Посрамлённые этими словами Вавилы судьи не знали, что отвечать, и хмуро молчали. Тогда Вавила стал упрашивать, чтобы его отпустили в Москву на «разглагольствие» о вере с патриархом и другими архиереями. Судья написал об этом прошении старца в Москву царю и патриарху. Но у защитников новой веры был единственный «аргумент» в спорах — пытки и казни. В ответ на предложение о диспуте из столицы пришёл грозный указ: пытать немилостиво и предать смерти. В январе 1666 года произошла расправа над руководителями лесных старцев — Вавилой, Леонидом и Вавилой «молодым». После долгих изуверских пыток они были сожжены в срубах: первый — в Вязниках, двое других — во Владимире.
Расправившись с вязниковскими старцами, Лопухин «зачистил» Керженецкие леса, где захватил непримиримого противника никоновских новин старца Ефрема Потёмкина, а затем прошёлся и по всему Среднему Поволжью. Со своей стороны, на северном берегу Волги воевода Степан Зубов «чистил» район Костромы и Вологды. Ему помогали знаменитый впоследствии полковник Артамон Матвеев и дьяк Феодор Михайлов.
Однако полностью уничтожить лесное движение правительству так и не удалось. Уже в феврале 1666 года, после казни Вавилы и Леонида, новообрядческий монах Серапион отправил в приказ Тайных дел два доноса, в которых сообщал о продолжении движения лесных старцев и о том, что во главе пустынников Владимирского края встала некая старица Евпраксея…
В Москве после ссылки Аввакума в защиту старой веры открыто выступила боярыня Морозова. «Она же, Феодосья, — вспоминал Аввакум, — прилежаше о благочестии и бравшеся с еретики мужественне, собираше бо други моя тайно в келью к… нищему Феодоту Стефанову и писавше выписки на ересь никониянскую, готовляше бо ожидающе собора праваго». Укрепляясь в вере, боярыня всё чаще уклонялась от богослужений в придворных храмах, где она должна была присутствовать в соответствии с придворным этикетом. Старалась она реже бывать и при царском дворе. Это не могло не бросаться в глаза, и о симпатиях боярыни к старой вере скоро становится известно царю (не в последнюю очередь благодаря её родственникам Ртищевым). Осенью 1664 года Алексей Михайлович присылает к ней для уговоров архимандрита Чудова монастыря Иоакима (будущего патриарха) и ключаря Петра, дабы «развратить от правоверия» упрямую боярыню. Аввакум вспоминал, как боярыня Морозова бранилась с Иоакимом: «Скажите царю Алексею: почто-де отец твой, царь Михайло, так веровал, яко же и мы? Аще я достойна озлоблению, — извергни тело отцово из гроба и предай его, проклявше, псом на снедь». Уговоры царских посланцев оказались напрасны, и тогда власти решили действовать иначе: летом 1665 года у Морозовой отобрали половину её вотчин. Однако физически расправиться с такой близкой к царской семье и родовитой боярыней пока опасались.