«Этот жест, — пишет академик А.М. Панченко, — расшифровывается с помощью Ветхого Завета. Аввакум подражал пророку Иезекиилю: “Ты же ложись на левый бок твой и положи на него беззаконие дома Израилева… Вторично ложись уже на правый бок, и сорок дней неси на себе беззаконие дома Иудина”. По велению свыше Иезекииль обличал погрязших в преступлениях иудеев, предрекал им смерть от моровой язвы, голода и меча. Это предсказание повторил и Аввакум. О “моровом поветрии” (пережитой Москвою чуме) и “агарянском мече” как наказании за “Никоновы затейки” Аввакум писал царю еще в 1664 году, в первой своей челобитной. К этой теме он возвращался не раз и в пустозёрской тюрьме: “Не явно ли то бысть в нашей России бедной: Разовщина — возмущение грех ради, и прежде того в Москве коломенская пагуба, и мор, и война, и иная многа. Отврати лице свое, Владыко, отнеле же Никон нача правоверие казити, оттоле вся злая постигоша ны и доселе”».
Закончился спор с патриархами обсуждением «сугубой» и «трегубой» аллилуйи. Но и здесь вдохновенный Аввакум «посрамил в них римскую ту блядь Дионисием Ареопагитом». Чудовский келарь Евфимий, сам переводивший богословские трактаты Дионисия, ничего не мог ответить, а только сказал: «Прав-де ты, — нечева-де нам больши тово говорить с тобою». После этого Аввакума на цепи вывели из Крестовой палаты.
После спора со «вселенскими» патриархами Аввакума под караулом из тридцати стрельцов доставили на Воробьёвы горы. Вместе с ним туда же привезли и других «церковных мятежников» — инока Епифания и священника Лазаря, «остриженных и обруганных». 30 июня их перевели в Андреевский монастырь на Конюшенный двор. Монастырь этот, расположенный у подножия Воробьёвых гор, был основан Ф.М. Ртищевым у старинной церкви Святого Андрея Стратилата. Именно здесь жили приглашённые Ртищевым из Малороссии учёные монахи. Затем заключённых перевели в Саввину слободу, также находившуюся поблизости — при Саввином монастыре, присоединённом в 1649 году к Новодевичьему. При этом повсюду их сопровождал крепкий караул. «Что за разбойниками, — не без иронии замечает Аввакум, — стрельцов войско за нами ходит и срать провожают; помянется, — и смех и горе, — как то омрачил дьявол!»
Но даже в монастырской темнице, под крепкой стрелецкой охраной не давал «богатырь-протопоп» покоя своим врагам. Неоднократно после соборного осуждения пытались склонить они Аввакума и его единомышленников к новой вере. Так, 26 июня царь присылал к нему для увещания старца Григория Неронова, принёсшего покаяние перед никонианским собором, и дьяка Конюшенного приказа Тимофея Семёновича Маркова. «Много кое-чево говоря, с криком разошлись и со стыром (спором. — К.К.) большим, — вспоминал Аввакум. — Я после ево написал послание и с сотником Иваном Лобковым к царю послал; кое о чём многонько поговоря, и благословение ему и царице и детям приписал». 4 июля на Андреевское подворье приезжал «шпынять» дьяк Тайного приказа Дементий Минич Башмаков: «Бытто без царева ведома был, а опосле, бывше у меня, сказал: по цареву велению был. Всяко бедные умышляют, как бы им меня прельстить, да Бог не выдаст за молитв Пречистыя Богородицы: Она меня помощница, обороняет от них».
Появление Дементия Башмакова в темнице у Аввакума далеко не случайно. «Дементий — фигура знаковая, лицо не просто доверенное — посвящённое в самые сокровенные тайны Алексея Михайловича», — пишет И. Л. Андреев. Иностранцы называли его «вице-канцлером». В своё время царь подсылал его к оставившему патриаршую кафедру Никону, пытаясь договориться с ним.
Через месяц после «стязания со вселенскими», 17 июля 1667 года, Аввакуму, священнику Лазарю и соловецкому иноку Епифанию за их упорство вынесли окончательный приговор: Аввакума и Лазаря «паки… проклятию предаша», а Епифания — «проклятию предаша, и иночества обнажиша, и острищи повелеша, и осудиша отослати к грацкому суду». 20 июля узников перевели из Москвы в монастырь Николы на Угреше. Сюда приезжал к Аввакуму 22 июля стрелецкий голова Юрий Петрович Лутохин, управляющий царским имением в селе Измайлове, также доверенное лицо Алексея Михайловича. «Кое о чем много говорили», — скупо бросает Аввакум в основной редакции «Жития», а в другом месте добавляет: «Тут голову Юрья Лутохина ко мне опять царь присылал и за послание “спаси Бог” с поклоном большое сказал, и, благословения себе и царице и детям прося, молитце о себе приказал». Царь желал сохранять хорошее лицо при дурной игре. Протопоп Аввакум, всегда привыкший думать о людях лучше, чем они есть на самом деле, продолжал наивно верить в «доброго царя».