Особенно активную роль в возрождении церковной жизни на оккупированной территории довелось сыграть митрополиту Сергию (Воскресенскому). Оставшись в июле 1941 г. при отступлении советских войск в Риге, митрополит Сергий (Воскресенский) заявил о своей лояльности немецким оккупационным властям и возглавил при их поддержке Русскую Православную Церковь в Прибалтике и на Северо-Западе, сохранив при этом юрисдикцию Московской Патриархии. Легальное существование на оккупированной территории все более увеличивавшейся епархии митрополита Сергия вынуждало его периодически, подобно всем представителям церковной иерархии в оккупации, включать в свои послания и проповеди заявления политического характера.
В одной из своих воскресных проповедей 14 марта 1943 г. митрополит Сергий подчеркивал: «Борьба, предпринятая Германией против большевизма, вошла в решительную стадию. Ничего не может быть страшнее господства коммунизма. Если он победит, население многих стран будет обречено не человеческим страданиям и даже уничтожению. Чтобы предотвратить эту грозную опасность, необходимо напряжение и полное объединение всех имеющихся сил. Теперь не время спорить о том, как в будущем создастся наша национальная, социальная и культурная жизнь. Если горит дом, то не спорят о том, как после пожара удобнее разместиться в его комнатах, а немедленно приступают к тушению огня. Точно так же и мы стоим перед задачей победить любой ценой. Поэтому каждый из нас обязан следовать указаниям властей и приложить все свои силы в борьбе с большевизмом. Обратимся с молитвой ко Всемогущему, чтобы Он помог навсегда и всюду преодолеть это зло и прежде всего в сердцах людей».
Но даже на Архиерейском совещании в Риге 2З июля 1942 г., где митрополиту Сергию пришлось критиковать прокоммунистическую политическую позицию Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), он все же сумел сохранить юрисдикционную принадлежность своей епархии к Московской Патриархии и отстоять свое право возносить за архиерейским богослужением имя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия. При этом, неизбежно осложняя свое политическое положение, митрополит Сергий (Воскресенский) продолжал убеждать германские власти в целесообразности поддерживать находившиеся на оккупированной территории епархии и приходы Московской Патриархии.
Одним из наиболее значительных и успешных епархиальных начинаний митрополита Сергия следует признать деятельность Псковской духовной миссии, возродившей менее чем за три года на территориях Ленинградской, Новгородской, Псковской и Великолукской областей практически полностью уничтоженную коммунистами церковную жизнь. Напутствуя первую группу миссионеров, митрополит Сергий подчеркивал, что им предстоит осуществлять свое служение в стране, «где на протяжении более 20 лет религия самым безжалостным образом отравлялась и преследовалась, где народ был напуган, принижен, угнетен и обезличен. Придется не только налаживать церковную жизнь, но и пробуждать народ к новой жизни от долголетней спячки, объясняя и указывая ему преимущества и достоинства новой, открывающейся для нею жизни».
Начав свою деятельность в августе 1941 г. в составе 14 священнослужителей и псаломщиков на огромной территории, где проживали 2 млн населения и действовало лишь несколько храмов, Псковская Духовная миссия, с октября 1942 г. возглавлявшаяся протопресвитером Кириллом Зайцом, в начале 1944 г. смогла открыть более 400 приходов, в которых служили около 200 священников.
Находившиеся на территории Прибалтийского экзархата монастырские обители, в том числе такие, как Псково-Печерский и Виленский Свято-Духов монастыри, получили возможность не только пополнять ряды своих насельников, но и осуществлять миссионерско-пастырскую деятельность по отношению к местному населению, оказывать гуманитарную помощь военнопленным. При этом на территории, не подвергавшейся нацистской оккупации, ни один из всех закрытых к 19З5 г. монастырей так и не возобновил своей деятельности в течение всего периода войны.
Сделавший возможным в течение трех лет поразительное по своим масштабам и пастырским достижениям возрождение русской церковной жизни на территории Прибалтики и российского Северо-Запада, до конца остававшийся русским патриотом митрополит Сергий (Воскресенский) был убит 28 апреля 1944 г. по дороге из Вильнюса в Каунас диверсионно-террористической группой, состоявшей из сотрудников НКВД.