период оккупации было открыто около 9 тыс. храмов. Так, например, только на территории Ленинградской, Новгородской и Псковской областей было открыто 470 храмов, Курской области – 332 храма, Ростовской области – 243 храма, Краснодарскою края – 229 храмов, на территории Украины в целом было открыто около 5,4 тыс. храмов.
В своем обращении к пастве 17 октября 1942 г. по случаю годовщины вступления германских войск в Таганрог епископ Иосиф (Чернов) подчеркивал: «Год тому назад, под грохот германской артиллерии… палачи русского народа навсегда бежали из Таганрога, в город вступили рыцари германской армии. Под их защитой мы, христиане, подняли поверженный крест, стали восстанавливать разрушенные храмы. Возродилось прежнее чувство веры, ободрились пастыри Церкви и снова понесли людям живую проповедь о Христе. Все это стало возможным только под защитой германской армии. Слава доблестной и победоносной германской армии».
При этом прежде всею военная администрация, как это показывает, например, деятельность Псковской духовной миссии, разрешала русскому православному духовенству такие формы просветительско-миссионерского и социального служения, как преподавание Закона Божия в приходских и общеобразовательных школах, создание детских садов и детских приютов, катехизация взрослых, просветительская работа духовенства с учителями, предоставление духовенству возможности осуществлять свою миссионерскую деятельность на радио. Ничего подобного не допускалось коммунистическим режимом в СССР не только в довоенный, но и в течение всего послевоенного периода вплоть до 1989 г.
Определявшаяся директивами Министерства восточных территорий и Имперской службы безопасности религиозная политика гражданской администрации предполагала по крайней мере временное продолжение деятельности открывавшихся храмов, хотя и оказывалась более сдержанной по сравнению с политикой военной администрации. Так, в циркуляре 2 июля 1941 г. начальника Имперской службы безопасности Р. Гейдриха подчеркивалось: «Против стремления Православной Церкви утвердить свое влияние в массах ничего предпринимать не следует. Напротив, его необходимо, насколько возможно, поощрять, при этом с самого начала следует настаивать на принципе отделения Церкви от государства и препятствовать возникновению единой Церкви».
Впрочем, в перспективе нацистское руководство предполагало возможность осуществления идеологического контроля над деятельностью православного духовенства. «Несомненно то, что стремящимся к религии массам оккупированных бывших советских областей надлежит снова дать какую-то форму религии, – писал в секретной директиве о религиозной политике на Востоке от З1 октября 1941 г. Р. Гейдрих. – … Крайне необходимо воспретить всем попам вносить в свою проповедь оттенок вероисповедания и одновременно позаботиться о том, чтобы возможно скорее создать новый класс проповедников, который будет в состоянии после соответствующего, хотя и короткого обучения толковать народу свободную от еврейского влияния религию. Ясно, что заключение «избранного Богом народа» в гетто и искоренение этого народа… не должно нарушаться духовенством, которое, исходя из установки Православной Церкви, проповедует, будто исцеление мира ведет свое начало от еврейства».