9 июля 1652 года у заставы, которая тогда находилась у Напрудного, за Сретенскими воротами, состоялась торжественная встреча мощей святого митрополита Филиппа. Навстречу мощам из Москвы вышел крестный ход во главе со старейшим русским иерархом митрополитом Ростовским и Ярославским Варлаамом и самим царём. За ними следовали многочисленное духовенство и толпы простого народа. Соединившись вместе, обе процессии направились в Успенский собор Кремля, где мощи святого Филиппа были оставлены открытыми для поклонения.
В письме к князю Н.И. Одоевскому царь подробно описывает всю торжественную церемонию перенесения мощей: «Подарил нам Бог… великаго солнца, целителя, новаго Петра и втораго Павла проповедника; великаго преславнаго солнца Филиппа, митрополита Московскаго и всея Руси, чудотворца возвратил мощи… И таково много народу было, от самаго Напруднаго по соборную и апостольскую церковь. Не много было ни яблоку упасть. А больных тех лежавших и вопиющих к нему, свету, безмерно много, и от великаго плача и вопля безмерный стон был. И стоял стон десять дней среди церкви для молящихся; во всю десять дней без престани… с утра до вечера звон. Как есть на Святой неделе, так и те радости были. То меньше, что человека два или три в сутки, а то пять и шесть и седмь исцеляются».
Однако были и другие знамения, которые заставляли задуматься… Во время крестного хода возглавлявший его в полном архиерейском облачении митрополит Ростовский и Ярославский Варлаам внезапно упал и скончался. Смерть более чем странная, особенно если учесть, что Варлаам был одним из возможных кандидатов в патриархи… Ещё одно знамение — страшное видение, посетившее в ту же ночь благочестивого старца Симеона в Чудовом монастыре.
«Сущу же Никону в тыя дни в Москве, старец некий свят, живый во обители Чюда святаго архангела Михаила, именем Симеон, виде в нощи видение страшно, якоб змий велик зело пестр, и страшен видением, обогнувся около царския грановитыя палаты, яже в Кремле и ужасную свою лютым ядом дышущую главу, и грозно прегибающийся ошиб (хвост. — К. К.) вложив на праг тоя полаты, лежаше. Таковое видение видя, старец той, от ужаса скоро воспряну, и пристрашен быв зело на мног час; потом в себе быв, поведа сие видение соборным братиям; тии же, ужасом одержими, глаголаху: “что сие хощет быти?” Потом же скоро уведаша, яко во всю нощь ону, в нюже старец видение виде, Никон митрополит в оной палате с царем беседоваста, а о чем разглагольство их было, о том молчанием покрыся».
Несмотря на то, что «разглагольство» царя с будущим патриархом «молчанием покрыся», нетрудно догадаться, о чём они в действительности могли говорить наедине. Последующие события достаточно красноречиво говорят о том, что между Алексеем Михайловичем и Никоном произошёл тайный сговор. Будущие события были обсуждены и чётко рассчитаны, словно в шахматной партии.
На 22 июля был назначен собор для выборов нового предстоятеля Русской Церкви, которые были разыграны царём и Никоном, нужно сказать, мастерски. Сам Никон на собор не явился, словно показывая этим, что вовсе не стремится к власти. После молебна в Успенском соборе перед мощами московских первосвятителей соборянам было предложено избрать достойнейшего из двенадцати кандидатов. Чтобы соблюсти формальность, провели жеребьёвку, однако указанный жребием престарелый и всеми уважаемый архимандрит Антоний (отец одного из будущих видных реформаторов архиепископа Илариона Рязанского) немедленно отказался. Тогда собор единогласно избрал в патриархи Никона. Получив одобрение царя, послали за Никоном на Новгородское митрополичье подворье особую делегацию из светских и духовных лиц. На этом все вроде бы успокоились…
Однако пьесу надо было доиграть до конца. Никон стал категорически отказываться идти в Успенский собор. За ним посылали ещё несколько раз, но всё безрезультатно. Наконец Алексей Михайлович послал за Никоном своих самых знатных бояр и архиереев и приказал им привести Никона, даже если он будет сопротивляться, в Успенский собор. Здесь Никон на мольбы царя и народа снова стал отказываться, называя себя «смиренным, неразумным, не могущим пасти стадо словесных овец Христовых». Тогда царь, а вслед за ним бояре и весь собор, перед мощами святого митрополита Филиппа, упали в ноги Никону и, распростёршись ниц, стали слёзно умолять его принять патриарший сан.
Никон наконец согласился, но поставил условие: «Если вам угодно, чтобы я был патриархом, произнесите обет в этой соборной церкви… что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила святых апостолов и святых отец и законы благочестивых царей. Если обещаетесь слушать и меня, как вашего главного архипастыря и отца во всем, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, если дадите мне устроить Церковь, то я по вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства». Царь и собор дали Никону такое обещание. Павел Алеппский, описывая избрание Никона на патриаршество, также сообщает об условии, поставленном им, что «царь отнюдь не будет заниматься делами Церкви и духовенства», и добавляет, что это соглашение между Никоном и царём было даже скреплено особым «царским указом», то есть какой-то грамотой царя, в которой он письменно подтверждал свой отказ от участия в делах Церкви и духовенства. Диакон Феодор подтверждает этот факт: «Царь Никону запись даде своею рукою в начале поставления его, еже во всем его послушати и от бояр оборонить и его волю исполнять».