Период с 1917 по 1927 годы характеризуется количественным ростом протестантских общин в России и, соответственно, в Башкортостане. Этому способствовало лояльное отношение большевиков к протестантам и, в частности, к баптистам. Начиная с марта 1926 г. в центральных газетах стали появляться статьи, содержащие призывы расширять меры борьбы с верующими. В марте 1929 г. ВЦСПС рассылает циркуляр № 53 «об усилении антирелигиозной пропаганды», в котором говорилось, что церковь и религиозные секты служат прикрытием для антисоветской работы кулацких и капиталистических элементов и для международной буржуазии, а в апреле 1929 г. в резолюции 2-го Всероссийского Съезда воинствующих безбожников протестанты прямо объявлялись военно-шпионскими организациями международной буржуазии. После этого в стране начались полномасштабные репрессии [52, с. 45–46.].
Центральное событие 1944 г. для баптистского братства России – создание Всесоюзного совета Евангельских христиан-баптистов ВСЕХБ. Объединительная тенденция, зародившаяся ещё в середине 80-х гг. 19 в. в недрах двух евангелических конфессий – Евангельских христиан и баптистов – была реализована, хотя само объединение и было навязано партийно-государственным аппаратом. С 1945 г. начал издаваться журнал «Братский вестник». Помимо трёх зарегистрированных общин (Уфа, Стерлитамак и Шаровка) существовали многочисленные нелегальные группы ЕХБ в большинстве районов БАССР. Внутренняя жизнь зарегистрированных общин ЕХБ периода «оттепели» (1945–1948 гг.) известна достаточно слабо. Излишняя, с точки зрения партийной власти, миссионерская активность ЕХБ пресекалась. Собрания разрешались три раза в неделю, но вместе с тем наблюдался рост членов в общинах ЕХБ. К концу 1949 года в БАССР насчитывалось 780 человек верующих, три зарегистрированных общины ЕХБ и 8 общин нелегально действующих (не зарегистрированных).
На рубеже 50–60 гг. во время правления Хрущёва в стране была развёрнута полномасштабная антирелигиозная компания. В этот период административный нажим на баптистские общины вновь усиливается, а их деятельность максимально ограничивается. Это вызвало решительный протест ряда представителей местных общин, обвинивший ВСЕХБ в «проведении программы атеизма». В 1961 г. они объединились в Инициативную группу по созыву внеочередного съезда Евангельских христиан-баптистов. Позже сторонников инициативной группы стали именовать «инициативниками», затем – «раскольниками».
К 1965 г. к «инициативникам» присоединилось около 300 общин, одни из которых входили в Союз, но были недовольны его руководством, а другие действовали вне рамок Союза. Они образовали Совет церквей Евангельских христиан-баптистов, генеральным секретарём которого был избран Г. Винс. Организационно раскол Всесоюзного Союза оформился на съезде в октябре 1966 г.
Таким образом, раскол, охвативший церковь ЕХБ в 1960–1963 гг., проявился и на территории БАССР. Основной контингент «инициативников» в республике составили общины, традиционно тяготевшие к баптизму (Иглинский, Давлекановский районы, частично Архангельский район БАССР). Общины инициативников складывались и в новых городах БАССР (Октябрьский, Кумертау), где не было прочных корней ЕХБ. Но после покаяния руководителей ВСЕХБ, почти полного исправления перегибов 50-х – нач. 60-х гг. значительная часть из 5 общин СЦ ЕХБ перешла под юрисдикцию ВСЕХБ. В настоящее время в Уфе существует одна церковь СЦ ЕХБ, но в своей деятельности она сильно ограничена, так как не имеет официальной регистрации. Со второй половины 60-х гг. Евангельские христиане-баптисты открытым преследованиям уже не подвергались. Вновь проводились регулярные съезды, поддерживались контакты с зарубежными единоверцами в рамках Всемирного союза баптистов, Всемирного совета церквей, Конференции европейских церквей. Вместе с тем наблюдались случаи неоднократного нарушения гражданских прав последователей баптизма. Лишь в конце 80-х гг. церкви ЕХБ получили религиозную свободу ввиду того, что с распадом СССР отдельные части организации ЕХБ оказались в разных независимых государствах, на съезде в Москве в ноябре 1992 г. было принято решение о создании новой федеративной организации Евро-Азиатской федерации Евангельских христиан-баптистов. В настоящее время баптизм является одним из наиболее многочисленных христианских течений. Его последователи насчитывают до 75 млн. человек.
В Башкортостане в 90-е гг. наблюдается количественный рост общин ВСЕХБ. На 01.06.2009 г. в РБ существует 21 община, 15 из которых имеет официальную регистрацию. 6 зарегистрированных церквей расположены в г. Уфе, остальные зарегистрированные и незарегистрированные группы в следующих населённых пунктах РБ: Белебее, Октябрьском, Белорецке, Учалах, Кумертау, Ермолаево, Кривле-Ильюшкино, Бирске, Благовещенске, Нефтекамске, Давлеканове, Стерлитамаке, Боголюбовке, Салавате, Ишимбае. Церкви в Уфе: 1. «Дом молитвы для всех народов»; 2. «Свет Евангелия»; 3. «Благодать»; 4. «Церковь Святой Троицы»; 5. «Свет Воскресения»; 6. «Благая Весть»[54]. Количество членов ВСЕХБ в РБ на 2012 г. составляет 728 человек[55].
Объединение Церквей ЕХБ РБ (ОЦ ЕХБ РБ) входит в Российский Совет ЕХБ (РС ЕХБ). Все поместные церкви независимы, вертикального подчинения нет. Поместной церковью управляет Совет Старейшин, которым руководит старший пастор – пресвитер. Пастор и пресвитер – название двух функций одного лица (с греч. «пастор» – пастух, «пресвитер» – предстоящий, старейшина). Подчинение пастору добровольное. Пастор – не властная должность, если позиция пастора неясна церкви, Совет Старейшин может переизбрать пастора (что на практике случается крайне редко, так как позиция пастора обычно достаточно прозрачная). Должности пасторов, пресвитеров и диаконов выборные, наличие религиозного образования не является решающим, в отличие от иностранных, в первую очередь западных баптистских церквей, но в связи с количественным увеличением в последнее время христианских учебных заведений пасторы и диаконы, не имеющие специальной подготовки, редки. Совет старейшин состоит из пасторов (пресвитеров) и диаконов. Совет старейшин разбирает текущие вопросы и принимает решения. Если вопрос достаточно серьёзный, он выносится на обсуждение в Совет членов церкви.
У баптистов существует институт исповеди. Основная её форма – исповедь Господу, но практикуется и исповедь пастору либо рядовому члену церкви.
У баптистов РБ есть своя периодика – молодёжная газета «Коридор» (незарегистрированная, количество экземпляров одного выпуска не превышает 999 единиц), выходящая примерно раз в месяц, и социальная газета «Вера, Надежда, Любовь», выходящая раз в два–три месяца. У ВСЕХБ нет официального печатного органа, журналы и газеты, как и церкви, автономны. Печатные издания поддерживаются разными церквями или группами церквей.
Из образовательных учреждений ВСЕХБ в Уфе с 1995 г. существует Уфимская Библейская Школа на базе «Дома молитвы для всех народов». Действующие факультеты: регентский (музыкальный), миссионерский, христианского образования и пасторско-миссионерский. Обучаются только члены баптистской церкви с христианским стажем не менее одного года. Срок обучения от одного до двух лет. В других регионах России существуют библейские колледжи и институты ВСЕХБ. Центральные учебные заведения – Московский Библейский институт и Московская библейская семинария. При поместных церквях функционируют воскресные школы для детей, домашние группы по изучению Библии, кружки по интересам.