Вряд ли патриарх Иосиф умер своей смертью. Слишком уж он мешал реформаторам. Слишком уж они торопились приступить к реализации своих авантюрных планов. «Привлекает внимание и то, что сразу после смерти наступает необычно быстрое и даже бурное разложение трупа, хотя на дворе стоит ранняя весна и было, вероятно, достаточно прохладно. Труп разлагается столь бурно, что стоявшему рядом с гробом царю стало не по себе: “Побеги вон, тотчас тебя, вскоча, удавит!.. Да в ту ж пору как есть треснуло у него в устах и я досталь испужался”».
Патриарх Иосиф был погребён в Успенском соборе, рядом с гробницей первого патриарха Иова, как и просил…
Преемник Иосифу был уже давно предопределён царём и его духовником. В том же письме, в котором он сообщал Никону о смерти патриарха Иосифа, Алексей Михайлович пишет: «Возвращайся, Господа ради, поскорее к нам, обирать на патриаршество именем Феогноста (в переводе с греческого «известный Богу». — Κ.К.), а без тебя отнюдь ни за что не примемся… ты, владыко святый, помолись… чтоб Господь Бог наш дал нам пастыря и отца, кто ему Свету годен, имя вышеписанное, а ожидаем тебя, великаго святителя, к выбору, а сего мужа три человека ведают: я, да казанский митрополит, да отец мой духовный… а сказывают свят муж». Вместе с тем и ревнители благочестия были сильно озабочены тем, кто же станет новым патриархом, поскольку от этого зависела судьба будущих преобразований в Церкви. Формальными кандидатами на патриарший престол были митрополит Ростовский и Ярославский Варлаам, митрополит Казанский и Свияжский Корнилий и митрополит Новгородский и Великолуцкий Никон. «Того обстоятельства, что вопрос о новом патриархе уже давно и окончательно был решён царём и Стефаном Вонифатьевичем, они совсем не знали, а потому считали себя призванными позаботиться о выборе преемника Иосифу». Вполне естественно, что боголюбцы пожелали иметь патриархом одного из членов своего кружка. Самой лучшей, по их мнению, была кандидатура Стефана Внифантьева — главы и покровителя кружка ревнителей благочестия.
Вот как описывает подготовку к избранию нового патриарха непосредственный участник события протопоп Аввакум:
«Стефан духовник, моля Бога и постяся седмицу с братьею, — и я с ними тут же, — о патриархе, да же даст Бог пастыря ко спасению душ наших, и с митрополитом казанским Корнилием, написав челобитную за руками, подали царю и царице — о духовнике Стефане, чтоб ему быть в патриархах. Он же не восхотел сам и указал на Никона митрополита. Царь ево и послушал, и пишет к нему послание навстречю: преосвященному митрополиту Никону новгороцкому и великолуцкому и всея Русии радоватися, и прочая. Егда ж приехал, с нами яко лис: челом да “здорово!”. Ведает, что быть ему в патриархах, и чтобы откуля помешка какова не учинилась».
В «Повести о страдавших в России за древлецерковная благочестная предания», входящей в «Книгу бесед», Аввакум так вспоминал эти далёкие события:
«В лета 7160-го году, июня в (10) день, по попущению Божию вскрался на престол патриаршеский бывшей поп Никита Минич, в чернецах Никон, обольстя святую душу протопопа духовника царева Стефана, являяся ему яко ангел, а внутрь сый диявол. Протопоп же увеща царя и царицу, да поставят Никона на Иосифово место. И я, окаянной, о благочестивом патриархе к челобитной приписал свою руку. Ано врага выпросили и беду на свою шею».
Нужно сказать, что, подавая свой голос за Никона, Аввакум шёл за другими участниками кружка ревнителей благочестия, прежде всего за пользовавшимся в то время безусловным авторитетом протопопом Стефаном Внифантьевым. Скорее всего, Аввакум даже толком Никона и не знал — ни до того, как тот стал патриархом, ни после, хотя и уверял впоследствии своих соратников, что хорошо знал Никона ещё на своей родине, которая была всего в 15 верстах от родины Никона, и что хорошо «высмотрел» и изучил его, когда жил в Москве. «Я, — говорит Аввакум, — ведь тут (то есть в Москве) тогда был, все ведаю… Я ево высмотрел сукинова сына до мору тово еще, — великий обманщик, блядин сын!»
6 июля 1652 года митрополит Новгородский Никон, обогнав посольский поезд с мощами святого Филиппа, прибыл в Москву. Мощи были пока отправлены в Троице-Сергиев монастырь вместе с присланными от царя людьми. Царю не терпелось поскорее увидеть своего любимца и обсудить с ним сценарий предстоящих событий.