Важнейшим наряду с весьма своеобразным избранием Патриарха решением этого Собора стало постановление, которое на соборном уровне должно было закрепить проводившуюся в посланиях митрополита Сергия (Страгородского) мысль о том, что защита богоборческого коммунистического государства в условиях войны является религиозным долгом каждого русского православного священнослужителя и мирянина. «Среди духовенства и мирян, — подчеркивалось в постановлении, — находятся такие, которые, позабыв страх Божий, дерзают на общей беде строить свое благополучие: встречают немцев, как желанных гостей, устраиваются к ним на службу и иногда доходят до прямого предательства; выдавая врагу своих собратий, например, партизан и других, жертвующих собою за родину… Фашисты понесут справедливую кару за свои грабежи, убийства и прочие злодеяния. Не могут ожидать себе пощады и эти приспешники фашистов, думавшие поживиться за их спиной на счет своих братий. Святая Православная Церковь, как русская, так и восточная, уже вынесла свое осуждение изменникам христианскому делу и предателям Церкви. И мы, сегодня, собравшиеся во имя Отца, Сына и Святаго Духа, подтверждаем это осуждение и постановляем: всякий виновный в измене общецерковному делу и перешедший на сторону фашизма, как противник Креста Господня, да числится отлученным, а епископ или клирик — сана».
Этим постановлением отлучались от Церкви миллионы русских православных христиан, окормлявшихся в почти 12 тысячах храмах, которые действовали на оккупированной территории на основе официального разрешения немецко-фашистских властей. Этим постановлением извергались из сана тысячи клириков, которые самоотверженно возрождали разрушенную большевиками русскую церковную жизнь, искренне или вынужденно служа молебны о победе германской армии. Этим постановлением извергался из сана весь русский епископат, получивший от немецко-фашистских властей право на легализацию своей деятельности на условиях канонически более приемлемых, чем те условия, на которых получил свою легализацию от богоборческого коммунистического государства в 1927 г. сам митрополит Сергий (Страгородский). Наконец, этим постановлением извергался из сана ближайший сподвижник новопоставленного Патриарха Сергия митрополит Сергий (Воскресенский), который проводил точно такую же, как митрополит Сергий (Страгородский), хотя по своим церковным результатам более успешную, политику безусловного сотрудничества с тоталитарным богоборческим режимом.