«Митрополит Паисий Лигарид, — замечает историк С. Зеньковский, — в свою очередь был проклят и отлучён от церкви своим же владыкой, патриархом Нектарием Иерусалимским, а за свои нехристианские поступки и измену православию скорее заслуживал находиться на скамье подсудимых, чем среди судей». Патриарх Нектарий в письме к царю Алексею Михайловичу писал, что Паисий Лигарид «называется с православными православным», а «латыни свидетельствуют и называют его своим, и папа римский емлет от него всякий год по двести ефимков». Ему вторил константинопольский патриарх Дионисий: «Паисий Лигарид лоза не константинопольского престола, я его православным не называю».
Однако, получив от патриарха Нектария такие компрометирующие сведения, царь вовсе и не думал изгонять Лигарида как обманщика и «папежника». Он… решил купить ему разрешение и прощение у иерусалимского патриарха. Уж слишком он в нём нуждался. Новый патриарх оказался более покладистым и за большие деньги дал такое разрешение, хотя впоследствии и пожалел и даже вновь запретил Лигарида в служении как «латынщика».
28 ноября 1666 года в государевой Столовой палате открылся Большой Московский собор. На нём присутствовали 29 архиереев, из которых 12 были иностранцами. Присутствовали представители всех главных церквей Востока, так что действительно возникала иллюзия некоего нового «вселенского собора». Кроме двух «вселенских» патриархов Макария Антиохийского и Паисия Александрийского, для соборного суда над Никоном в Москву прибыли пять митрополитов Константинопольского патриархата — Григорий Никейский, Козьма Амасийский, Афанасий Иконийский (который, впрочем, за подделку полномочий вместо собора оказался в заключении в Симоновом монастыре), Филофей Трапезундский, Даниил Варнский и один архиепископ — Даниил Погонианский; из Иерусалимского патриархата и Палестины — уже упомянутый выше низверженный газский митрополит Паисий и самостоятельный архиепископ Синайской горы Анания, из Грузии митрополит Епифаний; из Сербии епископ Иоаким Дьякович; из Малороссии — епископ Черниговский Лазарь (Баранович) и епископ Мстиславский Мефодий (местоблюститель Киевской митрополии). Русских архиереев участвовало 15, а именно: митрополиты — Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Иона Ростовский, Павел Крутицкий, архиепископы — Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Стефан Суздальский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Иосиф Астраханский, Арсений Псковский; епископ — Александр Вятский. Вскоре к ним присоединились вновь избранный московский патриарх Иоасаф II и архиереи двух новооткрытых епархий: Белгородской — митрополит Феодосий и Коломенской — епископ Мисаил. Также присутствовало множество русских и иноземных архимандритов, игуменов, иноков и священников.
Всего состоялось восемь заседаний собора по «делу Никона»: три предварительных, четыре — посвящённых собственно самому суду (два — заочных, два — в присутствии обвиняемого) и ещё одно — заключительное, на котором был оглашён окончательный приговор. Никон обвинялся в самовольном оставлении им патриаршей кафедры, оскорблении церкви, государя, собора и всех православных христиан, оскорблении восточных патриархов, самовольном свержении с кафедры и изгнании епископа Павла Коломенского, в следовании католическому обычаю, что выражалось в повелении Никона носить перед собой крест, а также в незаконном устроении монастырей за пределами Патриаршей области на землях, отнятых у монастырей других епархий. По результатам соборных заседаний Никон был приговорён к лишению сана патриарха и священства. Под приговором подписались два патриарха, десять митрополитов, семь архиепископов и четыре епископа. В ответ бывший патриарх, обращаясь к царю, сказал: «Кровь моя и грех всех буди на твоей главе», а вечером пророчествовал о том, что всех осудивших его участников собора ждут нестерпимые муки.
12 декабря 1666 года «вселенские» патриархи сняли с Никона чёрный клобук с херувимом и жемчужным крестом — знак патриаршего достоинства — и панагию и возложили на него простой монашеский клобук, сняв его с присутствовавшего здесь греческого монаха. Низложенному патриарху прочитали поучение, что он не может более называться патриархом и жить в Воскресенском монастыре, но должен отправиться в Ферапонтов монастырь, жить там тихо и немятежно и каяться в своих прегрешениях. В ответ Никон сказал: «Знаю-де и без вашего поучения, как жить, а что-де клобук и панагию с него сняли, и они бы с клобука жемчуг и панагию разделили по себе, а достанется-де жемчугу золотников по 5 и 6 и больше, и золотых по 10» …
Так бесславно оканчивалось патриаршество, некогда начинавшееся столь многообещающе. Никона, которого когда-то торжественно провозглашали патриархом в переполненном Успенском соборе в присутствии царя и многочисленного православного народа, на коленях со слезами умоляя его занять первосвятительскую кафедру, теперь расстригали тайно, в отсутствие и царя, и народа.
Последующие заседания Большого Московского собора проходили в Патриаршей Крестовой палате уже без участия Алексея Михайловича. Состоялись выборы нового патриарха Московского и всея Руси. 31 января 1667 года участники собора подали царю имена трёх кандидатов: Иоасафа, архимандрита Троице-Сергиева монастыря, Филарета, архимандрита Владимирского монастыря, и Саввы, келаря Чудова монастыря.
Характерно, что среди кандидатов на патриаршество не было ни одного архиерея. Это отчасти объясняется позицией, занятой некоторыми из них после низложения Никона. Так, митрополит Павел Крутицкий и архиепископ Иларион Рязанский всесоборно объявили, что «степень священства выше степени царского». «В этот драматический момент и выяснилось, что не напрасно Алексей Михайлович привечал греков. Последние были равнодушны к кровным интересам русских архиереев, не говоря уже о том, что выстраивали свои взаимоотношения с царской властью на иных началах. Потому оба восточных патриарха, под одобрительные голоса остальных греков, обвинили русских “князей церкви” в цезарепапизме и своим авторитетом помогли задавить новый бунт ещё в зародыше» (Андреев).
Особенно лез из кожи Паисий Лигарид, без меры льстя Алексею Михайловичу и заявляя, что «царю надлежит казаться и быть выше других» и соединять в своем лице «власть государя и архиерея» [62]. «Поистине, — заливался соловьём Лигарид, — наш державнейший царь, государь Алексей Михайлович, столь сведущ в делах церковных, что можно подумать будто целую жизнь был архиереем… Ты, Богом почтенный царю Алексие, воистину человек Божий… Вы боитесь будущего, чтобы какой-нибудь новый государь, сделавшись самовластным… не поработил бы церковь российскую. Нет, нет! У доброго царя будет ещё добрее сын его наследник. Он будет попечителем о вас. Наречётся новым Константином, будет царь и вместе архиерей…» В свете последующего «синодального пленения» господствующей Русской Церкви, осуществлённого сыном Алексея Михайловича Петром I, который не только подчинил Церковь государству, но и объявил самого себя её главой, эти «пророчества» старого иезуита звучат как мрачная насмешка и издевательство.
В результате на соборе было объявлено, что царь имеет преимущество в делах гражданских, а патриарх — в церковных. Однако это была не более чем этикетная формула. Гораздо чаще соборные заседания проходили в царской Столовой палате, чем в Патриаршей Крестовой. Иларион Рязанский и Павел Крутицкий были обвинены собором в том, что они «никонствуют и папствуют», и на них была наложена епитимья. Другие русские иерархи, по замечанию Паисия Лигарида, «пришли в страх от сего неожиданного наказания».
В конечном итоге царь отдал предпочтение троицкому архимандриту Иоасафу, который был «уже тогда в глубочайшей старости и недузех повседневных». Такой выбор свидетельствовал, видимо, о том, что Алексей Михайлович не хотел видеть во главе Русской Церкви деятельного и независимого человека. 10 февраля 1667 года на патриаршество был возведён новый патриарх под именем Иоасафа II. «Молчаливый потаковник прелести сатанине», — кратко и ёмко охарактеризует его диакон Феодор.