Однако, получив от патриарха Нектария такие компрометирующие сведения, царь вовсе и не думал изгонять Лигарида как обманщика и «папежника». Он… решил купить ему разрешение и прощение у иерусалимского патриарха. Уж слишком он в нём нуждался. Новый патриарх оказался более покладистым и за большие деньги дал такое разрешение, хотя впоследствии и пожалел и даже вновь запретил Лигарида в служении как «латынщика».
28 ноября 1666 года в государевой Столовой палате открылся Большой Московский собор. На нём присутствовали 29 архиереев, из которых 12 были иностранцами. Присутствовали представители всех главных церквей Востока, так что действительно возникала иллюзия некоего нового «вселенского собора». Кроме двух «вселенских» патриархов Макария Антиохийского и Паисия Александрийского, для соборного суда над Никоном в Москву прибыли пять митрополитов Константинопольского патриархата — Григорий Никейский, Козьма Амасийский, Афанасий Иконийский (который, впрочем, за подделку полномочий вместо собора оказался в заключении в Симоновом монастыре), Филофей Трапезундский, Даниил Варнский и один архиепископ — Даниил Погонианский; из Иерусалимского патриархата и Палестины — уже упомянутый выше низверженный газский митрополит Паисий и самостоятельный архиепископ Синайской горы Анания, из Грузии митрополит Епифаний; из Сербии епископ Иоаким Дьякович; из Малороссии — епископ Черниговский Лазарь (Баранович) и епископ Мстиславский Мефодий (местоблюститель Киевской митрополии). Русских архиереев участвовало 15, а именно: митрополиты — Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Иона Ростовский, Павел Крутицкий, архиепископы — Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Стефан Суздальский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Иосиф Астраханский, Арсений Псковский; епископ — Александр Вятский. Вскоре к ним присоединились вновь избранный московский патриарх Иоасаф II и архиереи двух новооткрытых епархий: Белгородской — митрополит Феодосий и Коломенской — епископ Мисаил. Также присутствовало множество русских и иноземных архимандритов, игуменов, иноков и священников.
Всего состоялось восемь заседаний собора по «делу Никона»: три предварительных, четыре — посвящённых собственно самому суду (два — заочных, два — в присутствии обвиняемого) и ещё одно — заключительное, на котором был оглашён окончательный приговор. Никон обвинялся в самовольном оставлении им патриаршей кафедры, оскорблении церкви, государя, собора и всех православных христиан, оскорблении восточных патриархов, самовольном свержении с кафедры и изгнании епископа Павла Коломенского, в следовании католическому обычаю, что выражалось в повелении Никона носить перед собой крест, а также в незаконном устроении монастырей за пределами Патриаршей области на землях, отнятых у монастырей других епархий. По результатам соборных заседаний Никон был приговорён к лишению сана патриарха и священства. Под приговором подписались два патриарха, десять митрополитов, семь архиепископов и четыре епископа. В ответ бывший патриарх, обращаясь к царю, сказал: «Кровь моя и грех всех буди на твоей главе», а вечером пророчествовал о том, что всех осудивших его участников собора ждут нестерпимые муки.
12 декабря 1666 года «вселенские» патриархи сняли с Никона чёрный клобук с херувимом и жемчужным крестом — знак патриаршего достоинства — и панагию и возложили на него простой монашеский клобук, сняв его с присутствовавшего здесь греческого монаха. Низложенному патриарху прочитали поучение, что он не может более называться патриархом и жить в Воскресенском монастыре, но должен отправиться в Ферапонтов монастырь, жить там тихо и немятежно и каяться в своих прегрешениях. В ответ Никон сказал: «Знаю-де и без вашего поучения, как жить, а что-де клобук и панагию с него сняли, и они бы с клобука жемчуг и панагию разделили по себе, а достанется-де жемчугу золотников по 5 и 6 и больше, и золотых по 10» …
Так бесславно оканчивалось патриаршество, некогда начинавшееся столь многообещающе. Никона, которого когда-то торжественно провозглашали патриархом в переполненном Успенском соборе в присутствии царя и многочисленного православного народа, на коленях со слезами умоляя его занять первосвятительскую кафедру, теперь расстригали тайно, в отсутствие и царя, и народа.
Последующие заседания Большого Московского собора проходили в Патриаршей Крестовой палате уже без участия Алексея Михайловича. Состоялись выборы нового патриарха Московского и всея Руси. 31 января 1667 года участники собора подали царю имена трёх кандидатов: Иоасафа, архимандрита Троице-Сергиева монастыря, Филарета, архимандрита Владимирского монастыря, и Саввы, келаря Чудова монастыря.