В целом в царствование Алексея Михайловича продолжалось дальнейшее укрепление самодержавной, ничем не ограниченной власти царя. После 1653 года Земские соборы уже не созывались, зато достигла расцвета приказная система управления, интенсивно шёл процесс его бюрократизации. Особую роль играл учреждённый в 1654 году Тайный приказ, подчинённый непосредственно Алексею Михайловичу и позволявший ему руководить другими центральными и местными учреждениями. Во главе этого приказа становится некий дьяк Дементий Башмаков, которого Аввакум назовет «от тайных дел шишом антихриста» …
В 1645 году, после вступления молодого царя на престол, в Москве образовался кружок ревнителей церковного благочестия — так называемых боголюбцев. Возможно, что московскому кружку ревнителей благочестия предшествовал нижегородский, образовавшийся ещё в 1630‑е годы и состоявший из священников и светских лиц. Деятели кружка стремились к упорядочению церковной жизни, богослужения, распространению евангельской проповеди. Боголюбцы понимали необходимость определённых церковных реформ, призывали к соблюдению христианской морали, много внимания уделяли проповеди, устраивали центры христианского просвещения, стремились поднять авторитет Церкви в глазах народа.
Смутное время оставило свой печальный след не только в хозяйственной и политической жизни Русского государства, но и в душе русского народа. Ещё в 1636 году девять нижегородских протопопов и священников во главе с Иоанном Нероновым обратились к патриарху Иоасафу с «памятью», в которой ярко обрисовали весьма печальную картину русских церковных нравов и просили принять неотложные меры для поднятия благочестия и спасения гибнущего православия. В храмах царят, указывалось в «Памяти», «мятеж церковный и ложь христианская» — непорядки и несоблюдение духа веры. Причина этого кроется прежде всего в поведении самого духовенства, пребывающего в «лености и нерадении». По вине церковнослужителей, спешащих поскорее отбыть богослужение, в церквах водворилось пагубное «многогласие», то есть одновременное чтение молитв и пение песнопений: «В церквах, государь, зело поскору пение, не по правилом Святых Отец, ни наказанию вас, государей, говорят голосов в пять и шесть и более, со всяким небрежением, поскору. Ексапсалмы, государь, также говорят с небрежением не во един же голос, и в туж пору и псалтырь и каноны говорят, и в туж пору и поклоны творят невозбранно».
Постановление о «единогласии» было принято ещё Стоглавым собором: «А вдруг бы псалмов и псалтыри не говорили, также бы и канонов вдруг не канархали и по два вместе не говорили бы, занеже то в нашем Православии великое бесчинство и грех, и Святыми Отцы тако творити отречено бысть». Однако «многогласие» в богослужении продолжало существовать и даже распространялось, службы совершались быстро и «со всяким небрежением», сразу несколькими голосами: один пел, другой в это время читал, третий говорил ектении или возгласы, или читали сразу в несколько голосов — и каждый своё особое, не обращая внимания на других и даже стараясь их перекричать. В результате всякая чинность, стройность и назидательность богослужения терялись окончательно. «Церковная общественная служба при таких порядках не только не назидала, не научала, не настраивала на молитву предстоящих, но напротив: приучала их относиться к богослужению чисто механически, бессмысленно, только внешним образом, без всякого участия мысли и чувства, — писал историк Н.Ф. Каптерев. — Многие из народа стали смотреть на посещение церкви как на одну формальность, и не только во время богослужения держали себя крайне непристойно, что чуть ли не сделалось общим правилом, но и старались ходить в те именно церкви, где служба, ради многогласия, совершалась с особою скоростию. С своей стороны духовенство, желая заманить в свои храмы побольше народу, доводило скорость церковных служб до крайности, дозволяя в храме читать единовременно голосов в шесть и больше».
Вместе с тем и нравственное состояние населения оставалось крайне печальным: процветали пьянство и разврат, широко распространилась самая грубая ругань — как среди молодёжи, так и среди стариков, даже дети нередко относились без должного почтения к своим родителям и «бесстыдной, самой позорной нечистотой языки и души оскверняют». По праздникам молодёжь и старики сходятся и устраивают между жителями разных деревень «бои кулачные великие», в которых «многие умирают без покаяния».