Заключительным аккордом Собора 1666–1667 годов, окончательно разоблачавшим его пролатинскую сущность, стало ещё одно, противное практике дораскольной Церкви, постановление: «О латинском убо крещении еже действуется во имя Отца, и Сына и Святаго Духа, трикратным обливанием… весь освященный собор, слушавше выписки сия дело рассудиша: Яко не подобает приходящих от латин к святей апостольстей восточней церкви покрещевати». Католики, по сути, были объявлены собором правоверными и православными, а их обливательное крещение признано истинным. Всякий священник, который бы теперь дерзнул принять католика через крещение, должен был быть извергнут из священного сана: «Аще же кто упорством восхощет покрещевати латины, памятвовати подобает правило святых апостол 47-е, глаголющее сице. Второе крещаяй крещеннаго истинным крещением, и не покрещеваяй оскверненного от зловерных, таковый святитель не священ».
В принятии такого решения, прямо противоречившего не только Поместному собору 1620 года, бывшему при патриархе Филарете, но и всей практике Древней Церкви, идущей от апостольских времен, несомненно, просматривается «рука иезуитов», действовавших на соборе через своих тайных агентов Паисия Лигарида и Дионисия Грека и давно мечтавших подчинить Москву посредством унии римскому папе. Вместе с тем была здесь и личная заинтересованность царя Алексея Михайловича ввиду сложившейся в Европе политической ситуации.
Еще в 1656 году, когда Речь Посполитая оказалась в критическом положении, теснимая с одной стороны русскими войсками, а с другой — шведскими, поляки попытались приложить все усилия, чтобы вывести Россию из войны и столкнуть её со Швецией. Для этого они на мирных переговорах в Вильно пообещали царю Алексею Михайловичу ни больше ни меньше, как… польскую корону, но только после короля Яна-Казимира. «В Вильно польские и литовские послы принялись всеми способами поддерживать надежды царя на благополучное разрешение вопроса о престолонаследии. Они уверяли, что избрание — дело решённое и надо запастись лишь терпением и дождаться сейма. В проекте Виленского договора первая статья прямо говорила об избрании на польский трон Алексея Михайловича, так что московскому государю остаётся рассматривать Речь Посполитую как своё будущее достояние. И, соответственно, беречь её» (Андреев).
Одержимый бредовыми идеями «греческого проекта» и построения «вселенской православной империи», царь Алексей попался на очередную иезуитскую удочку — заключил перемирие с почти разгромленной Речью Посполитой и неосмотрительно начал войну со Швецией, которая закончилась полным поражением русских. Немалую роль в том, чтобы прекратить войну с Польшей и начать войну со шведами, сыграл патриарх Никон, по некоторым сведениям, получивший за это немалую взятку от поляков. А польские шляхтичи, оправившись от прежних поражений, впоследствии выставят 21 условие, по которым русский царь не сможет получить польскую корону. Воистину, как скажет позднее протопоп Аввакум, «безумный царишко»!
В 1667 году «польская карта» была разыграна вновь, и вновь с ущербом для государства Российского. В этот год в Москву для ратификации Андрусовского мира прибыла польская миссия. Для неё была устроена «приватная аудиенция», на которой присутствовали сам царь, наследник престола царевич Алексей Алексеевич и ближний боярин Афанасий Лаврентьевич Ордин-Нащокин — еще один западник и любимец царя. Характерно, что на этой «приватной аудиенции» присутствовали также восточные патриархи — Антиохийский и Александрийский и ни одного русского архиерея.
Ордин-Нащокин от имени Алексея Михайловича предложил послам план объединения России с Речью Посполитой с сохранением польских свобод и вольностей при условии избрания на польский престол царевича Алексея Алексеевича. При этом немаловажное значение в деле будущего объединения двух государств должна была играть религиозная политика. «Как следует из слов Ордина-Нащокина, во внутренней политике это будущее объединённое государство важнейшей задачей должно было иметь полное уничтожение свободы вероисповедания, которая ещё была в Польше, поэтому приветствовалась польская католическая контрреформация, и, одновременно, должны были быть искоренены старообрядцы (которых власть именовала “враждующими врагами святой православной церкви”) как на территории России, так и в Польше. При этом контрреформация рассматривалась как полный аналог преследования старообрядцев в России и всячески поддерживалась и, одновременно, указывалось, что примером такого религиозного преследования диссидентов для Польши может служить Россия. Таким образом, правящая московская элита рассматривала преследование староверов через призму опыта европейской инквизиции» (Тимофеев).