Однако Борис Викторович Раушенбах, главный конструктор системы ионной ориентации корабля, высказал опасение, что при включении тормозного двигателя из-за помех от его выхлопных газов ионные датчики могут отказать. В этом случае корабль 7К-ОК(П) № 3 (“Космос-140”) может потерять ориентацию и не сойти с орбиты. Опасения разработчика подтвердили и управленцы - имелась большая вероятность отказа системы ионной ориентации.
Но на практике, когда корабль сориентировали и включили двигатели на торможение, оказалось, что ионная ориентация сработала отлично. Тормозной двигатель отработал требуемое время, и корабль сошел с орбиты. Чуть позже телеметрия доложила, что прошло разделение отсеков, и спускаемый аппарат перешел на питание от своей автономной батареи.
Вокруг корабля начало образовываться плазменное облако, не пропускающее радиосигналов, поэтому на траектории спуска Земля никаких сигналов с борта 7К-ОК(П) № 3 (“Космос-140”) не принимала. По так и не выясненной точно причине во время вхождения в плотные слои атмосферы корабль самопроизвольно перешел из режима пологого управляемого в крутой баллистический спуск (вот этот факт - о переходе по невыясненной причине корабля на баллистический спуск - особо отметим на будущее - С.Ч.). Поэтому недолет спускаемого аппарата корабля 7К-ОК(П) № 3 (“Космос-140”) до расчетного места посадки составил около пятисот километров.
К сожалению, после раскрытия купола основного парашюта не сработали УКВ-передатчики корабля. Плохо работали и КВ-передатчики: сигнал бы настолько слабым, что поисковые самолеты не смогли запеленговать корабль во время его спуска в атмосфере. В результате так и не удалось заранее определить точку его приземления.
Только через несколько минут после расчетного времени посадки КВ-станции и пеленгаторы начали принимать очень слабые сигналы со спускаемого аппарата корабля 7К-ОК(П) № 3 (“Космос-140”). Сигналы были настолько слабы, что по ним даже нельзя было точно определить точку приземления. Единственное, что удалось установить с уверенностью, это то, что корабль сел где-то в акватории Аральского моря.
Поскольку продолжавшееся “молчание” УКВ-передатчиков корабля не давало возможности поисковым самолетам и вертолетам засечь место посадки, поиск спускаемого аппарата корабля 7К-ОК(П) № 3 (“Космос-140”) можно было вести лишь визуально.
Только через четыре часа интенсивных поисков спускаемый аппарат был обнаружен на льду Аральского моря в районе мыса Шевченко, на расстоянии примерно одиннадцати километров от береговой линии.
Пока группа эвакуаторов и спасателей добиралась до корабля, он растопил под собой лед и ушел под воду (во время прохождения плотных слоев атмосферы спускаемый аппарат сильно нагрелся от трения о воздух, и после посадки постепенно растопил лед под собой; кроме того, перед этим лед подвергся влиянию выхлопа двигателей мягкой посадки и раскололся при ударе корпуса спускаемого аппарата собственно в момент посадки - С.Ч.). Обнаружить утонувший спускаемый аппарат заново смогли только по оставшемуся на льду свернутому куполу парашюта.
В поисках пропавшего корабля участвовал в качестве летчика и будущий космонавт Владимир Коваленок. Много лет спустя он - уже будучи начальником Военно-воздушной инженерной академии имени проф. Н.Е. Жуковского, дважды Героем Советского Союза и генерал-полковником - с сожалением констатировал: “Третий, “зачетный”, корабль “Союз” оказался таким же “сырым”, как и его предшественники. Мы его трое суток искали на вертолетах, обшарив пространство размером с пол-Казахстана... Само собой, не найди мы тогда его на дне Арала - Володе Комарову вообще не пришлось бы никуда лететь!..”
Только через четверо суток удалось поднять спускаемый аппарат со дна Аральского моря.
“Подъем спускаемого аппарата, которым руководил генерал-майор ВВС С.Ф.Долгушин, проводились силами поисково-спасательной службы ВВС. С помощью доставленной самолетом из Севастополя группы водолазов Черноморского флота была подготовлена и проведена расписанная по минутам уникальная операция по подъему спускаемого аппарата. Так как спускаемый аппарат не имел такелажных узлов, его масса с водой была на пределе возможностей вертолета Ми-6, а парашютные стренги, за которые его поднимали, не были для этого приспособлены. Решения принимались на месте при консультациях с Москвой.