Новый царский указ от 31 октября 1651 года предписывал все келии вновь возродившейся обители снести, старцев арестовать и их «с монастыря не спускать… беречь крепко». Но и на этот раз Капитону удалось уйти. Он перебирается ещё дальше на юг, в ещё более глухие вязниковские леса, между Шуей и Вязниками, окончательно исчезая из поля зрения правительства и церковной иерархии.
При таком образе скитского жития, какой вели Капитон и его последователи, оказывалось, что церковная иерархия вроде бы далеко не главное, что нужно для спасения души. А если учесть достаточно сильное падение нравственного уровня духовенства после Смутного времени, то можно догадаться, почему Капитон и его многочисленные последователи, искренне желая спастись, старались избегать священников, особенно злоупотреблявших вином, а затем начали «погордевати священным чином» и совсем перестали ходить в церковь.
Вместе с тем не нужно забывать, что вестернизация России началась задолго до Петра I. Мутный поток западных обычаев и идей хлынул на Русь ещё с приходом Самозванца, то есть как минимум в начале XVII века, и затем начал постепенно отравлять своими миазмами правящую элиту Русского государства и Русской Церкви. С появлением в Церкви новых веяний Капитон начинает яростно их обличать. Особенно резко критиковал он поклонение новым иконам, написанным под западным влиянием и изображавшим Христа реалистически и чувственно. Здесь ему созвучны отзывы протопопа Аввакума о «новом искусстве»: «По попущению Божию умножися в нашей русской земли иконнаго писма неподобнаго изуграфы… Пишут Спасов образ Еммануила; лице одутловато, уста червонная, власы кудрявые, руки и мышцы толстые, персты надутые, тако же и у ног бедры толстыя, и весь яко немчин брюхат и толст учинен, лишо сабли той при бедре не писано. А то все писано по плотскому умыслу: понеже сами еретицы возлюбиша толстоту плотскую и опровергоша долу горняя… А Богородицу чревату в Благовещение, яко же и фрязи поганыя. А Христа на кресте раздутова: толстехунек миленькой стоит, и ноги-те у него, что стулчики. Ох, ох, бедныя! Русь, чего-то тебе захотелося немецких поступов и обычаев!»
Вполне естественно, что, когда начнётся никоновская церковная реформация, Капитон безоговорочно примет сторону ревнителей старой веры и выступит с обличением новшеств. Число учеников лесного старца увеличится ещё больше за счёт тех, кому стало «сумнительно, что в церквах почали петь по новым книгам и в службах все переменено». Неоднократно власти будут пытаться выследить и арестовать Капитона, направляя воинские команды в вязниковские леса, но тщетно — старец останется неуловим. «Но никакоже обрестися можаше, Самому Богу того покрывающу: иже во оной пустыни добре пожив, благочестне ревновав, святопреподобне преставися». Судя по всему, старец Капитон умер в конце 1650-х или в самом начале 1660-х годов. Последнее его местопребывание так и осталось тайной…
В своих взглядах на настоящее и будущее «Третьего Рима» старец Капитон был далеко не одинок. В них отразилось определённое умонастроение того непростого времени. Апокалипсическая литература ещё со времен Крещения Руси стала излюбленным чтением русского христианина. Апокалипсические темы неоднократно затрагивались и разрабатывались в оригинальной древнерусской литературе, опиравшейся на традиции святоотеческой мысли, начиная от святых Иринея Лионского и Ипполита Римского и заканчивая святым Ефремом Сирином.
Святые отцы называли антихриста «змием», «зверем», «львом», «врагом», «губителем», «диаволом», «сатаною», «бесом преисподним», «сопротивником» и «супостатом», «человеком греха и беззакония», «мерзостию запустения», «сыном погибельным», «злым вождём», «агнцем неправедным» и прочими подобными именами. Этот враг, по предсказаниям, будет человеком, родившимся «от девицы нечистыя, жидовки сущия, от колена Данова» (по другим источникам — из колена Иудина). Антихрист присвоит себе великую власть, причём сначала явится тихим, разумным, чистым и милосердным, и прельстит иудеев, которые примут его за Мессию. Но на самом деле он будет противиться Христу, пытаться истребить христианство. По словам святого апостола Павла, «откроется человек греха, сын погибели, противящийся и превозносящийся выше всего, называемого Богом или святынею, так что в храме Божием сядет он, как Бог, выдавая себя за Бога» (2 Сол. 2,4). На обличение антихриста Господом будут посланы Енох, Илия и Иоанн Богослов, и благодаря им многие уверуют в Истинного Бога. Однако Илия и Енох по повелению антихриста будут убиты. Предсказывалось, что часть евреев также будет обращена Илиею и Енохом в веру Христову, но многие из них примут антихриста.
Согласно книге пророка Даниила, царство антихриста будет длиться три с половиной года. Конец же его описан у апостола Павла: «[его же] Господь Исус убьет духом уст Своих и истребит явлением пришествия Своего» (2 Сол. 2, 8), и у Иоанна Богослова в Апокалипсисе: «И схвачен был зверь и с ним лжепророк… оба живые брошены в озеро огненное, горящее серою» (Откр. 19, 20). По толкованию святого Андрея Кесарийского, «два же сия (антихрист и лживый пророк) в нетленнем телеси, по испраздненном ею от Бога могутстве, огневи геенскому предаетася, яже има будет смерть и убиение Христовым повелением».
С антихристом связано известное число, о котором святой апостол Иоанн Богослов пишет: «Кто имеет ум, тот сочти число зверя, ибо это число человеческое; число его шестьсот шестьдесят шесть» (Откр. 13, 18). Некоторые под этим числом понимали время пришествия антихриста — 1666 год, предсказанный «Книгой о вере», год печально знаменитого «разбойничьего» собора, на котором были окончательно осуждены старые обряды и проклята вся многовековая традиция русской святости. Многие пытались угадать имя антихриста или связать с его числом имя какого-либо противника православия. Используя на разные лады буквенную запись чисел (а иногда обходясь и без нее), антихристом именовали то императора Нерона, то римского папу, то патриарха Никона…
Еще в конце XVI века западнорусский богослов и проповедник Стефан Зизаний (1550–1634) по просьбе князя Константина Острожского сделал перевод с греческого языка 15-го Огласительного поучения святого Кирилла Иерусалимского. Перевод сопровождался комментариями самого Зизания и был издан в 1596 году в Вильно на белорусском и польском языках под названием «Казанье святого Кирилла об антихристе и знаках его, с расширением науки против ересей розных». Зизаний, основываясь на Священном Писании, напоминал, что в 1492 году началось восьмое тысячелетие от Сотворения мира и что именно в этот период, согласно пророчествам, должно произойти второе пришествие Христа. В современности Зизаний видел все признаки наступающих «последних времён» и утверждал, что римский папский престол — это и есть престол антихристов. «Причём, называя римского папу антихристом, Зизаний указывал не на конкретную личность какого-либо папы, а равно и не на последнего “князя тьмы”, который воцарится непосредственно перед пришествием Христа. Папство имелось в виду в смысле церковного института, церковной организации, а отдельные представители этого института — предтечи антихриста, его слуги. Для них главное — подорвать веру в Христа и Церковь» (Миролюбов).
Мысли Стефана Зизания о приближении царства антихриста нашли в дальнейшем своё продолжение. Около 1622 года в Киевской православной митрополии появляется фундаментальное антикатолическое сочинение — «Палинодия» Захарии Копыстенского (ум. 1627). В предисловии к «Палинодии» Захария Копыстенский излагает свою схему последовательных отпадений христиан к миру антихриста. По его мнению, с 1000 года сатана обосновался в Риме. «Число 1000 приобрело для православного теолога огромное значение. Захария Копыстенский толкует его в августиновской традиции как свершившееся и исходит из положения о “связании” сатаны на 1000 лет в момент первого пришествия». Именно торжеством антихриста в Риме с 1000 года от Рождества Христова он объяснял разделение христианской Церкви на католичество и православие, а точнее — отпадение католиков от Церкви. Особое значение в этом контексте приобретало такое событие, как Крещение Руси князем Владимиром в 988 году (то есть приблизительно в то же время) и образование Русской Церкви. Хотя Рим отпал от истинной веры, но зато в Церковь вступила Русь, заняв место Рима в священной пентархии (власти пяти патриархов).