Казанские попы, видя, что перегнули палку, попытались сгладить ситуацию: «Не кручинься, вашего (то есть левого. — К. К.) крылоса будет чреда — понедельник, среда, пяток — тогда ты первую статью чти и разсуждай у всех, а у нашего крылоса Петр, а во иную неделю тебе отдадим первенство». Тем самым казанские попы хотели показать, что в отсутствие Иоанна Неронова они все равны и следует соблюдать очерёдность, поскольку в субботу, воскресенье, вторник и четверг ведущим был правый клирос, а в понедельник, среду и пятницу — левый.
Аввакум был глубоко оскорблён и вышел из церкви вместе со своим земляком, священником Семёном Трофимовичем. Они объявили народу, что у Аввакума в церкви попы отняли книгу, а самого его выгнали. Аввакум пошёл в придел Казанского собора, освящённый во имя святого чудотворца Аверкия, епископа Иерапольского. Этот придел, пристроенный в 1637 году, представлял собой как бы отдельную церковь и был посвящён редкому святому, чья память совершалась 22 октября, то есть приходилась как раз на день освобождения Москвы от поляков в 1612 году. В приделе святого Аверкия Аввакум начал служить полунощницу ещё до прихода здешнего попа Амвросия, но и отсюда он вынужден был уйти.
Поняв, что все казанские попы сговорились между собой и не дадут ему служить спокойно, Аввакум решается на беспрецедентный поступок. Облачённый в священническую епитрахиль, он продолжает служение всенощной в «сушиле» (то есть сарае для сена) во дворе расположенного неподалеку дома Иоанна Неронова. «Ибо в иную пору, — говорит он, — и конюшня лучше церкви бывает». Вслед за Аввакумом переходит из Казанского собора значительная часть его паствы; говорили, что набралось до ста человек. По сути, сушило во дворе Иоанна Неронова стало первой старообрядческой моленной — без алтаря и без «внешних оказательств» — такой же моленной, в каких на протяжении последующих трёхсот лет придётся молиться староверам, изгнанным из древних, намоленных их благочестивыми предками храмов.
Но и в сушиле Аввакуму не дали дослужить всенощную до конца. Иоанн Данилов незамедлительно донёс о случившемся патриарху, и во время чтения статьи из «Бесед» Иоанна Златоуста Аввакум был взят под стражу Борисом Нелединским со стрельцами. Его стали избивать прямо в епитрахили и волочить за волосы. «Ризы на мне изодрали и святое Евангелие, с налоя сбив, затоптали; и посадя на телегу с чепью, по улицам, ростяня мои руки, не в одну пору возили». Затем его доставили на Патриарший двор, где посадили на цепь. Вместе с Аввакумом были арестованы ещё 33 человека, присутствовавшие на «сушильном богослужении», а также 40 человек, подписавших челобитную в защиту Иоанна Неронова.
В письме к Неронову от 14 сентября 1653 года протопоп Аввакум так описывал произошедшие события: «Не пустили попы у Казанские в церкву и ис придела выбили, по приказу архидьяконову, сказывают. И я, грешник, помянул изгнание великаго светила Златоустаго, и собрался з братиею о Господе в дому твоем в сушиле, после тебя в первое воскресение побдети… И в то время прииде дух от пустыни, обыдоша нас пси мнози, и сонм лукавых обступиша ны, и вскочиша в молитвенный дом Борис Нелединский со стрелцами и книги попраша, а меня почали бить взашей и за волосы драть в патрахели, а братью також перехватали, человек с сорок и болши».
Всех арестованных продержали в тюрьме семь дней и затем отлучили от церкви. Никон «наутрее их проклинал; оне же мужествовав многия ему в глаза плевали. Он же тех безвестно изгубил». Самого Аввакума, закованного в цепи, на рассвете 14 августа, в воскресенье, отвезли в Андроньев Спасов монастырь, что на Яузе, где он находился четыре недели. Здесь его держали в земляной тюрьме, жестоко избивали и морили голодом. «И тут на чепи кинули в темную полатку, ушла в землю, и сидел три дни, ни ел, ни пил; во тьме сидя, кланялся на чепи, не знаю — на восток, не знаю — на запад. Никто ко мне не приходил, токмо мыши, и тараканы, и сверчки кричат, и блох довольно». В Прянишниковском списке «Жития» излагаются ещё более страшные подробности пребывания Аввакума в темнице: «…а меня (Никон) бил по ногам четыре недели по вся дни без милости, от перваго часа до девятаго. И блаженныя памяти Стефан протопоп деньги ему за меня давал за откуп, и на всяк день, зря из ног моих полны голенища крови, плакал, но бесчеловечный он, волк, не умилился, — денег у него не взял. И возил, на чепи посадя на телегу, по Пожару (Красной площади. — К.К.) и по улицам града, растеня мои руки, яко распятова, волочили…».
Но тут произошло то, что Аввакум впоследствии вспоминал как самое настоящее чудо. «Бысть же я в третий день приалчен, — сиречь есть захотел, — и после вечерни ста предо мною, не вем — ангел, не вем — человек, и по се время не знаю, токмо в потемках молитву сотворил и, взяв меня за плечо, с чепью к лавке привел и посадил и лошку в руки дал и хлебца немношко и штец дал похлебать, — зело прикусны, хороши! — и рекл мне: “полно, довлеет ти ко укреплению!” Да и не стало ево. Двери не отворялись, а ево не стало! Дивно только — человек; а что же ангел? ино нечему дивитца — везде не загорожено».
На следующее утро архимандрит с братиею пришли к Аввакуму и вывели его на улицу. «Журят мне, что патриарху не покорился, а я от Писания ево браню да лаю. Сняли большую чепь да малую наложили. Отдали чернцу под начал, велели волочить в церковь. У церкви за волосы дерут, и под бока толкают, и за чепь торгают, и в глаза плюют». Однако мучения и издевательства не сломили железную волю протопопа. Он принимает посланные ему испытания с поистине христианским смирением, молясь за своих обидчиков. «Бог их простит в сий век и в будущий: не их то дело, но сатаны лукаваго».
Во время заточения протопопа Аввакума в Андроньевом монастыре произошло ещё одно чудо:
«Тут же в церкве у них был наш брат подначалной ис Хамовников, пьянъства ради предан бесом, и гараздо бесился, томим от бесов. Аз же зъжалихся, грешной, об нем: в обедню, стоя на чепи, Христа-света и пречистую Богородицу помолил, чтоб ево избавили от бесов. Господь же ево, беднова, и простил: бесов отгнал. Он же целоумен стал, заплакав и ко мне поклонился до земли; я ему заказал, чтоб про меня не сказал никому; людие же не догадалися о сем, учали звонить и молебен петь».
Через десять дней после ареста Аввакума привели на допрос в Патриарший приказ. Вели его пешком, «за рукава, снемши с рук, яко разбойника». На допросе его спрашивали о челобитной в защиту Иоанна Неронова и о «сушильном всенощном бдении». Аввакум отвечал: «У Казанской глава был Иван; и свиньи те, которые разоряют благочестие и подали на него челобитную патриарху». Патриарший архидиакон Григорий долго спорил с Аввакумом и, наконец, выругав его «матерны», велел отвести обратно в Андроньев монастырь.
Между тем началась расправа и над другими неугодными Никону боголюбцами. Протопопа Даниила Костромского Никон лично мучил в Чудовом монастыре, затем расстриг и сослал в Астрахань, где тот был уморен в земляной тюрьме. Другой Даниил, темниковский протопоп, был заточён в Новоспасском монастыре. Семен Бебехов, переписывавший челобитную Аввакума и Даниила за Неронова, посажен на цепь на Патриаршем дворе. Были арестованы соловецкий инок Герасим Фирсов, протопоп Михаил Рогов (составитель «Кирилловой книги»), нижегородский протопоп Гавриил (впоследствии казнён), поп Михаил из Богородичного монастыря в Москве (погиб безвестно), запрещён в служении и сослан в Ярославский монастырь священник Ермил, друг Неронова и Аввакума протопоп Семён Трофимов бежал, священник Лазарь скрывался у игумена Никанора в Саввино-Сторожевском монастыре, но был схвачен и сослан в Тобольск. В ссылки было отправлено более десяти протопопов — лидеров движения боголюбцев. Не подвергся репрессиям один лишь протопоп Стефан Внифантьев, который всё ещё продолжал оставаться духовником царя и не решался просить за своих друзей по кружку ревнителей благочестия — по выражению Аввакума, «всяко ослабел».