СЕИ как научная дисциплина на стыке гуманитарных и естественных наук призвана стать элементом комплексного синтезированного знания, особенность которого в том, что оно, будучи новым, обращено не только в будущее, но и в прошлое, причем в прошлое ради будущего.
Любая научная дисциплина имеет свою теорию. Определение замкнутой теории в СЕИ заимствовано у Вернера Гейзенберга. Теория — это система аксиом, определений и законов, с помощью которой может быть правильно и непротиворечиво описана определенная большая область процессов и явлений. К определению Гейзенберга в СЕИ добавлено одно принципиальное положение: область, имеющая границы и отличительные черты от других областей.
Особенность развития биосферы Земли заключается в том, что в ходе развития живой природы в ней выделился род Homo, ставший разумным и создавший свою автономную систему жизнедеятельности — социальных отношений: общество. С течением времени эта система по сложности внутренней организации и силе воздействия на природу поднялась до равенства с той системой, из которой она выросла. Ввиду сложности трех систем (общество, живая и неживая природа) воздействие их друг на друга многогранно. Среди всех видов воздействия наиболее важны такие, где имеет место прямая и обратная связи.
Прямая и обратная связи во взаимодействии природы и общества с наибольшей силой и в наибольшем объеме проявляются в процессе хозяйственной деятельности людей. Отсюда главные "действующие лица" СЕИ: Человек Хозяйствующий и Вмещающий Ландшафт — жизненное пространство хозяйствующего человека. Вслед за Максом Вебером и Сергеем Булгаковым, СЕИ исходит из того, что действия человека хозяйствующего определяются не одним голым экономическим интересом, но его духовной сферой — представлениями о мире и о себе. В хозяйстве, точнее в технологиях, проявляются эти представления. Вслед за естественниками, СЕИ разделяет представление о ландшафте как о живом организме. Реакция природы на воздействие общества, как и общества на воздействие природы, есть реакция сложного живого организма.
Определение границ взаимодействия человека и природы позволяет уточнить, конкретизировать главные "действующие лица", выявить отличия СЕИ от смежных научных дисциплин, поскольку нет истины вне времени и пространства. Взаимодействие общества и природы осуществляется во времени и пространстве. Как уже говорилось, сами по себе процессы в природе и обществе разновременны и разномасштабны, но взаимодействие двух автономных систем в принципе возможно лишь в едином времени и пространстве, а наблюдение взаимодействия — в едином масштабе того и другого. Постоянен ли масштаб единого времени или он может изменяться? Ответ очевиден: активная сторона взаимодействия во взаимоотношениях природы и общества определяет протяженность и масштаб единого времени.
В целом до XX века воздействие человека на природу можно было уподобить скорее гомеопатии в сравнении медикаментозным лечением. Активной стороной взаимодействия была, как правило, природа. Изменения климата, природные катаклизмы больше влияли на жизнь людей, чем жизнедеятельность последних на природу. Солидаризуясь со многими современными историками, которые делят историю людей на два этапа — агротрадиционалистских и урбаносциентистских обществ, СЕИ определяет время активного воздействия природы на общество как эпоху агротрадиционалистских обществ, общества на природу — урбаносциентистских.
Если до недавнего времени активной стороной взаимодействия была природа, то отсюда следует, что время взаимодействия определяется минимальными отрезками времени природы. А таковыми являются века. В течение века, в особых случаях за четверть его, может произойти глобальное изменение климата, хотя обычно этот процесс занимает большие промежутки времени. Век — ничтожная единица времени для природы. Природные процессы длятся миллионы, сотни миллионов лет.
Даже тысячелетия для природы (речь идет об автономных процессах) — малые отрезки времени, для человека, напротив, максимально большие: это время жизни цивилизаций. Временное поле СЕИ эпохи агротрадиционалистских обществ — минимальное для одной системы и максимальное для другой: не меньше века, не больше тысячелетий — таков временной интервал взаимодействия двух систем. За пределом тысячелетий нет жизни общества, за пределом столетия нет процессов в природе. Нынешнее состояние, когда активной стороной взаимодействия является общество — это "навязывание'' обществом "своего" темпа времени природе. Природа оказалась "неспособной" жить в столь быстром темпе, она не "успевает" компенсировать действия человека по дисбалансированию общей системы биосферы Земли.