В 1913 году отца Аристоклия, старца Алексия, перевели в омский Покровский монастырь, а Алексия поручили строгому аскету и опытному подвижнику отцу Иулиану (Гагарину]. Иеромонах Иулиан (1853 г.р.) поступил в монастырь в 1882 году. Всегда сосредоточенный, молитвенно собранный, он был ревностным хранителем монашеских заветов, вел подвижнический образ жизни. Он был очень опытным наставником, учил своих чад послушанию, смирению, постоянному вниманию к своим действиям и словам. Учил, что труд спасения совершается в деятельной борьбе с грехом, когда человек невольно видит свои немощи и смиряется. Одним он преподавал начальные истины, другим — более глубокие и сокровенные. Ко времени вручения Алексия под его руководство ему было шестьдесят лет и он по болезненности уже не священнодействовал. Он и научал Алексия тонкостям духовной жизни. С детства послушный, кроткий и смиренный, Алексий полностью предал себя в волю старцев.
Такая настроенность помогала ему свободно возрастать в духовной жизни.
По мысли святых отцов, тем, кто усердно настроен служить Богу, посылаются сугубые скорби. Вскоре и у Алексия начинаются скорби, которые будут сопровождать его на протяжении всей жизни.
В июле 1914 года началась Первая мировая война. Первые месяцы войны сопровождались патриотическим подъемом — казалось, возродилось народное единение, спасавшее Отечество в пору грозных испытаний. Церковь принимала участие в этом подъеме. Святейший Синод благословил российское воинство на брань с врагом. Сотни священников находились в действующей армии. Тысячи монахинь и послушниц служили, рискуя жизнью, в лазаретах сестрами милосердия.
Глинская пустынь принимала деятельное участие в оказании помощи армии и народу. Ее помощь выражалась в усердной молитве, проповеди, отправлении в армию иеромонахов для удовлетворения религиозных потребностей воинов, устроении лазарета для больных и раненых воинов, денежных и натуральных пожертвованиях на нужды фронта, обустройстве беженцев. В 1915–1916 годах на защиту Отечества из Глинской пустыни было отправлено семьдесят пять экипированных и обмундированных послушников, еще не постриженных в монашество. В их число попал и Алексий Лукаш. Перед отъездом послушники получили благословение настоятеля и приложились к чудотворному образу Рождества Пресвятой Богородицы, прося Ее возвратить их невредимыми в родную обитель.
Сначала Алексий служил в Перми, но вскоре был переведен на фронт. При первом же наступлении его взвод оказался окруженным противником. Часть взвода была взята в плен, другая спаслась бегством. Пленные, среди которых оказался и Алексий, сразу же были отправлены в лагерь, а затем перевезены в Австрию.
В плену Алексий пробыл три с половиной года. Он жил в отдаленной казарме с деревянными двухъярусными нарами. Пленных почти не кормили, работу давали самую тяжелую. Ходили на нее организованно. В основном строили дороги, копали глубокие канавы и укладывали трубы для канализации. Многие пленные умерли. «Мы землю копали, все равно ведь нужно трудиться», — говорил старец впоследствии. Однажды конвоиры, видя, как старательно он работает, предложили ему табак, но он отказался, вызвав их удивление: «И не курит, и трудится». После этого ему иногда давали порцию хлеба для подкрепления сил. В казарме была группа баптистов, которая постепенно увеличивалась за счет других пленных. Они пытались склонить на свою сторону и Алексия, действуя даже силой, но он с гневом отказался. Все Алексий принимал как от руки Божией, отчего в его душе сохранялся мир. В этих испытаниях Алексий стяжал живую веру и получал благодатные утешения. «Чудеса Божии сопутствовали нам», — говорил он впоследствии об этом времени.
Осенью 1918 года, по окончании войны, Алексий вместе с другими пленными получил освобождение, в великой радости возблагодарив Бога. Он вернулся в монастырь и получил определение настоятеля архимандрита Нектария (Нуждина) на новое послушание на Глинском подворье в городе Путивле, в сорока километрах от обители. Там на реке Сейм находились монастырские мельницы, приобретенные при настоятеле игумене Иннокентии (Степанове) в 1869 году с личного разрешения императора Александра II. При подворье был храм, братский корпус и другие здания. На подворье несли послушание около двадцати человек. Мельницы приносили обители немалый денежный доход, обеспечивали ее хлебом. Здесь останавливалось множество богомольцев; бедных и нищих одаривали хлебом. Жители Путивля относились к братии подворья с глубоким уважением, охотно приходили на службы, некоторые благодетельствовали монастырю и проявляли заботу о братии. Алексий нес здесь послушание весовщика, щедро оделял нуждающихся, обращавшихся к нему за помощью.