Одновременно с падением христианской нравственности возрождались пережитки язычества. В четверг после Пасхи «собираются девки и жены под березы и приносят, яко жертвы, пироги и каши и яичницы, и, поклоняясь березкам, ходят, распевая сатанинские песни, и всплескивают руками». В День Святого Духа они плетут венки из берёзы и возлагают их себе на головы, а на Рождество Иоанна Крестителя устраивают костры и «всю ночь до солнечного восхода играют, и через те огни скачут жонки и девки». В поддержании этих языческих суеверий большую роль играли скоморохи, которые ходили по городам и деревням с «медведями, с плясовыми псицами… с позорными блудными орудиями; с бубнами и сурнами и всякими сатанинскими прелестями». Во время этих скоморошьих представлений население пляшет, пьянствует и предаётся неистовому разврату…
Итак, против всех этих безобразий выступили боголюбцы. Это был новый тип религиозных деятелей, порождённый той исторической реальностью, в которой оказалась Россия в трагический период Смутного времени. «В первую половину XVII века выдвигался особый тип носителей благоверия — редкий для Древней Руси, а теперь получивший историческую важность, — пишет современная исследовательница. — Само благоверие в этих ревнителях было традиционным, новым было в них сознание собственной полной ответственности за спасение как себя, так и окружающих, недоверие к церковной дисциплине, своеволие. Стремление заменить равнодушие обыденной жизни горением жизни религиозной было в них непреоборимо… В XVII веке среди священников и иноков в большом числе появляются люди с качествами прежде редкими и не столь нужными для духовенства — “воины Христовы”, как их позже называли в старообрядческой литературе. Вероятно, их воспитало Смутное время, когда распалось всякое единство и каждый должен был бороться в одиночку за спасение и жизни и души» (Плюханова).
Возглавил московский кружок ревнителей церковного благочестия знаменитый благовещенский протопоп Стефан Внифантьев. Нам практически ничего не известно о его жизни и служении до 1645 года. Мы даже не знаем даты и места его рождения. Судя по всему, как и другие видные деятели боголюбческого движения, Стефан Внифантьев был выходцем из Нижегородской земли (в Макарьевом Желтоводском монастыре хранился синодик с записью его рода). По отзывам современников, «поп Стефан» был учёным и книжным человеком, «муж благоразумен и житием добродетелен, слово учительно во устах имеяй», по-видимому, владел греческим, латинским и польским языками. Ему приписывают четыре сочинения в сборнике «Златоуст» (Слова о правде, суевериях, корчмах и пьянстве, церковном строении), перевод с польского языка полемического сочинения «О образех, како поклоняются образом», «Послание о единогласии священника Агафоника суздальскому архиепископу Серапиону» и другие сочинения.
В 1645 году Стефан Внифантьев был поставлен в протопопы Благовещенского собора в Кремле, «что у государя на сенех», и в этом качестве присутствовал 28 сентября на венчании Алексея Михайловича на царство. Тогда же он стал духовником нового царя. Являясь организатором и руководителем кружка ревнителей благочестия, Стефан Внифантьев поддерживал отношения со многими боголюбцами — Иоанном Нероновым, Федором Ртищевым, Никоном, Аввакумом. По его инициативе переехал в Москву из Нижнего Новгорода Иоанн Неронов, он принимал у себя в доме и поддерживал Аввакума во время его приездов в Москву.
Стефан Внифантьев как духовник имел достаточно сильное влияние на Алексея Михайловича, «всегда, входя в покои царские, глаголаша от книг словеса полезная, увещевая со слезами царя ко всякому доброму делу и врачуя его царскую душу от всяких злых начинаний». Царь приходил к своему духовнику даже ночью, чтобы принять от него благословение и побеседовать наедине. Часто Стефан Внифантьев в целях воспитания и нравственного воздействия на царя сам читал перед ним или давал ему читать те или иные назидательные и учительные книги. Так, Иоанн Неронов в письме к Стефану из Вологды от 13 июля 1654 года писал: «Преподобнаго отца Феодора Исповедника, игумена Студийскаго, жития к тебе послах, моля, да часто почитаеши его пред благочестивым царем, чтоб ему, государю, вестно было. Паче же и великаго светильника и вселенней учителя воистинну и покаянию проповедника, Иоанна Златоустаго житие почитати молих тя». Когда в 1648 году Алексей Михайлович женился на Марии Ильиничне Милославской, «честный оный протопоп Стефан и молением, и запрещением устрои не быти в оно брачное время смеху никаковому, ниже кощуном, ни бесовским играниям, ни песнем студним, ни сопельному, ни трубному козлогласованию». Несомненно, это свидетельствует о сильнейшем влиянии Стефана Внифантьева на своего духовного сына, поскольку подобное требование шло вразрез с вековыми свадебными обычаями. И действительно, царская свадьба совершилась «в тишине и страсе Божии, и в пениих и песнех духовных». Вместо «студных песней» на ней пели «строчные и демественные большие стихи, также и триодей драгия вещи», то есть различные церковные песнопения. Не без влияния царского духовника Алексей Михайлович в начале своего царствования издал ряд указов и постановлений о соблюдении постов, о посещении храмов, об уничтожении непристойных игрищ.