И действительно, наиболее важным отрицательным последствием никоновской реформации явилось изменение в самом духе Церкви. После Никона новообрядческая церковь утрачивает дух соборности, подпадает под власть государства и вынуждена прогибаться при каждой новой смене правительства, изменяя при этом и приспосабливая к новым веяниям своё учение — вплоть до наших дней. Наподобие католической церкви, новообрядческая церковь разделяется на «церковь учащую» и «церковь учимую». Согласно позднейшему богословию новообрядческой церкви, истинная церковь — это иерархия, епископы и священники, а народ — ничто в церкви, и его дело — беспрекословно подчиняться решениям иерархии, даже если они противоречат духу Христовой веры. Ни о какой выборности священства и епископата, как было в древней Церкви, и речи быть не может. Всё это способствовало появлению в русском народе лжепослушания и лжесмирения. Далее появились и ешё более отвратительные явления в жизни церкви: совершение таинств за деньги, нарушение тайны исповеди (что прямо предписывалось «главой церкви» — императором Петром I), совершение таинств над людьми неверующими, приходящими креститься и венчаться «по традиции» или «на всякий случай», коммерциализация и секуляризация церкви.
Тем самым никоновская реформация положила начало тому широкомасштабному процессу, который правильнее всего было бы назвать «раскрещиванием Руси». Как справедливо отмечал французский исследователь жизни и творчества протопопа Аввакума Пьер Паскаль, «после Никона в России больше не было церкви, там была религия государства. Отсюда оставался лишь один шаг до государственной религии. Государственная религия была введена властью, которая в 1917 году ушла вслед за империей».
Но, к счастью, была и другая часть Русской Церкви, которая ценой многих сотен тысяч жизней, ценой неимоверных испытаний и лишений позволила на три с половиной столетия продлить Святую Русь в её мировоззрении и образе жизни. Эти люди получили у своих гонителей и мучителей презрительную кличку «раскольников», а у историков наименование «старообрядцев». «Старообрядчество» — название неточное, поскольку сводит все различия между сторонниками и противниками никоновских реформ исключительно к обрядовым, «внешним», как бы второстепенным. Но, во-первых, само слово «обряд» в данном значении — позднее, оно введено уже в Петровскую эпоху, прочно вошло в обиход господствующей церкви из протестантского богословия, а ранее на Руси не употреблялось. Это слово — не церковное. Древность знает понятия «таинство», «чин» или «последование», но не знает слова «обряд». Во-вторых, для православного миросозерцания вообще нехарактерно разделение на «внешнее» и «внутреннее» и их противопоставление. Главный христианский догмат о Боговоплощении как раз и говорит о непостижимом («нераздельном и неслиянном») соединении во Христе двух природ — Божественной и человеческой. А потому в корне неверно выделять в таинствах внешнее, якобы не важное, несущественное, и внутреннее — существенное. Изменение формы всегда ведёт к изменению содержания. Эта истина давно доказана философами. Следовательно, более правильным было бы самоназвание, которое усвоили себе последователи древлего благочестия: «староверы», то есть хранители «старой веры», существовавшей на Руси со времён князя Владимира до никоновской реформации.
Староверы не приняли никоно-алексеевскую реформу совсем не из-за того, что ведущим настроением дониконовской Руси было пресловутое «обрядоверие», как до сих пор пытаются внушить неосведомлённому читателю новообрядческие историки и богословы. Суть проблемы хорошо передаёт профессор К.Ярош, написавший небольшой очерк о протопопе Аввакуме: «Если человеческая совесть привыкает пассивно принимать циркуляр одного патриарха, а затем противоположное повеление другого патриарха, если совесть одинаково выслушивает постановление Стоглавого собора и решение собора 1667 года, которое говорит о первом: “той собор не в собор, и клятву не в клятву, но ни во что вменяем, яко же и не бысть”, — то в этой совести напрасно было бы искать прочного устоя. При таком положении вещей церковь оставляет своё великое значение руководительницы народного благочестия и становится чем-то вроде государственного департамента внешнего народного благонравия. Надо думать, что именно это утеснение совести вызвало душевное смущение, которое почувствовал Аввакум при первых мерах Никона и которое он выразил словами: “видим, яко зима хощет быти; сердце озябло и ноги задрожали”. То же ощущение насилия проступало в челобитной протопопа к Алексею Михайловичу: “Ничто тако раскол творит, яко любоначалие во властех”. Чужое резкое прикосновение к интимному миру религиозной души вызвало в Аввакуме недовольство, которое проходит сплошной полосой в его автобиографии, прорываясь скорбными сетованиями или злобной иронией, а иногда и грубыми гневными криками. Нет сомнения в том, что, совершая подвиги “ревности не по разуму”, отстаивая “аллилуию” или борясь за двуперстие, Аввакум — сознательно или бессознательно — защищал свою духовную личность, боролся за свободу своей совести. Но этот мотив не был единственным в деятельности протопопа. Едва ли будет ошибочно предположить, что, отстаивая свою личность, Аввакум сражался и за национальную личность, намеревался защитить оригинальность русского духовного и общественного склада жизни».