По приказу Марии-Терезии эрцгерцогу и его супруге пришлось немедленно прибыть в Вену. Им отвели покои не в Шенбруннском дворце, а отдельные – неудобные, тесные и сырые – в домике, находившемся в дальнем углу сада. Мария-Терезия приставила к Александре Павловне собственного врача. Самборский писал о нем: «Доктор, определенный к ней, был противен ее природному характеру, давал лекарства неприятные, ибо он более искусен был в интригах, нежели в медицине, а притом в обхождении груб». Вначале беременность молодой женщины проходила легко – но с момента приезда в Вену, с тех пор, как о ней стал «заботиться» этот австрийский врач, состояние ее здоровья внезапно ухудшилось, и ухудшалось с каждой неделей, ее стали мучить судороги в ногах, обмороки, тошнота, она совершенно потеряла аппетит. Вполне возможно, что, следуя приказу Марии-Терезии, доктор давал беременной палатине Венгерской под видом лекарств какой-то медленный яд, который убивал и ее, и дитя, которое она носила.
Из-за постоянных приступов рвоты и отсутствия аппетита Александра Павловна начала стремительно худеть. Обеспокоенный супруг приказал обер-гофмейстеру, чтобы жене готовили согласно ее вкусу, перед каждой трапезой спрашивая ее пожелания. Но все равно эрцгерцогской чете подносили, согласно запискам того же Самборского, «такую рыбу и другие кушанья, которых Великая княгиня употреблять не могла». Однажды, когда Александре Павловне очень захотелось поесть свежей рыбы, Самборскому пришлось самому позаботиться о том, чтобы его воспитанница получила желаемое: «Я тотчас же пошел в Вену и, переменяя часто в переноске свежую воду, представил пред ее глаза животрепещущую рыбу; Великая княгиня была весьма довольна. Дочь моя состряпала по ее вкусу, и Великая княгиня покушала в охотку… Я имел счастье исправлять должность верного комиссара, а моя дочь преусердной поварихи».
Андрей Самборский, как мог, старался поддерживать и опекать Александру Павловну в ее деликатном положении, но, разумеется, не мог вовсе оградить ее от обид, наносимых со всех сторон, и прежде всего – со стороны императрицы Марии-Терезии. Самборский писал: «Она явно показывала свое неблагорасположение к Венгерской палатине, ибо, почти ежедневно проезжая мимо жилища ее высочества, ни единожды не осведомилась о состоянии здоровья, несмотря на то что великая княгиня в беременности своей была подвержена частым припадкам». Не осведомиться о состоянии здоровья царственной родственницы – противоречит придворному этикету и является неприкрытым оскорблением. Неудивительно, что Александра Павловна почти всю беременность провела в слезах.
Между тем, император Фердинанд рановато отверг помощь русских и понадеялся на собственные силы. Французские солдаты снова шли по австрийской земле и уже близились к Вене. И не было Суворова и русских штыков, чтобы удержать их.
Эрцгерцог Иосиф должен был принять командование над своими войсками. Александре Павловне очень не хотелось разлучаться с мужем и оставаться одной в негостеприимной Вене. Она последовала за ним. Она хотела было плыть по Дунаю, потому что от езды в карете ей становилось дурно, но доктор, приставленный к ней Марией-Терезией, потребовал, чтобы его подопечная путешествовала именно сухим путем. От чего ее, естественно, растрясло, и ей пришлось-таки вернуться в Вену. Тут уже Александра Павловна окончательно пала духом. Даже Самборскому не удавалось утешить и приободрить ее. Он вспоминает, в частности, такой эпизод: «Предавшись глубокому молчанию и размышлениям, приближалась Ее высочество к Офену, и, увидев бедного мертвеца, несомого на кладбище, с равнодушием изволила сказать: „Этот бедный мертвец показывает мне путь, как уклониться от великолепного бедствия к вечности“».
Александра Павловна начала готовиться к неизбежной смерти и даже написала завещание. Она так умоляла императора и императрицу отпустить ее в Офен, что в конце концов сделалось просто неприличным с их стороны отказать ей в такой малости. И ее отпустили. Тем более что она была уже на девятом месяце, и «лекарства» австрийского врача уже окончательно подкосили ее здоровье.