На 22 января 1671 года был назначен день свадьбы царя с молодой красавицей Натальей Кирилловной Нарышкиной (будущей матерью Петра I). Морозова как старшая боярыня обязана была присутствовать на свадьбе, но, будучи инокиней, она по церковным канонам не могла участвовать в придворных церемониях. Тем более по своей должности она должна была, произнося титул царя, называть его «благоверным», целовать его руку и подходить под благословение никонианских архиереев. На такую сделку со своей совестью боярыня Феодосия Прокопьевна пойти не могла; тем более не могла инокиня Феодора. Сославшись на болезнь ног, она отказалась присутствовать на царской свадьбе. Этим она нанесла глубокое оскорбление царской фамилии. «Вем, яко загордилася!» — кричал разгневанный царь Алексей Михайлович. С этого момента Морозова стала для него личным врагом.
Предчувствуя неминуемую опалу, Морозова приказала старице Мелании и другим инокиням скрыться из Москвы. В ночь на 16 ноября 1671 года боярыню вместе с сестрой, княгиней Евдокией Урусовой, взяли под стражу. Чудовский архимандрит Иоаким с «великою гордостию» вошёл в покои боярыни и приказал ей встать. «Как, — спрашивал он, — крестишься и как молитву творишь?» В ответ Морозова сложила персты по древнему апостольскому преданию и произнесла: «Господи Исусе Христе, Сыне Божии, помилуй нас!» То же самое повторила княгиня Урусова. Гневу архимандрита не было границ: «Понеже не умела еси жити в покорении, но в прекословии своем утвердилася еси, сего ради царское повеление постиже на тя, еже отгнати тя от дому твоего. Полно тебе жити на высоте (то есть в покоях боярских. — Κ.К.), сниди долу; востав, иди отсюду!»
На сестёр надели цепи и насильно выволокли из комнат. Со слезами на глазах провожал мать юный сын Иван Глебович. Он видел её в последний раз.
18 ноября сестёр Феодосию и Евдокию уже допрашивали в Чудовом монастыре «духовные власти». Никонианские архиереи ловко сыграли на личной ненависти царя к Морозовой и в споре о вере прямо поставили вопрос: «В краткости вопрошаем тя, — по тем служебникам, по коим государь царь причащается и благоверная царица и царевичи и царевны, ты причастиши ли ся?» Морозова столь же прямо отвечала: «Не причащуся». Обе сестры отказались причаститься даров, освящённых по никоновским служебникам, назвав властей предержащих еретиками.
Все попытки повлиять на сестёр были тщетны, и тогда их заковали в ошейники с цепями и повезли по улицам Москвы. Власти хотели публично опозорить высокородных сестёр. Но и это их не сломило. Их позор обернулся настоящим триумфом. За санями с боярыней-инокиней следовало множество народа (именно эту сцену запечатлел в своей гениальной картине художник В.И. Суриков). «Она же седши и стул близ себе положи (то есть тяжелую колоду, к которой были прикованы цепи. — Κ.К.). И везена бысть мимо Чюдова под царския переходы, руку же простерши десную свою великая Феодора и ясно изъобразивши сложение перст, высоце вознося, крестом ся часто ограждаше, чепию же такожде часто звяцаше. Мняше бо святая, яко на переходех царь смотряет победы ея, сего ради являше себе не точию стыдетися, ругания ради их, но и зело услаждатися любовию Христовою и радоватися о юзах». «Смотрите, смотрите, православные! — кричала она. — Вот моя драгоценная колесница, а вот цепи драгие… Молитесь же так, православные, вот сицевым знамением. Не бойтесь пострадать за Христа».
После этого сестёр заключили по разным монастырям: Феодору на подворье Псково-Печерского монастыря, находившееся в Белом городе, на Арбате, а Евдокию в Алексеевский Зачатьевский девичий монастырь на Пречистенке. Там они подвергались всяческим лишениям.
Вскоре на долю Морозовой выпало новое испытание: её сын Иван Глебович, ещё совсем молодой юноша, «от многия печали впаде в недуг… и так его улечиша, яко в малех днех и гробу предаша». Зарыдала боярыня и «падши на землю пред образом Божиим, умильным гласом с плачем и рыданием вещаше: увы мне, чадо мое, погубишатя отступницы!». Да, в XVII веке в Аптекарском приказе лекари были отменные, и уж что-что, а «залечить» умели!