Однако пока до Пустозёрска добраться Аввакуму было не суждено. 29 декабря 1664 года его вместе с семьёй и домочадцами (всего 12 человек) привезли на Мезень. Хотя положительного ответа от царя и не дождались, помог случай — «Бог остановил нас Своим промыслом у окияна моря, на Мезени». Судя по отписке царю мезенского воеводы Алексея Христофоровича Цехановицкого, окрестные крестьяне «учинили бунт» и отказались дать деньги и подводы, необходимые для отправки ссыльных и их стражников в Пустозёрск. В январе 1665 года с Мезени Аввакум снова писал царю: «…не вели нас, двенатцати человек, поморить безгодною смертию з голоду и без одежды, вели, государь, нам из своея государевы казны давать корм».
На Мезени Аввакум прожил полтора года. Жил в Окладниковой слободе, относительно свободно: «промышлял рыбу, и кормился, благодаря Бога; а иное добрые люди, светы, с голоду не уморили, Божиим мановением». Небольшой городок на правом берегу реки Мезени, впадающей в Белое море, Окладникова слобода стала к началу XVII века торговым и административным центром всей округи. Здесь проживали воеводы (у местного воеводы Алексея Цехановицкого частенько бывал Аввакум с супругой), проходили знаменитые крещенские ярмарки. О важности слободы как торгового центра говорит тот факт, что здесь постоянно проживали английские торговые агенты.
В Окладниковой слободе Аввакум продолжал служить в местной церкви, убеждая прихожан стоять за старую веру. Первая церковь здесь была построена ещё в 1568–1570 годах и была освящена во имя священномученика Климента папы римского и Петра Александрийского. К 1602 году построили и вторую церковь — Рождества Пресвятой Богородицы. А «в дву церквах образы и свечи и книги и ризы и колокола на колокольнице строение мирское», — гласит запись 1623 года. В 1663 году при церкви служили попы Герасим и Илья.
В 1665 году на Мезени у Аввакума родился младший и последний сын — Афанасий, «мой мизинец», как он его ласково называл. Здесь же Аввакум его и окрестил и, «обедню служа на Мезени, причастил». После Собора 1666 года Афанасий не был заключён в земляную тюрьму вместе с матерью и двумя старшими братьями, очевидно, за малолетством. В 1673 году Аввакум писал из пустозёрской ссылки родным на Мезень: «Спаси Бог, Афанасьюшко Аввакумович, голубчик мой! Утешил ты меня». Местный воевода рассказал протопопу о том, что, когда он спросил у ребёнка о сложении перстов, Афанасий показал двуперстие, а на угрозу посадить его в тюрьму ответил: «Силен-де Бог, не боюся!» Этот ответ тронул не только отца, но и воеводу, который рассказывал о нём, «похваляя» мальчика.
Однако и в своей далёкой мезенской ссылке Аввакум продолжал бороться за души людей, будучи не в состоянии равнодушно смотреть на поругание православной веры. Здесь произошла история, которая ещё больше убедила протопопа в правоте отстаиваемой им позиции.
«А как я был на Мезени, отче Епифаний, — вспоминал Аввакум, — при воеводе Алексее Цехановицком, — пан был верою римскаго костела; выехав, на Москве крестился, да втайне держал римскую веру. Жена у нево была, Евдокиею звали, вправду она держала нашу веру. И после родин разнемоглася гораздо. А се и беси напали на нея, Богу попущающу, и зело жестоко мучить стали ея. Мало нечто образумясь, захотела мне исповедатися. Егда же аз пришел, а беси и паки учали мучить крепко и жестоко ея. Аз же, грешный, за болящую молебен пел, и воду святил и кропил ю: и беси отступиша от нея. С ревностию великою и со слезами исповедалася мне. Грамоте умела, панья разумная была, проклинала зело усердно римскую веру. Мужа браня, говорит: “все для него, батюшко, наказует меня Бог: втайне держит римскую веру, а Богу она зело досадна и мерзска; слава Христу, что меня избавил от нея! Показа мне, батюшко, пекл и светлыя места: все-де римские веры люди осуждаются в пекл, еже есть — во огонь; а русская вера яко солнце сияет от всех вер, и все християне во свет грядут, я видела сама. Да и у вас за грех в вере разделение бысть. Худы-де затеи новые и мрачны зело: умри ты, за что стоишь, и меня научи, как умереть. Причасти меня причастием запасным своим, Бога ради! А крещуся я, слагая персты по-твоему; а три персты отмещу и ненавижу: зле так наши римляне крестятся. Да будут прокляти от вселенских соборов за сие мудрование! И муж мой с ними же проклят. Я видела сама, что им уготовано у Христа. Помилуй же ты меня, отченко мой, не покинь меня в молитвах своих! А я, ей-ей, твоя овца; тут же желаю быть, идеже будешь ты. Помилуй, батенко, помилуй кветенка мой, сиречь миленкой мой. Дел моих нет; токмо верою уповаю быти при тебе, как верую и держу, и умираю с тем, как проповедуешь и страждешь за что. Иного Бога не вем, но токмо Того, Его же любишь ты и Его ради мучился. Усвой душу мою при своей душе! Слушает тебя Бог и любит тебя, — невозможно мне говорить про то; одно говорю: не забудь ты меня! А моя душа скоро разлучается от телеси: вся века сего не вменяю ни во что при тамошнем нечесом маленким, еже видела”. Да и много, старец, она говорила, — я уж и не помню иное. Мне и самому стало сором себя, — не по делам моим величала меня».