Кроме любви ко всему иностранному, царского дядьку Бориса Ивановича Морозова отличала необыкновенная страсть к стяжанию и накопительству. Австрийский путешественник А. Мейерберг отмечал, что у него была «такая же жадность к золоту, как обыкновенно жажда пить». Будучи бездетным, Морозов до последнего дня своей жизни был озабочен расширением хозяйства. Вотчины его представляли собой настоящее государство в государстве. Если в 20-е годы XVII века ему принадлежал 151 крестьянский двор, то к началу 1660-х годов — уже около 9 тысяч крестьянских и бобыльских дворов, то есть приблизительно 55 тысяч человек обоего пола.
Чтобы поправить расстроенные финансы, правительство боярина Морозова увеличило прямые и косвенные налоги. В 1646 году были введены пошлины на соль, в результате чего продукты значительно поднялись в цене, стали недоступными населению, а у торговцев гнил залежавшийся товар. В 1647 году налог отменили, но, чтобы возместить потери, решили сократить жалованье служилым людям. Покровительство недостойным родственникам, введение новых податей и откупов вызвали среди жителей Москвы возмущение против Морозова и привели к Соляному бунту 1648 года, во время которого погибли его ближайшие помощники — Л.С. Плещеев и П.Т. Траханиотов. Сам Морозов едва спасся в царском дворце и был отправлен царём в Кирилло-Белозёрский монастырь (1648). Городские восстания, вызванные ростом косвенных налогов, в 1648–1650 годах прокатились по всей стране, затронув и Сибирь. Правительство вынуждено было пойти на уступки, взимание недоимок было прекращено.
События Соляного бунта оставили неизгладимый отпечаток в памяти молодого царя и повлекли за собой серьёзные изменения в его политике и в его отношении к народу. «Московские события заставили Алексея Михайловича задуматься о своей роли и месте в управлении государством, — пишет современный историк. — Отныне не одно чистосердечное покаяние, но и благочестивые монаршие дела, которые никому нельзя передоверять, станут всё более занимать Тишайшего. Оказалось, что для того, чтобы повзрослеть, чтобы начать править, а не царствовать, нужны не женитьба и не рождение сына-наследника, а сильное потрясение, способное разрушить непоколебимое благодушие. Это было первое, самое явное следствие московских событий для Алексея Михайловича» (Андреев). Как сообщал шведский агент Поммерининг своему правительству, теперь царь стал посвящать один час перед обедом для разбора челобитных своих подданных. Подумать только, целый час!
По приговору царя с Боярской думой в июле 1648 года особой комиссии из пяти лиц во главе с князем Н.И. Одоевским было поручено составить проект нового уложения. 1 сентября 1648 года в Москве собрался Земский собор из «выборных людей разных чинов государства», который в 1649 году принял знаменитое Соборное уложение.
Соборное уложение 1649 года представляло собой новый для России уровень законодательной практики. Оно включало специальные статьи, регулировавшие правовое положение отдельных социальных групп населения. Был увеличен поместный оклад служилых людей, введены дополнительные наделы оскудевшим помещикам. Крепостное состояние крестьян по Уложению утверждалось наследственным. Если раньше помещику было предоставлено лишь 10 лет на розыск беглых крестьян, так что те из них, кому удавалось укрыться в течение этого срока от жестокого и несправедливого господина, могли спокойно доживать свой век у другого помещика, то теперь сыск беглых крестьян объявлялся бессрочным. Таким образом, был завершён процесс законодательного оформления крепостного права. Для укрепления власти и авторитета самодержца в Уложение были введены статьи, по которым даже «умысел» на здоровье, жизнь и честь государя был возведён в ранг тягчайшего государственного преступления. В дальнейшем Соборное уложение пополнялось «новоуказными статьями» — «о татебных, разбойных и убийственных делах», «о вотчинах и поместьях», о смертной казни за самовольный выход тяглых людей из посада и др.
В главе «О богохульниках и о церковных мятежах» Уложение ужесточило кары против еретиков — вплоть до сожжения. Хотя сожжение богохульников и еретиков на деле уже употреблялось ранее и в Новгороде, и в Москве, в государственные законы оно до Уложения не вносилось, то есть было всё-таки мерой экстраординарной. Вместе с тем Уложение поставило духовенство под юрисдикцию светского суда по гражданским делам. Тем самым ограничивалась компетенция церковного суда. Судебные дела духовных лиц (исключая собственно церковные дела) были переданы светским судебным учреждениям и созданному в 1650 году Монастырскому приказу, который занимался также определёнными административными вопросами жизни Церкви. Статьи Уложения 1649 года не распространялись лишь на патриарха и находящихся в его вотчинах людей, которых судил сам патриарх.