Став православным, Вавила решил вести строго подвижническую жизнь, сторонясь мирской суеты. «Мирскаго мятежа и многосуетствия отлучився, во пристанище спасения приходит, всеизрядный бывает любомудрец, любомудрствует о добрых, познавает лучшая, творит философскую душу любомудрия святыми украшая нравы, от светскаго бывает инок, от мирожителя пустынножитель, от гордящагося и сластолюбца, смирен, воздержник, и терпения всекрасный адамант показася; и понеже убо толико естественною силою изобильствова, елико за три человека и множае можаше и носити и делати: железы свою силу самоизволительно смиряет, вериги тяжки на себе положив, железами же чресла своя опоясав; тако крестоносно страдаше; тако терпение Владычне всекрасно собою изображаше; прежде же всех свою волю и своя желания, мечем послушания заклав умертви».
Вавила становится послушником и учеником отца Прохора, неотлучно пребывая при нём. Никоновские реформы, до основания потрясшие корабль Русской Церкви, заставили Вавилу выйти из своего лесного затвора, где он пребывал в безмолвии, и выступить с открытыми обличениями новшеств. Его проповедь пользовалась большим успехом среди народа. Обладая даром красноречия и будучи человеком глубоко образованным, в особенности же в вопросах богословия, Вавила представлял для никониан серьезную опасность. Он был арестован и доставлен в город на допрос.
На предложение принять новые книги и обряды Вавила смело отвечал: «Аз, о судие, не зело в древних летех: к российстей кафолическаго православия приступих церкви, не мню бо вяшьши тридесятих лет сему быти; не яко во младенчестве неразумия безъиспытно приях веру. Но испытуя испытах православия непорочность. Испытав же познах чудное доброты, познав, всеверне приях, прием же очистихся, просветихся и обогатихся дивным православия богатством. Еда убо неправославна бяше в России вера, ейже благовразумительно научихся? Ей, православна! Еда неправославно бяше крестное знамение, ему же всепрелюбезно от души привязахся? Ей, православно! Еда догматы и предания неблагочестны беша, ими же мя тогда увериша? Воистину благочестивы и православны! Аще же православны якоже и суть: кая ина есть вера паче православныя? Кия догматы ины паче благочестивых? Кая церковь иная паче кафолическия, к ней же приступих? То ныне мя увещевает: яко един Господь, едина вера древлеправославная, едина церковь древлекафолическая, едино всеблагодатное крещение, во оной совершаемое церкви. Не солгу тебе, святая и православная веро. Не солгу тебе, православно-кафолическая церкви. Испытах единожды, веровах единожды, обещахся единожды; и приях претеплою всежелательне верою всерадостно и до ныне содержу богатство онаго многоценнаго сокровища всерадостно и душею моею просвешаюся. Аще же толикою верою прия и тако содержу, еже веровах, лист ли ныне трясомый ветром буду? Никакоже. Облак ли безводный, вихром преносимый явлюся? Никогдаже. В научение ли странное и новое прилагатися возжелаю? Не даждь ми, Боже! Се убо праведно и ясно тебе, о судие, извещаюся: не сломлю моих обетов, ими же всеблагодатне просветихся, не приемлю новаго сего вновоправленнаго вами благочестия, наводящаго ми отеческия клятвы и Божие негодование! Ибо самое имя новости нетвердость основания являет, все бо новое, не есть древнее. Аще же не древнее есть: убо ниже отеческое. Аще же не отеческое, убо ниже предание глаголатися может: но вымышление некое вновь смышленное, человеческими хитростьми изобретенное. Откуду и всякия твердости отлучено есть, всякия же гнилости преполно. Есть ли не твердо и гнило, убо ниже приятно быти может. Верно слово и всякаго приятия достойно… Аз Никонова правления новин яко сам весьма соблюдаюся и бегаю, тако и прочым православным христианом всячески новин отвращатися советую, всеблагодатно трепещущым отеческаго запрещения, иже соборне всеявственно вопиют: вся, яже кроме церковнаго предания, и воображения святых и приснопамятных отец содеянная, или по сем содеятися хотящая анафема».
Посрамлённые этими словами Вавилы судьи не знали, что отвечать, и хмуро молчали. Тогда Вавила стал упрашивать, чтобы его отпустили в Москву на «разглагольствие» о вере с патриархом и другими архиереями. Судья написал об этом прошении старца в Москву царю и патриарху. Но у защитников новой веры был единственный «аргумент» в спорах — пытки и казни. В ответ на предложение о диспуте из столицы пришёл грозный указ: пытать немилостиво и предать смерти. В январе 1666 года произошла расправа над руководителями лесных старцев — Вавилой, Леонидом и Вавилой «молодым». После долгих изуверских пыток они были сожжены в срубах: первый — в Вязниках, двое других — во Владимире.
Расправившись с вязниковскими старцами, Лопухин «зачистил» Керженецкие леса, где захватил непримиримого противника никоновских новин старца Ефрема Потёмкина, а затем прошёлся и по всему Среднему Поволжью. Со своей стороны, на северном берегу Волги воевода Степан Зубов «чистил» район Костромы и Вологды. Ему помогали знаменитый впоследствии полковник Артамон Матвеев и дьяк Феодор Михайлов.
Однако полностью уничтожить лесное движение правительству так и не удалось. Уже в феврале 1666 года, после казни Вавилы и Леонида, новообрядческий монах Серапион отправил в приказ Тайных дел два доноса, в которых сообщал о продолжении движения лесных старцев и о том, что во главе пустынников Владимирского края встала некая старица Евпраксея…
В Москве после ссылки Аввакума в защиту старой веры открыто выступила боярыня Морозова. «Она же, Феодосья, — вспоминал Аввакум, — прилежаше о благочестии и бравшеся с еретики мужественне, собираше бо други моя тайно в келью к… нищему Феодоту Стефанову и писавше выписки на ересь никониянскую, готовляше бо ожидающе собора праваго». Укрепляясь в вере, боярыня всё чаще уклонялась от богослужений в придворных храмах, где она должна была присутствовать в соответствии с придворным этикетом. Старалась она реже бывать и при царском дворе. Это не могло не бросаться в глаза, и о симпатиях боярыни к старой вере скоро становится известно царю (не в последнюю очередь благодаря её родственникам Ртищевым). Осенью 1664 года Алексей Михайлович присылает к ней для уговоров архимандрита Чудова монастыря Иоакима (будущего патриарха) и ключаря Петра, дабы «развратить от правоверия» упрямую боярыню. Аввакум вспоминал, как боярыня Морозова бранилась с Иоакимом: «Скажите царю Алексею: почто-де отец твой, царь Михайло, так веровал, яко же и мы? Аще я достойна озлоблению, — извергни тело отцово из гроба и предай его, проклявше, псом на снедь». Уговоры царских посланцев оказались напрасны, и тогда власти решили действовать иначе: летом 1665 года у Морозовой отобрали половину её вотчин. Однако физически расправиться с такой близкой к царской семье и родовитой боярыней пока опасались.
Менее щепетильны были власти по отношению к прочим «церковным мятежникам». Уже в ноябре 1665 года из Сибири в Москву привезли более десятка вождей сопротивления во главе с иереем Лазарем. Некоторых в ожидании предстоящего собора сразу же сослали на Север — из Мезени их было легче и быстрее привезти на соборный суд. В декабре арестовали диакона Феодора и попа Никиту Добрынина. Других «церковных мятежников» — в их числе игумена Сергия Салтыкова, соловецкого старца Герасима Фирсова, архимандрита Антония, юродивых Авраамия, Феодора и Киприана — задержали и посадили под наблюдение. В августе 1665 года в Вологду сослали и старика Неронова. Одному игумену Досифею, всегда осторожному и неуловимому, удалось избежать ареста и скрыться.
Новые гонения вызвали глубокое уныние у многих московских защитников старой веры, оказавшихся без духовного руководительства. «Раздались в их среде жалобы на Аввакума, что он только вредит общему делу, дразня еретиков; некоторые, наиболее раздражённые, даже говорили и писали самому протопопу, что лучше было бы ему умереть в Даурии, чем приезжать в Москву. В виду такого настроения товарищей Аввакуму приходилось одновременно и возбуждать в них большую смелость и ревность к защите своего дела, и оправдывать перед ними свои личные действия…» (Мякотин). С этой целью он отправляет в Москву послание «Игумену Феоктисту и всей братии». С удивительным смирением и любовью возражает он на гневные обвинения своих братьев по вере: