После рассказанного Аввакумом сам архиепископ Иларион «кручинен был», однако другие архиереи пришли в ярость и стали обвинять Аввакума в клевете на «ученого царского богомольца» и распространении слухов. Аввакум попытался оправдаться и написал царю Алексею Михайловичу челобитную. Излагая всю вышеизложенную историю, он риторически вопрошал царя: «Мала ли беда, содомская сия скверна, во святилище содеяна? Как выедет он, архимарит, во свою землю, скажет вместо детища: я-де глупых русаков и владыку блудил. У них то, греков, не диковина. И безчестие сие и вечный позор не точию вам, архиереом, но и всему государству будет. А толко до сего времени и служите в той церкви без освящения: блюдитеся и от Бога казни. Не добра похвала — такой вор и ругатель великия России святителя учит!.. По пирушкам ходя, поп Иродион, со своею братиею, смеяся, говорит те слова… А се и безчестие всему государьству от странных сих. Естьли, государь, он, поп Иродион, исправил то духом кротости, ино было не надобно во многие слухи вносит. А то и Галитцкому протопопу Михаилу, и Благовещеньскаго собора пределному диакону Феодору, и другим многим, те вины душепагубныя сказывал, и во многия слухи то внес, и в верных в державе царствия твоего велик соблазн. Пес убо, аще скочит в церковь, ино освящение есть: а то такая скверна, ея же ради Содома и Гомора пят градов погибе! А се на таком святом месте, в немже безкровная жертва Господеви приносится и пречистый Агнец за мирский живот и спасение заколается! Вправду, христолюбивый государь, не возможно и попу Родиону тех вин святителем не известит, для того, чтоб церков освятит. А безчестия ради всему государству хотя б и тебе, государю, известить. Дело то соборное и исправит зело нужно. И аще архиереи исправити не радят, поне ты, христолюбивый государь, ту церковь от таковыя скверны потчися очистит, да в державе царствия твоего в верных людех соблазн потребится, да и от Бога милости сподобимся».
Однако оправдаться Аввакуму не удалось. И это неудивительно, если заглянуть немного вперёд и посмотреть, какая роль будет уготована царём греческому архимандриту Дионисию на будущем Большом Московском соборе 1666–1667 годов, и насколько «нужный» для реформаторов это был человек. На двор к Аввакуму явился боярин Пётр Михайлович Салтыков и возвестил царскую волю: «Власти-де на тебя жалуются… поедь-де в ссылку опять».
29 августа 1664 года Аввакум вместе со своим семейством был отправлен в ссылку в далёкий Пустозёрск. В дорогу добрые люди много чего Христа ради насобирали, да всё пришлось оставить в Москве…
Мезенская ссылка
В Пустозёрск ехали на перекладных… Сначала по воде до Северной Двины к Холмогорам (до Холмогор Аввакума провожал его верный ученик и последователь, сторож московского Благовещенского собора Андрей Самойлов), а далее — лесными дорогами Нижней Тайболы. По всему пути своего следования Аввакум «по городам людей Божиих учил, а их обличал пестрообразных зверей»…
Ещё из Холмогор, в октябре 1664 года, написал Аввакум царю и передал через Киприана юродивого челобитную, умоляя разрешить ему остаться там и не ехать зимой в Пустозёрск. «С великою нуждею доволокся до Колмогор; а в Пустозерской острог до Христова Рождества не возможно стало ехать, потому что путь нужной, на оленях ездят. И смущаюся, грешник, чтоб робятишка на пути не примерли с нужи».
О том же челобитную подавал царю и Неронов, умоляя его не ссылать в Пустозёрск многострадального протопопа, и без того «безчисленные беды претерпевшего» в Сибири, «чтоб маленким ево сироткам в зимное время на нужном пути до Пуста-озера от студени безгодною смертию не помереть, яко же и прежде в Даурах двое детей от глада помроша…». Пытался и молодой диакон Благовещенского собора Феодор Иванов подавать челобитную об Аввакуме через царского духовника Лукьяна Кириллова, но тот челобитную Феодору «в глаза бросил с яростию великою»…
Диакон Феодор происходил из семьи сельского попа. Отца его звали Иваном, и служил он в вотчине боярина Никиты Ивановича Одоевского в селе Колычеве Дмитровского уезда. После «мора» 1654 года на Феодора была сделана «запись… бутто он крестьянский сын», которая обрекала его на судьбу крепостного, но ему удалось освободиться от «записи», и в 1659 году он стал диаконом Богородицкого придела дворцового Благовещенского собора. Здесь он явился «самозрителем» борьбы царя и церковных иерархов с противниками никоновских реформ. Чтобы разобраться в том, кто прав в этом споре, Феодор начал самостоятельно изучать старые и новые церковные книги московские, киевские, острожские, сербские, болгарские, «читал книг десятков с шесть» и, по словам инока Авраамия, «паче иных в Божественном Писании потрудившася». Убедившись, что никоновские справщики «блудят, што кошки по кринкам… по книгам и, яко мыши, огрызают Божественныя Писания», Феодор перешёл в лагерь противников никоновской реформы, уже подвергшихся в то время гонениям. Фактически это означало конец его духовной карьеры при дворе. Феодор стал собирать полемические материалы в защиту старой веры и в марте 1665 года подал вышеозначенную челобитную царскому духовнику. Дело закончилось тем, что Феодора арестовали и отдали митрополиту Павлу Крутицкому «под начал на двор», где он был посажен на цепь. Впоследствии диакон Феодор Иванов окажется соузником Аввакума по Пустозёрску.