Посем взяли соловецкаго пустынника, инока-схимника Епифания старца, и язык вырезали весь же; у руки отсекли четыре перста. И сперва говорил гугниво. Посем молил Пречистую Богоматерь, и показаны ему оба языки, московской и здешней, на воздухе; он же, един взяв, положил в рот свой, и с тех мест стал говорить чисто и ясно, а язык совершен обретеся во рте. Дивны дела Господня и неизреченны судьбы Владычни! — и казнить попускает, и паки целит и милует! Да что много говорить? Бог — старой чюдотворец, от небытия в бытие приводит. Во се петь в день последний всю плоть человечю во мгновении ока воскресит. Да кто о том рассудити может? Бог бо то есть: новое творит и старое поновляет. Слава Ему о всем!
Посем взяли диакона Феодора; язык вырезали весь же, оставили кусочик небольшой во рте, в горле накось резан; тогда на той мере и зажил, а после и опять со старой вырос и за губы выходит, притуп маленько. У нево же отсекли руку поперег ладони. И все, дал Бог, стало здорово — и говорит ясно против прежнева и чисто».
Эти новые казни пустозёрских узников последовали, по словам Аввакума, за их проповедь старой веры: «Указано за их речи языки резать, а за крест (то есть за двуперстие. — К.К.) руки сечь». Инок Авраамий в своей челобитной царю так раскрывает смысл казней: «Языки резати, дабы не глаголали о истинне, и руце отсекати, дабы не писали на прелесть их обличительных словес». Диакон Феодор писал, что царь распорядился об этих казнях под влиянием «злых советников»: митрополиты Павел, Иларион и другие «духовные власти» жаловались царю на то, что пустозёрские мученики «хвастают после казни (бывшей в Москве), будто им паки Христос дал языки иныя, и говорят по прежнему ясно», и на то, что они «будто… послания писали на Дон к казакам и мир весь всколебали».
Аввакума снова не тронули, но при этом было указано «вместо смертной казни» держать его в тюрьме на хлебе и воде. Вряд ли этот шаг можно считать особой «царской милостью». Зная характер Аввакума, можно было предположить, что для него это станет не менее сильным ударом — больше всего он переживал, что его «отлучили от братии». Когда зачитывали царский указ, Аввакум «сопротив тово плюнул и умереть хотел, не едши, и не ел дней с восьмь и больши, да братья паки есть велели».
После второй казни всех узников развели по отдельным тюрьмам — «в старыя темницы», причем эти тюрьмы были превращены в «земляные» — «обрубиша около темниц наших срубы и осыпаша в темницах землею, и тако погребоша нас живых в землю з горкими и лютыми язвами. И оставиша нам по единому оконцу, куды нужная пища приимати и дровишек приняти», — пишет инок Епифаний. О таком новом способе заключения Аввакум сообщает в письме к Симеону со свойственной ему иронией: «Покой большой у меня и у старца милостию Божиею, где пьем и ядим, тут, прости Бога ради, и лайно испряжняем, да складше на лопату, да и в окошко. Хотя воевода тут приходит, да нам даром. Мне видится, и у царя Алексея Михайловича нет такова покоя».
Но и в таких нечеловеческих условиях Аввакум и его соузники не впадали в уныние: «Таже осыпали нас землею: струб в земле, и паки около земли другой струб, и паки около всех общая ограда за четырьми замками; стражие же стрежаху темницу. Да ладно, так хорошо! Я о том не тужу, запечатлен в живом аде плотно гораздо; ни очию возвести на небо возможно, едина скважня, сиречь окошко. В него пищу подают, что собаке; в него же и ветхая измещем; тут же и отдыхаем. Сперва зело тяжко от дыму было: иногда на земли валяяся удушисься, насилу отдохнешь. А на полу том воды по колени, — все беда. От печали великия и туги неначаяхомся и живы быти, многажды и дух в телеси займется, яко мертв — насилу отдохнешь. А сежу наг, нет на мне ни рубашки, лише крест с гойтаном: нельзя мне, в грязи той сидя, носить одежды. Пускай я наг о Имени Господни, яко Мелхиседек древле в чащи леса или Иван Креститель в пещере, имея ризу от влас вельбуждь и пояс кожан о чреслех его, ядый траву с медом диким, донележе глаголу Божий бысть ко Иванну, сыну Захариину, в пустыни. И проповедая в пустыни Июдейстей, глаголя: “покайтеся и веруйте во Евангелие”. И бысть страшен законопреступным, являяся, яко лев лисицам. Тако и здесь подобает быти в пещере сей ко отступникам о имени Исус Христове».