Такой подход позволяет, в частности, дать объяснение ряду явлений, не всегда адекватно истолковывавшихся в описаниях юкагирского языка (приобретением редуцированным гласным ə качества гласного полного образования, появлению у долгих и кратких гласных фонем среднего подъема дифтонгических аллофонов, которым традиционно приписывался фонологический статус и др.).
Вопрос о квантитативной аллофонике гласных находится в тесной связи с рассмотрением правил юкагирской акцентуации. Здесь формулируются следующие закономерности. Место ударения (динамического по своему характеру) находится в зависимости от соотношения в слове слогов следующих типов: тяжелый слог, т. е. слог типа CVC или слог с фонологически долгим гласным типа CV̄ (валентность 2); первый слог слова, предшествующий слогу с редуцированным гласным в структурах CVCə… (валентность 1); остальные типы слогов ‑CV, Cə (валентность 0). Согласно нашему правилу, ударение располагается на ближайшем к концу слова слоге с наивысшей валентностью. Ударение, таким образом, не имеет фонологической самостоятельности и не выступает как смыслоразличительное средство; оно является разноместным (ср. К ńáśə «острие» — фонетически [ńā́śə], но ńaśəγədə́jm «он вонзил» — фонетически [ńăśəγədájm]; er «развилка» — фонетически [i̯er], но erəlʹə́j «он расставил ноги» — фонетически [ərəlʹéj]).
В разделе также описываются возможные фонетические типы основ и аффиксов, способы присоединения аффиксов к основе, явление эпентезы, присутствующие в юкагирском языке морфонологические чередования (чередование «звонкий шумный (+ гласный) ~ носовой (+ согласный)», ассимиляция согласных по звонкости — глухости, твердости — мягкости, ассимиляция j в составе консонантных сочетаний, сужение гласных среднего подъема под влиянием узкого гласного следующего слога и др.), закономерности сингармонизма. В частности, показывается, что сингармонизм в юкагирском языке проявляется в выборе вариантов велярных и увулярных согласных (k, g для основ переднего ряда; q, γ для основ заднего ряда) и некоторых аффиксов (например, суффикса инхоатива ‑ā‑ для основ заднего ряда, ‑ē‑ для основ переднего ряда), а также при удлинении конечного ə основы перед рядом аффиксов (> ā в основах заднего ряда, > ē в основах переднего ряда). Сингармонический ряд основы устанавливается в большинстве случаев по гласному первого слога, причем он может не совпадать с фонетическим качеством гласного и его местом в системе: гласные u, ū фонетически квалифицируются как гласные заднего ряда, однако в сингармонизме выступают как переднерядные гласные; гласный i (< ПЮ *i̮) в ряде основ выступает как гласный заднего ряда.
С учетом полученных ранее результатов в третьем разделе делается попытка реконструкции праюкагирской фонетики (под праюкагирским понимается язык — общий предок всех известных юкагирских диалектов). Устанавливается, что праюкагирская система консонантизма включала 19 согласных фонем, реконструкция которых основывается на междиалектных соответствиях. К наиболее нетривиальным относятся следующие фонетические процессы: ПЮ *č́ > К č́‑, ‑ś(‑), Т č́; ПЮ *č > К Т č́; ПЮ *‑δ‑ > К ‑d‑, Т ‑r‑; ПЮ *w‑ > К ∅︀, Т w‑; ПЮ *ϑʹ > К š, Т s, ПЮ *ϑ > К Т l, ∅︀‑ (перед сонорным второго слога). Некоторые реконструкции (ПЮ *ϑ, *ϑʹ, *δʹ) являются достаточно условными и основаны на данных внешнего сравнения. В праюкагирском — вплоть до староюкагирского периода — присутствовали срединные консонантные сочетания типа носовой + шумный (смычный или аффриката); если оба компонента таких сочетаний имели гоморганную артикуляцию, дальнейшее развитие приводило к появлению звонкого шумного в предвокальной и носового в предконсонантной позиции (ср. морфонологическое чередование в современных юкагирских диалектах): ПЮ ‑*nt‑ > СЮ nd > К Т d(+V), n(+C); ПЮ ‑*mp‑ > СЮ mb > К b, Т w(+V), К Т m(+C); ПЮ ‑*ŋk‑ > СЮ ŋg > К Т g/γ(+V), ŋ(+C); ПЮ ‑*ńč́‑ > СЮ ńǯ́ > К Т ǯ́(+V), ń(+С); ПЮ ‑*nč‑ > СЮ nǯ > К ž, Т r(+V), примеры на предконсонантную позицию отсутствуют. Этот процесс, а также переход праюкагирских спирантов в некоторых случаях в смычные (ПЮ ‑*δ‑ > К d, ПЮ ‑*γ- > К Т g/γ, ПЮ ‑*w‑ > К b) вызвали появление в системе консонантизма современных юкагирских диалектов звонких смычных и аффрикаты ǯ́, отсутствующих в праюкагирском языке.