Триває дискусія щодо того, чи не порушив законодавець вимоги про закритість системи покарань, встановивши у 64 санкціях статей Особливої частини КК України так звану спеціальну конфіскацію. Одні науковці вважають, що «спеціальній конфіскації» притаманні ознаки покарання і у зв’язку з цим доходять висновку, що законодавець тим самим передбачив у санкціях такий вид покарання, який не встановлений у системі покарань. Вихід з цього вони вбачають у необхідності доповнення системи покарань новим видом покарання – «спеціальною конфіскацією». На думку інших фахівців, «спеціальна конфіскація» не наділена ознаками покарання і має особливий статус самостійного засобу кримінально-правового реагування на вчинення злочину. На нашу думку, така позиція відповідає положенням кримінального і кримінально-процесуального законодавства про статус так званої спеціальної конфіскації. Тому навряд чи можна погодитися із твердженням, що, встановивши її в санкціях цілої низки статей Особливої частини КК України, законодавець тим самим вийшов за межі системи покарань.
Намагання порушити систему покарань все-таки мало місце. Йдеться про проект Закону України «Про внесення змін до Кримінального кодексу України (щодо злочинів, пов’язаних з порушенням правил поводження з тваринами та добування тварин)», яким передбачалося встановити у санкції ч. 1 нової ст. 128 КК України за порушення правил поводження з домашніми тваринами, що спричинило легкі тілесні ушкодження, покарання у виді громадської догани. При цьому пропозиції про доповнення системи покарань цим видом покарання в законопроекті не містилося. Цілком обґрунтовано цей законопроект було відхилено законодавцем.
По-третє, система покарань за чинним КК України побудована за принципом від менш суворого покарання до більш суворого. Отже, порівняльна суворість покарання є саме тим критерієм, який покладено в основу побудови законодавчого переліку покарань. Зокрема, найменш суворим покаранням у чинній системі покарань визнається штраф, а найбільш суворим – довічне позбавлення волі. Такий принцип розміщення покарань відображається і в альтернативних санкціях норм Особливої частини КК України. Сенс такої побудови санкцій полягає в тому, що суд, відмовляючись від призначення менш суворого покарання, повинен навести мотиви, які свідчили б про необхідність і доцільність призначення більш суворого виду покарання. Враховуючи, що санкції норм Особливої частини КК України зазвичай передбачають в альтернативі не два, а три, а то й більше видів покарань, стає очевидним, що рішення про призначення найбільш суворого виду покарання вимагає пошуку зважених і обґрунтованих для цього аргументів.
Проте деякі українські вчені сумніваються, що законодавець правильно визначив порівняльну суворість окремих видів покарань, і висловлюють пропозиції про зміну місця тих чи інших видів покарання у системі. Зокрема, В. Козирєва вважає, що штраф є більш суворим покаранням, ніж виправні роботи. А на думку В. Попраса, штраф у чинному КК України не зовсім обґрунтовано поміщений на перше місце в системі покарань як найбільш м’який його вид. У зв’язку з цим автор пропонує перемістити штраф з першої позиції на четверту – після позбавлення військового, спеціального звання, рангу, чину або кваліфікаційного класу, позбавлення права обіймати певні посади або займатися певною діяльністю та громадських робіт. Видається, що робити такі висновки наразі передчасно. Річ у тім, що розробники проекту чинного КК України, розміщуючи види покарань саме в тій послідовності, як вони наведені нині у ст. 51 КК України, керувались багаторічним досвідом практичного застосування попередніх законів про кримінальну відповідальність, глибоким аналізом кримінологічних досліджень, результатами численних наукових праць як власних, так і зарубіжних учених. Саме на цій підставі після багатьох обговорень, дискусій та критики розміщення окремих видів покарань у системі було запроваджено саме такий порядок. Тому для зміни цього порядку у тому чи іншому напрямі необхідно спочатку теоретичне осмислення проблеми розробки «єдиного мірила» кари, що міститься в різних видах покарання. Вочевидь, це є одним із важливих завдань сучасної науки кримінального права України.
По-четверте, окремі елементи системи покарань не лише співвідносяться за ступенем суворості, а перебувають між собою в інших зв’язках та залежностях. За певними ознаками, безпосередньо закріпленими в законі про кримінальну відповідальність або такими, що випливають з його змісту, покарання можуть бути класифіковані за різними підставами.