В декабре 1665 года начался новый сыск, занявший около двух месяцев. За это время было арестовано до ста человек и сожжено 30 заклязьминских скитов. Когда весть о приближении воинской команды достигла скитов, многие пустынники побежали ещё дальше в леса. Звали ученики бежать с собой и отца Прохора. Но он спокойно отвечал им: «Идите, чада, и укрыйтеся скоро, мене оставльше. Ибо аз прежде вас тако убежу, яко никогдаже постижен буду ловящими». Ученики блаженного отца Прохора удивились, но ослушаться старца не посмели и оставили скиты, поскольку воинская команда была уже совсем невдалеке. Старец же затеплил свечу и, приготовив кадило, вложил в него ладан. Покадив святые иконы и свою келью, он со многими слезами прочёл свое келейное правило. Воины уже подходили к его келье, когда он закончил молиться. Прохор спокойно лёг на свое ложе, оградил себя крестным знамением и, крестообразно сложив руки на груди, тихо отошёл к Богу. Ворвавшиеся в келью воины увидели чудную картину: свеча перед иконами ещё горела, кадило дымилось, испуская благоуханный дым, а старец без дыхания мирно покоился на своём ложе. Лицо его было необыкновенно спокойно и светло. Объятые страхом, воины выбежали из кельи вон.
Поиск святости приводил в Капитоновы скиты не только простых русских мужиков-«невеж». Среди последователей Капитона особенно выделялся ученик отца Прохора Вавила, «рода иноземческа, веры люторския». «Всеизрядный любомудрец», закончивший парижскую Сорбонну и освоивший все тонкости современных ему богословия и философии, он также нашёл путь к Богу у лесных старцев. Изучив в совершенстве греческий, латинский, древнееврейский и немецкий языки за время учёбы в университете, он впоследствии овладел русским и церковнославянским. Этот необыкновенный человек приехал в Россию ещё при царе Михаиле Феодоровиче и, как пишет автор его Жития, «осиян быв всепресветлыми благочестия лучами» и «яко из лавиринфа некоего… от бездвернаго люторскаго вредословия изшед», принял крещение по православному обряду.
Став православным, Вавила решил вести строго подвижническую жизнь, сторонясь мирской суеты. «Мирскаго мятежа и многосуетствия отлучився, во пристанище спасения приходит, всеизрядный бывает любомудрец, любомудрствует о добрых, познавает лучшая, творит философскую душу любомудрия святыми украшая нравы, от светскаго бывает инок, от мирожителя пустынножитель, от гордящагося и сластолюбца, смирен, воздержник, и терпения всекрасный адамант показася; и понеже убо толико естественною силою изобильствова, елико за три человека и множае можаше и носити и делати: железы свою силу самоизволительно смиряет, вериги тяжки на себе положив, железами же чресла своя опоясав; тако крестоносно страдаше; тако терпение Владычне всекрасно собою изображаше; прежде же всех свою волю и своя желания, мечем послушания заклав умертви».
Вавила становится послушником и учеником отца Прохора, неотлучно пребывая при нём. Никоновские реформы, до основания потрясшие корабль Русской Церкви, заставили Вавилу выйти из своего лесного затвора, где он пребывал в безмолвии, и выступить с открытыми обличениями новшеств. Его проповедь пользовалась большим успехом среди народа. Обладая даром красноречия и будучи человеком глубоко образованным, в особенности же в вопросах богословия, Вавила представлял для никониан серьезную опасность. Он был арестован и доставлен в город на допрос.
На предложение принять новые книги и обряды Вавила смело отвечал: «Аз, о судие, не зело в древних летех: к российстей кафолическаго православия приступих церкви, не мню бо вяшьши тридесятих лет сему быти; не яко во младенчестве неразумия безъиспытно приях веру. Но испытуя испытах православия непорочность. Испытав же познах чудное доброты, познав, всеверне приях, прием же очистихся, просветихся и обогатихся дивным православия богатством. Еда убо неправославна бяше в России вера, ейже благовразумительно научихся? Ей, православна! Еда неправославно бяше крестное знамение, ему же всепрелюбезно от души привязахся? Ей, православно! Еда догматы и предания неблагочестны беша, ими же мя тогда увериша? Воистину благочестивы и православны! Аще же православны якоже и суть: кая ина есть вера паче православныя? Кия догматы ины паче благочестивых? Кая церковь иная паче кафолическия, к ней же приступих? То ныне мя увещевает: яко един Господь, едина вера древлеправославная, едина церковь древлекафолическая, едино всеблагодатное крещение, во оной совершаемое церкви. Не солгу тебе, святая и православная веро. Не солгу тебе, православно-кафолическая церкви. Испытах единожды, веровах единожды, обещахся единожды; и приях претеплою всежелательне верою всерадостно и до ныне содержу богатство онаго многоценнаго сокровища всерадостно и душею моею просвешаюся. Аще же толикою верою прия и тако содержу, еже веровах, лист ли ныне трясомый ветром буду? Никакоже. Облак ли безводный, вихром преносимый явлюся? Никогдаже. В научение ли странное и новое прилагатися возжелаю? Не даждь ми, Боже! Се убо праведно и ясно тебе, о судие, извещаюся: не сломлю моих обетов, ими же всеблагодатне просветихся, не приемлю новаго сего вновоправленнаго вами благочестия, наводящаго ми отеческия клятвы и Божие негодование! Ибо самое имя новости нетвердость основания являет, все бо новое, не есть древнее. Аще же не древнее есть: убо ниже отеческое. Аще же не отеческое, убо ниже предание глаголатися может: но вымышление некое вновь смышленное, человеческими хитростьми изобретенное. Откуду и всякия твердости отлучено есть, всякия же гнилости преполно. Есть ли не твердо и гнило, убо ниже приятно быти может. Верно слово и всякаго приятия достойно… Аз Никонова правления новин яко сам весьма соблюдаюся и бегаю, тако и прочым православным христианом всячески новин отвращатися советую, всеблагодатно трепещущым отеческаго запрещения, иже соборне всеявственно вопиют: вся, яже кроме церковнаго предания, и воображения святых и приснопамятных отец содеянная, или по сем содеятися хотящая анафема».